CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : Mut = A205V

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	205	A205V	A385V	nonsyn	gCc	gTc	3442	3434	0.997676	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205V	A385V	nonsyn	gCC	gTT	3442	8	0.00232423	1418-1420

Details of the mutation A205V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3434	3442	All	0.000657
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	8	3442	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	818	818	B.1.1.279	0.91704
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	395	400	AY.4	0.000615
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	5	400	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	365	365	B.1.628	0.128612
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	314	314	R.1	0.028263
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	237	237	AY.25	0.001426
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	178	178	B.1.1.7	0.000159
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	169	169	P.1.14	0.008078
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	151	151	AY.16	0.057327
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	71	71	B.1.1	0.001288
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	67	67	AY.44	0.000408
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	44	44	AY.46.6	0.003177
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	43	43	P.1	0.000677
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	42	42	AY.4.2	0.000911
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	39	39	B.1.617.2	0.000147
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	33	34	AY.103	0.000205
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	1	34	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	33	34	B.1.2	0.000291
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	1	34	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	33	33	B.1	0.000302
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	23	23	B.1.351	0.000684
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	20	20	B.1.177	0.000263
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	18	18	AY.3	0.000179
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	17	17	AD.2	0.003722
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	15	15	AY.43	0.000066
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	14	14	AY.102	0.000371
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	12	12	AY.26	0.00034
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	11	11	B.1.1.222	0.002244
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	10	10	AY.5	0.000206
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	9	9	AY.119	0.000318
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	9	9	B.1.1.306	0.003946
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	8	8	AY.5.3	0.002699
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	8	8	B.1.1.241	0.016563
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	7	7	A.2.5.2	0.011006
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	7	7	AY.42	0.000282
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	AY.53	0.001725
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	B.1.1.294	0.007595
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	C.37	0.000696
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	A.2	0.003309
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	AY.46.1	0.005133
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	B.1.1.337	0.017986
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	B.1.1.50	0.003394
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	B.1.1.141	0.008048
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	B.1.1.377	0.005525
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	P.3	0.00638
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	AP.1	0.004505
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	AY.27	0.000194
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	AY.9.2	0.00011
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	B.1.177.7	0.000495
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	B.1.361	0.003866
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AE.1	0.022727
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.40	0.001929
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.62	0.000871
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.298	0.001724
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.206	0.001631
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.378	0.013699
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.404	0.002604
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.428	0.002041
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.443	0.009346
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AA.7	0.009174
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.169	0.018182
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.118	0.006711
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.5	0.001242
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.330	0.028571
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	P.1.11	0.010204
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.