CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | G465V | nonsyn | gGt | gTt | 1931 | 1930 | 0.999482 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | G465V | nonsyn | gGT | gTC | 1931 | 1 | 0.000517866 | 1658-1660 |
Details of the mutation G285V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1930 | 1931 | All | 0.000369 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGT | gTC | 1 | 1931 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 524 | 524 | AY.4.2 | 0.011365 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 253 | 253 | B.1.523 | 0.620098 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 208 | 208 | B.1.1.7 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 196 | 196 | AY.75 | 0.01098 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 99 | 99 | B.1.1.519 | 0.003931 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 84 | 84 | AY.4 | 0.000131 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 56 | 56 | B.1.177.60 | 0.012232 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 42 | 42 | B.1.612 | 0.111406 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 38 | 38 | P.1 | 0.000599 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 35 | 35 | B.1.1.37 | 0.00675 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 34 | 34 | AY.25 | 0.000205 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 32 | 32 | B.1.617.2 | 0.00012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 30 | 31 | AY.3 | 0.000298 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGT | gTC | 1 | 31 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 27 | 27 | AY.44 | 0.000164 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 27 | 27 | B.1.177 | 0.000356 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 17 | 17 | AY.72 | 0.023129 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 16 | 16 | B.1 | 0.000147 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 15 | 15 | B.1.1.28 | 0.004669 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 13 | 13 | AY.43 | 0.000058 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.103 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 12 | 12 | B.1.429 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 9 | 9 | B.1.1.518 | 0.056962 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.106 | 0.002344 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.2 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.29 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.45 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.14 | 0.00044 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.61 | 0.000524 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.1.398 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.280 | 0.012346 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.336 | 0.066667 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.221 | 0.000284 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.70 | 0.000626 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.160 | 0.000094 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.369 | 0.000856 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.621 | 0.000266 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | C.37 | 0.000348 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | A.2.2 | 0.003378 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.75.1 | 0.000361 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.99.2 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.499 | 0.002101 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.524 | 0.002813 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.621.1 | 0.001012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.628 | 0.000705 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AU.3 | 0.00211 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.114 | 0.000231 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.316 | 0.000925 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.86 | 0.035714 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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