CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : Mut = G548C

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2548G548CG728CnonsynGgcTgc407940770.999512447-2449
ORF1ab/nsp2548G548CG728CnonsynGgCTgT407920.0004903162447-2449

Details of the mutation G548C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc40774079All0.00078
ORF1ab/nsp2548G548CGgCTgT24079All0
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc567567AY.40.000882
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc540540B.1.1.70.000483
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc484485B.1.1.700.165075
ORF1ab/nsp2548G548CGgCTgT1485B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc437438B.1.177.350.302004
ORF1ab/nsp2548G548CGgCTgT1438B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc316316AY.30.003143
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc149149B.1.617.20.000561
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc131131C.31
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc9898B.1.1.4320.124051
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc9191AY.1030.000565
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc8484B.10.000769
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc7575AY.1180.004699
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc6262AY.330.00414
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc6060P.10.000945
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc5858AY.50.001198
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc5555AY.430.000244
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc5555B.1.5950.014353
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc4343B.1.10.00078
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc4141B.1.5990.149635
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc3737B.1.20.000326
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc3636AY.250.000217
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc3636B.1.5880.032757
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc2727B.1.3510.000803
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc2222B.1.2210.001563
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc2020B.1.177.850.108696
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc2020B.1.3690.005705
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1919AY.440.000116
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1919AY.610.001991
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1818B.1.4290.000424
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1717A0.006579
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1717AY.1020.000451
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1717AY.980.001343
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1313AY.1200.000483
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1313AY.290.000205
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1313AY.740.001503
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1313B.1.2430.000905
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1212AY.1190.000424
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1212AY.390.000297
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1212AY.99.20.001106
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1212B.1.1770.000158
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc1111B.1.1.5190.000437
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc99AY.420.000362
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc99B.1.4270.000454
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc88P.1.140.000382
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc77AY.1000.000322
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc77AY.200.000272
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc77B.1.177.860.001284
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc77B.1.2580.000466
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66AY.260.00017
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66AY.39.10.000238
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66AY.4.50.000645
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66AZ.20.004926
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66B.1.177.620.007151
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66B.1.360.000875
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66B.1.5260.000141
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc66P.20.00112
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc55AY.46.50.000992
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc55B.1.1.3070.012658
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc55B.1.6210.000443
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc44AY.1170.000338
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc44AY.230.000279
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc44B.1.1.630.001543
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc44B.1.3240.006421
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc44P.1.70.001277
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33AY.240.001293
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33AY.29.10.000662
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33AY.460.000312
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33AY.60.000123
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33AY.840.001312
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.1.2140.000166
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.1.280.000934
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.4130.012766
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.5250.000339
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.5750.00091
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33B.1.619.10.001924
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc33C.370.000348
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AP.10.003003
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.100.00106
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.1160.000574
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.1210.000271
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.160.000759
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.20.000712
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.23.10.000835
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.470.000062
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.5.10.007519
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.530.000575
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22AY.750.000112
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.1.1760.000879
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.1.2440.030769
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.1.2770.001517
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.1.2940.002532
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.1.3540.008772
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.177.420.001789
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.3110.000549
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.3990.003868
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.438.10.000215
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22D.20.00015
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc22P.1.20.002312
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11A.10.000282
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AL.10.012987
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AV.10.005051
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.120.000316
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.220.002092
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.270.000065
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.310.018519
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.340.000097
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.550.000917
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.590.00053
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.650.000533
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.680.000274
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.710.000475
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.80.000606
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.920.000287
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11AY.990.001049
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B0.000128
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.1350.004695
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.2190.005
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.3310.011628
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.520.012195
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.1.890.006061
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.177.450.000381
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.177.600.000218
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.2370.004975
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.36.190.009259
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.4040.001302
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.415.10.007576
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.4250.002994
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.5300.007143
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.617.30.002985
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.6190.000871
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.1.6200.000946
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.40.002208
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11B.60.00091
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11N.50.001767
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11P.70.004367
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11Q.20.000613
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11Q.30.000145
ORF1ab/nsp2548G548CGgcTgc11R.10.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.