CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 635

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2635L635LL815LsynctCctT852383120.9752432708-2710
ORF1ab/nsp2635L635LL815LsynctCctA85231350.01583952708-2710
ORF1ab/nsp2635L635LL815LsynctCctG8523760.008917052708-2710
ORF1ab/nsp2635L635FL815FnonsynCtcTtc8248230.9987862708-2710
ORF1ab/nsp2635L635FL815FnonsynCtCTtT82410.001213592708-2710
ORF1ab/nsp2635L635IL815InonsynCtcAtc13713712708-2710
ORF1ab/nsp2635L635delL815deldelCTC---646412708-2710
ORF1ab/nsp2635L635PL815PnonsyncTccCc12100.8333332708-2710
ORF1ab/nsp2635L635PL815PnonsyncTCcCT1210.08333332708-2710
ORF1ab/nsp2635L635PL815PnonsyncTCcCA1210.08333332708-2710
ORF1ab/nsp2635L635HL815HnonsyncTccAc111112708-2710
ORF1ab/nsp2635L635del1L815del1delCtc-tc940.4444442708-2710
ORF1ab/nsp2635L635del1L815del1delctCct-930.3333332708-2710
ORF1ab/nsp2635L635del1L815del1delcTCcC-910.1111112708-2710
ORF1ab/nsp2635L635del1L815del1delcTcc-c910.1111112708-2710
ORF1ab/nsp2635L635RL815RnonsyncTccGc3312708-2710
ORF1ab/nsp2635L635VL815VnonsynCtcGtc3312708-2710
ORF1ab/nsp2635L635TL815TnonsynCTcACc3312708-2710
ORF1ab/nsp2635L635del2L815del2delCTc--c1112708-2710
ORF1ab/nsp2635L635QL815QnonsyncTCcAA1112708-2710

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT83128523All0.00159
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA1358523All0.000026
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG768523All0.000015
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT36673685B.1.1.70.003283
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA173685B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG13685B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc823824All0.000157
ORF1ab/nsp2635L635FCtCTtT1824All0
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT462493AY.40.000719
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA30493AY.40.000047
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG1493AY.40.000002
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT441441B.1.2580.029347
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT364364AY.50.007516
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT303303B.1.3510.009007
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT270278AY.430.001196
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA8278AY.430.000035
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT133199B.1.617.20.000501
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG61199B.1.617.20.00023
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA5199B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc166166AY.50.003428
ORF1ab/nsp2635L635ICtcAtc137137All0.000026
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT116117AY.30.001154
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA1117AY.30.00001
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT113113B.1.20.000995
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT103103B.1.1.5190.00409
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT9497AY.250.000565
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA297AY.250.000012
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG197AY.250.000006
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT9396AY.1030.000577
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA396AY.1030.000019
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT9394B.1.10.001687
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG194B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc9494B.1.617.20.000354
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT8789B.10.000797
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA289B.10.000018
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT8080AY.1190.002825
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT7880AY.440.000475
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA280AY.440.000012
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT8080B.1.6120.212202
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT7078B.1.1770.000922
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA778B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG178B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT7378P.10.00115
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA478P.10.000063
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG178P.10.000016
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT7070AY.330.004674
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc6767AY.440.000408
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT6767P.1.60.13035
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT6666AY.140.005809
ORF1ab/nsp2635L635ICtcAtc6565AY.40.000101
ORF1ab/nsp2635L635delCTC---6464All0.000012
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc6161P.10.000961
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT5555AY.1210.007442
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT5455B.1.5260.001269
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA155B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc5252AY.250.000313
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc4949B.1.1.70.000044
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT4747B.1.5090.040693
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT4446AY.200.00171
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA246AY.200.000078
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT4545B.1.177.70.007418
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc4444AY.430.000195
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT4343B.1.360.006274
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc4141AY.40.000064
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT4141B.1.1.2140.002274
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc3939AY.260.001104
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT3232B.1.6210.002833
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2828P.1.70.00894
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2626B.1.1.2410.05383
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2525AY.5.40.006918
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2525N.20.961538
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2324B.1.5750.006978
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA124B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2323B.1.2430.0016
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2222AY.470.000684
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2222B.1.5770.01512
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2121B.1.1.4340.00732
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2021B.1.1600.000624
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA121B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1820AY.1020.000477
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA220AY.1020.000053
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT2020Q.10.002527
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1919B.1.1.700.00648
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc1818AY.30.000179
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc1818AY.46.60.0013
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1617AY.230.001116
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA117AY.230.00007
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1717AY.290.000268
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1617B0.002045
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA117B0.000128
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1516AY.260.000425
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA116AY.260.000028
ORF1ab/nsp2635L635ICtcAtc1616AY.460.001665
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1515AY.930.004096
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1515P.1.170.002426
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1414B.1.1.280.004357
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA913AY.1060.003014
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT413AY.1060.00134
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1313AY.1130.001851
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA1113AY.39.10.000436
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT213AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1313AY.99.20.001198
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1313B.1.4290.000306
ORF1ab/nsp2635L635PcTccCc1012All0.000002
ORF1ab/nsp2635L635PcTCcCT112All0
ORF1ab/nsp2635L635PcTCcCA112All0
ORF1ab/nsp2635L635delCTC---1212B.10.00011
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc1212B.1.258.170.001248
ORF1ab/nsp2635L635HcTccAc1111All0.000002
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1111AY.116.10.003426
ORF1ab/nsp2635L635ICtcAtc1111AY.860.009129
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1111B.1.1.3050.042471
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1111P.1.160.004115
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT910AY.610.000943
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA110AY.610.000105
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1010B.1.1.250.005685
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT1010B.1.90.061728
ORF1ab/nsp2635L635del1Ctc-tc49All0.000001
ORF1ab/nsp2635L635del1ctCct-39All0.000001
ORF1ab/nsp2635L635del1cTCcC-19All0
ORF1ab/nsp2635L635del1cTcc-c19All0
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA89AY.5.30.002699
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT19AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT99AY.880.007958
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT99B.1.1.3180.002716
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT99Q.20.005521
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT88A.2.50.003992
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT88AY.1000.000368
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc88AY.1110.001465
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT78AY.390.000173
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG18AY.390.000025
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc88AY.4.20.000174
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT78AY.750.000392
ORF1ab/nsp2635L635LctCctG18AY.750.000056
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT88B.1.177.860.001468
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77AY.1200.00026
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT67AY.3.10.000512
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA17AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77AY.950.005327
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT67AY.98.10.000291
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA17AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77B.1.1.2180.053846
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77B.1.1.2220.001428
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc77B.1.1.5190.000278
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77B.1.36.350.018229
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77C.370.000812
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77P.20.001306
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT77Q.80.001154
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66AY.360.000889
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66AY.46.60.000433
ORF1ab/nsp2635L635ICtcAtc66AY.750.000336
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66AY.75.10.001082
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66B.1.1.330.002525
ORF1ab/nsp2635L635delCTC---66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66B.1.2390.007326
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66B.1.5880.00546
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66B.1.6370.000438
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66D.20.00045
ORF1ab/nsp2635L635ICtcAtc66P.10.000095
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT56P.1.140.000239
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA16P.1.140.000048
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66P.1.150.001394
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT66P.70.026201
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc55AY.3.10.000426
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc55AY.420.000201
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT55AY.450.000608
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT55AY.46.50.000992
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc55B.10.000046
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT55B.1.1.1530.005476
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT55B.1.1.2430.020408
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT55B.1.1.3170.002058
ORF1ab/nsp2635L635ICtcAtc55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT55B.1.3670.003962
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT55B.1.6280.001762
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc55B.60.00455
ORF1ab/nsp2635L635delCTC---440.222222
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT34A0.001161
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA14A0.000387
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc44AE.80.001956
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc44AY.1190.000141
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp2635L635FCtcTtc44AY.410.001176
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44AY.460.000416
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT34AY.540.000286
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA14AY.540.000095
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44AY.7.10.000451
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44AY.790.004843
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT34AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp2635L635LctCctA14AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44AY.980.000316
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44B.1.1.1610.014134
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44B.1.1.3890.024242
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44B.1.1.4860.006309
ORF1ab/nsp2635L635LctCctT44B.1.1110.0047
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.