CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 8

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp28N8NN188NsynaaCaaT31535315351827-829
ORF1ab/nsp28N8SN188SnonsynaAcaGc72700.972222827-829
ORF1ab/nsp28N8SN188SnonsynaACaGT7220.0277778827-829
ORF1ab/nsp28N8DN188DnonsynAacGac71711827-829
ORF1ab/nsp28N8KN188KnonsynaaCaaA71690.971831827-829
ORF1ab/nsp28N8KN188KnonsynaaCaaG7120.028169827-829
ORF1ab/nsp28N8delN188deldelAAC---37371827-829
ORF1ab/nsp28N8TN188TnonsynaAcaCc23231827-829
ORF1ab/nsp28N8IN188InonsynaAcaTc760.857143827-829
ORF1ab/nsp28N8IN188InonsynaACaTT710.142857827-829
ORF1ab/nsp28N8YN188YnonsynAacTac430.75827-829
ORF1ab/nsp28N8YN188YnonsynAaCTaT410.25827-829
ORF1ab/nsp28N8del1N188del1delAac-ac221827-829
ORF1ab/nsp28N8GN188GnonsynAAcGGc221827-829
ORF1ab/nsp28N8HN188HnonsynAacCac221827-829
ORF1ab/nsp28N8CN188CnonsynAAcTGc210.5827-829
ORF1ab/nsp28N8CN188CnonsynAACTGT210.5827-829
ORF1ab/nsp28N8VN188VnonsynAAcGTc111827-829

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3153531535All0.006031
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT98399839AY.430.043591
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT91909190B.1.258.170.9555
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT20282028B.1.1.70.001816
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT11451145P.10.018038
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT965965AY.40.001502
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT956956B.1.617.20.0036
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT435435B.10.003984
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT425425AY.1030.002639
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT390390AY.690.072802
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT370370AY.440.002252
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT293293B.1.6310.986532
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT285285AY.30.002835
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT271271AY.390.006697
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT213213B.1.20.001876
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT191191AY.250.001149
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT188188AY.50.003882
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT171171B.1.1770.002252
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT166166AY.4.20.0036
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT165165B.1.1.1381
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT140140B.1.10.00254
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT138138AY.200.005363
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT130130B.1.1201
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT127127B.1.5260.002985
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT119119B.1.2580.007919
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT116116AY.1020.003076
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT107107AY.290.001688
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT9999R.10.008911
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT9393B.1.1.3490.958763
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT8888B.1.3510.002616
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT8686B.1.1.5190.003415
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT7777AY.1190.002719
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc7072All0.000013
ORF1ab/nsp28N8SaACaGT272All0
ORF1ab/nsp28N8DAacGac7171All0.000014
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaA6971All0.000013
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaG271All0
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT6868B.1.438.10.007294
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT6060AY.330.004007
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT5757D.50.283582
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT5656AY.420.002253
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT5353B.1.6090.025407
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT5252AY.340.005042
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT5050B.1.2340.006597
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT4848AY.260.001359
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT4747B.1.1600.001466
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT4747Q.80.007751
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT4444B.1.4290.001035
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT4343B.1.1.2220.008772
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT4141B.1.177.210.003135
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3838AE.80.018582
ORF1ab/nsp28N8delAAC---3737All0.000007
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3737AY.230.002581
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3737AY.46.60.002672
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3535B.1.2210.002486
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3535P.1.140.001673
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3333AY.75.10.00595
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3333B.1.1.390.01682
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3131AY.1000.001426
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT3030AY.1170.002535
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2929AY.1060.009712
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2929P.1.150.006738
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2828B.1.6370.002046
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaA2626AY.1200.000967
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2626B.1.4270.001313
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2626P.1.170.004206
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2525AY.3.10.002131
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2525AY.460.002602
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2525B.1.5750.007585
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2424AY.750.001345
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2424AY.980.001896
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2424C.370.002786
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2424P.1.10.007624
ORF1ab/nsp28N8TaAcaCc2323All0.000004
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2323AY.1110.004212
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2323AY.1160.006596
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2323AY.1210.003112
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2323AY.98.10.001114
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2222AY.4.10.016224
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2020AY.140.00176
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2020B.1.2320.010747
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT2020B.1.2430.001392
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1919AY.39.10.000753
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1919B0.002428
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1919B.1.177.180.022042
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1919B.1.258.240.204301
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1919B.1.4970.00598
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1919P.1.120.009197
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1818B.1.2400.00388
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaA1717AY.4.20.000369
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1717B.1.360.00248
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1616AY.1200.000595
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1616AY.470.000498
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1616B.1.258.140.015686
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1616B.1.5730.097561
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1515AY.610.001572
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1515AY.9.20.000551
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1515B.1.6210.001328
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1414B.1.5450.202899
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1414B.1.5960.00122
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1313AY.1130.001851
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1313AY.190.014823
ORF1ab/nsp28N8DAacGac1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1313B.1.617.10.001677
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1212AY.1050.007717
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1212AY.5.40.00332
ORF1ab/nsp28N8DAacGac1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1111AY.730.007319
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1111AY.740.001272
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1111B.1.1.2940.013924
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1111B.1.3670.008716
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1111B.1.5250.001245
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1010AY.1180.000626
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1010AY.20.003561
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT1010B.1.258.40.034483
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT99A0.003483
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT99AY.5.30.003036
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT99B.1.1.3170.003705
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT99B.1.466.20.003521
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT99B.1.5050.039474
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc99B.1.5260.000212
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT99B.1.5950.002349
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT99D.20.000675
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT88AY.450.000973
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT88AY.650.004264
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT88AY.90.000541
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT88AY.99.20.000737
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT88B.1.1.4860.012618
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT88B.1.2060.006525
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT88P.1.80.038278
ORF1ab/nsp28N8IaAcaTc67All0.000001
ORF1ab/nsp28N8IaACaTT17All0
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT77AY.60.000288
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT77B.1.1.2840.000752
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT77B.1.177.120.001062
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT77B.1.595.20.28
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT77B.1.6280.002467
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT77B.4.10.132075
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66AY.16.10.00282
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66AY.4.50.000645
ORF1ab/nsp28N8DAacGac66AY.440.000037
ORF1ab/nsp28N8DAacGac66AY.50.000124
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66AY.530.001725
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66AY.850.002563
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66AY.860.004979
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66B.1.1.2140.000333
ORF1ab/nsp28N8DAacGac66B.1.1.2220.001224
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66B.1.1.280.001867
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66B.1.1.3720.004132
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66B.1.1.700.002046
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66B.1.177.730.003398
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT66B.1.36.290.003104
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.1100.000563
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.120.00158
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.360.000741
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.370.00158
ORF1ab/nsp28N8TaAcaCc55AY.40.000008
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.46.40.000823
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.520.004072
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.550.004587
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55AY.580.004537
ORF1ab/nsp28N8delAAC---55B.1.1.330.002104
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55B.1.177.550.011655
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55B.1.2390.006105
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55B.1.5640.002129
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT55P.20.000933
ORF1ab/nsp28N8YAacTac34All0.000001
ORF1ab/nsp28N8YAaCTaT14All0
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44AY.270.000259
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaA44AY.470.000124
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44AY.680.001095
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.1.1980.005874
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp28N8delAAC---44B.1.1.3480.003185
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.1.4320.005063
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.1.500.002716
ORF1ab/nsp28N8delAAC---44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp28N8DAacGac44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.177.100.003512
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.5650.003241
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.6230.002146
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44B.1.6270.008081
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT44P.1.160.001496
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33A.10.000846
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33A.2.5.20.004717
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33AY.1070.001398
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33AY.120.10.000963
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33AY.160.001139
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc33AY.40.000005
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33AY.4.40.001227
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaA33AY.440.000018
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33AY.46.10.00308
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33AY.640.001786
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33AY.9.10.000251
ORF1ab/nsp28N8delAAC---33B.10.000027
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.1.10.00098
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.1.1010.03
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.1.1610.010601
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.1.250.001706
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.1.3890.018182
ORF1ab/nsp28N8TaAcaCc33B.1.1.390.001529
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaA33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp28N8TaAcaCc33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.177.330.004934
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.177.60.00293
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.177.70.000495
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.177.810.000568
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.2600.010033
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.36.360.001806
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.3750.002459
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.5170.001281
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT33B.1.6120.007958
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp28N8KaaCaaA33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc33C.370.000348
ORF1ab/nsp28N8DAacGac33P.10.000047
ORF1ab/nsp28N8TaAcaCc33P.30.004785
ORF1ab/nsp28N8NaaCaaT220.111111
ORF1ab/nsp28N8YAacTac120.055556
ORF1ab/nsp28N8SaACaGT120.055556
ORF1ab/nsp28N8SaAcaGc120.055556
ORF1ab/nsp28N8CAACTGT120.055556
ORF1ab/nsp28N8CAAcTGc120.055556
ORF1ab/nsp28N8YAaCTaT120.055556
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