CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | I793I | syn | atC | atT | 5056 | 4520 | 0.893987 | 2642-2644 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | I793I | syn | atC | atA | 5056 | 536 | 0.106013 | 2642-2644 |
Details of the mutation I613I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4520 | 5056 | All | 0.000865 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 536 | 5056 | All | 0.000103 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 887 | 905 | B.1.1.7 | 0.000794 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 18 | 905 | B.1.1.7 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 393 | 400 | AY.4 | 0.000612 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 7 | 400 | AY.4 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 246 | 250 | B.1.258 | 0.016371 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 250 | B.1.258 | 0.000266 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 228 | 245 | B.1.617.2 | 0.000859 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 17 | 245 | B.1.617.2 | 0.000064 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 198 | 199 | AY.103 | 0.001229 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 199 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 179 | 179 | B.1.177.46 | 0.164371 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 170 | 170 | B.1.1.519 | 0.006751 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 142 | 145 | B.1.2 | 0.00125 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 3 | 145 | B.1.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 127 | 127 | AY.9.2 | 0.004665 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 123 | 123 | B.1.632 | 0.825503 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 111 | 119 | AY.43 | 0.000492 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 8 | 119 | AY.43 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 100 | 100 | B.1.526 | 0.00235 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 78 | 82 | AY.44 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 4 | 82 | AY.44 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 81 | 82 | P.1 | 0.001276 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 82 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 74 | 78 | AY.25 | 0.000445 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 4 | 78 | AY.25 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 75 | 75 | B.1.160 | 0.002339 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 73 | 73 | B.1.177 | 0.000961 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 69 | 72 | AY.3 | 0.000686 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 3 | 72 | AY.3 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 71 | 71 | B.1.349 | 0.050751 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 54 | 70 | B.1 | 0.000495 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 16 | 70 | B.1 | 0.000147 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 48 | 68 | AY.5 | 0.000991 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 20 | 68 | AY.5 | 0.000413 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 56 | 64 | B.1.1 | 0.001016 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 8 | 64 | B.1.1 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 64 | 64 | B.1.36.26 | 0.182857 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 62 | 62 | AY.41 | 0.018225 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 61 | 62 | B.1.427 | 0.00308 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 62 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 58 | 58 | B.1.1.231 | 0.179567 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 38 | 43 | AY.102 | 0.001008 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 5 | 43 | AY.102 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 41 | 41 | C.37 | 0.004759 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 39 | 40 | B.1.243 | 0.002714 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 40 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 35 | 35 | B.1.596 | 0.00305 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 34 | 34 | AY.26 | 0.000963 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 31 | 31 | B.1.351 | 0.000922 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 31 | 31 | B.1.429 | 0.000729 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 26 | 31 | B.1.438.1 | 0.002789 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 31 | B.1.438.1 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 30 | 30 | B.1.1.214 | 0.001664 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 21 | 21 | R.1 | 0.00189 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 20 | 20 | AY.117 | 0.00169 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 20 | 20 | B.1.1.63 | 0.007716 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 18 | 19 | AY.47 | 0.00056 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 19 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 19 | 19 | B.1.351.3 | 0.016652 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 19 | 19 | B.1.637 | 0.001388 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 17 | 17 | AY.39.1 | 0.000673 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 17 | 17 | B.1.577 | 0.011684 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 15 | 15 | AY.39 | 0.000371 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 15 | 15 | B.1.1.196 | 0.085714 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 15 | 15 | B.1.609 | 0.007191 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 8 | 13 | AY.100 | 0.000368 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 13 | AY.100 | 0.00023 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 13 | 13 | AY.119 | 0.000459 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 10 | 12 | AY.14 | 0.00088 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 2 | 12 | AY.14 | 0.000176 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 12 | 12 | AY.3.1 | 0.001023 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 10 | 11 | AY.20 | 0.000389 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 11 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 11 | 11 | AY.29 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 11 | 11 | B.1.369 | 0.003137 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 11 | 11 | B.1.525 | 0.001245 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 10 | 11 | B.1.621 | 0.000885 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 11 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 10 | 10 | AY.75 | 0.00056 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 9 | 10 | AY.98.1 | 0.000436 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 10 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 10 | 10 | AY.99.2 | 0.000922 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 10 | 10 | B.1.1.25 | 0.005685 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 9 | 9 | AY.34 | 0.000873 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 9 | AY.61 | 0.000733 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 2 | 9 | AY.61 | 0.00021 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 9 | 9 | AY.7.1 | 0.001014 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 9 | 9 | B.1.177.87 | 0.00655 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 9 | 9 | B.1.258.17 | 0.000936 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 9 | 9 | B.1.36 | 0.001313 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 8 | AY.120 | 0.00026 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 8 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 8 | 8 | AY.51 | 0.007273 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 8 | 8 | B.1.177.32 | 0.010796 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 8 | 8 | B.1.177.54 | 0.004851 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 7 | AY.111 | 0.001282 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 7 | AY.113 | 0.000997 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 7 | AY.33 | 0.000467 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 7 | B.1.1.263 | 0.010903 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 7 | B.40 | 0.00255 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 7 | 7 | Q.8 | 0.001154 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 6 | 6 | AY.116 | 0.001721 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 6 | 6 | AY.42 | 0.000241 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 3 | 6 | AY.84 | 0.001312 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 6 | AY.84 | 0.001312 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 6 | 6 | P.1.14 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 6 | 6 | Q.3 | 0.00087 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 5 | AY.121 | 0.000677 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 5 | AY.36 | 0.000741 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 5 | AY.4.2 | 0.000108 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 5 | AY.62 | 0.002179 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 5 | B.1.221 | 0.000284 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 5 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 5 | B.1.617.1 | 0.000645 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 5 | 5 | P.2 | 0.000933 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 4 | 4 | AA.4 | 0.036364 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | AY.1 | 0.001583 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 2 | 4 | AY.13 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 4 | AY.13 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | AY.4.2.1 | 0.000596 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.1.1 | 0.001307 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.1.153 | 0.004381 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.1.294 | 0.005063 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.1.429 | 0.018433 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.487 | 0.078431 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.497 | 0.001259 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | AY.118 | 0.000188 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | AY.27 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | AY.45 | 0.000365 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 3 | AY.52 | 0.001629 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 3 | AY.52 | 0.000814 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | AY.6 | 0.000123 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.176 | 0.001318 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.222 | 0.000612 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.284 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.378 | 0.021898 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 3 | 3 | B.1.1.526 | 0.010638 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.177.33 | 0.004934 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.177.56 | 0.002003 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.177.86 | 0.00055 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.239 | 0.003663 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.240 | 0.000647 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 3 | B.1.258.14 | 0.001961 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 3 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.575 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 3 | B.1.623 | 0.001073 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 3 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | C.1.2 | 0.012766 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | P.1.12 | 0.001452 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 3 | 3 | P.1.17 | 0.000485 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.101 | 0.000981 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.110 | 0.000225 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 2 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 2 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 2 | 2 | AY.30 | 0.000791 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.32 | 0.001065 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 2 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 2 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.5.3 | 0.000675 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 2 | AY.71 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 2 | AY.71 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.73 | 0.001331 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.75.1 | 0.000361 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.8 | 0.001212 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 2 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 2 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.93 | 0.000546 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 2 | 2 | B.1.1.160 | 0.047619 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.216 | 0.001781 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.305 | 0.007722 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.306 | 0.000877 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.326 | 0.003521 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.347 | 0.036364 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.177.20 | 0.003035 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.236 | 0.004107 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.351.5 | 0.001199 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.36.38 | 0.003284 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.400 | 0.000858 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.595 | 0.000522 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | B.6 | 0.00182 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | N.4 | 0.008511 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | Q.2 | 0.001227 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 2 | 2 | Q.4 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | A.27 | 0.001656 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AA.2 | 0.007692 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AE.8 | 0.000489 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.28 | 0.00189 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.66 | 0.00107 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.83 | 0.001724 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | AY.89 | 0.004902 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.138 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.186 | 0.003436 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.301 | 0.001179 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.337 | 0.003597 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.377 | 0.001381 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.397 | 0.002252 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.413 | 0.006897 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.432 | 0.001266 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.485 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.525 | 0.005464 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.118 | 0.006711 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.158 | 0.02381 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.15 | 0.000631 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.23 | 0.003236 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.42 | 0.000894 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.72 | 0.00339 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.182 | 0.007246 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.195 | 0.005025 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.222 | 0.001692 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.232 | 0.000537 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.258.7 | 0.001912 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.267 | 0.018519 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.279 | 0.000514 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.301 | 0.005917 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.346 | 0.001311 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.36 | 0.000602 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.36.7 | 0.004 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.428 | 0.00102 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.466 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.524 | 0.001406 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.565 | 0.00081 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atA | 1 | 1 | B.1.610 | 0.003546 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.9.5 | 0.005682 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | C.14 | 0.004329 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.10 | 0.000269 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF1ab/nsp2 | 613 | I613I | atC | atT | 1 | 1 | Z.1 | 0.00289 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|