CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 627

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	627	M627del	M807del	del	ATG	---	81	81	1	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627T	M807T	nonsyn	aTg	aCg	75	73	0.973333	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627T	M807T	nonsyn	aTG	aCA	75	2	0.0266667	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627L	M807L	nonsyn	Atg	Ctg	69	45	0.652174	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627L	M807L	nonsyn	Atg	Ttg	69	23	0.333333	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627L	M807L	nonsyn	AtG	CtC	69	1	0.0144928	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627R	M807R	nonsyn	aTg	aGg	60	60	1	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627I	M807I	nonsyn	atG	atT	42	23	0.547619	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627I	M807I	nonsyn	atG	atA	42	14	0.333333	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627I	M807I	nonsyn	atG	atC	42	5	0.119048	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627V	M807V	nonsyn	Atg	Gtg	26	26	1	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627K	M807K	nonsyn	aTg	aAg	18	18	1	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627del1	M807del1	del	atG	at-	5	3	0.6	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627del1	M807del1	del	AtG	Gt-	5	2	0.4	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627S	M807S	nonsyn	aTG	aGT	1	1	1	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627G	M807G	nonsyn	ATg	GGg	1	1	1	2684-2686
ORF1ab/nsp2	627	M627F	M807F	nonsyn	AtG	TtC	1	1	1	2684-2686

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	81	81	All	0.000015
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	73	75	All	0.000014
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTG	aCA	2	75	All	0
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	45	69	All	0.000009
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	23	69	All	0.000004
ORF1ab/nsp2	627	M627L	AtG	CtC	1	69	All	0
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	60	60	All	0.000011
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	23	42	All	0.000004
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	14	42	All	0.000003
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atC	5	42	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	26	26	All	0.000005
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	26	26	B.1.2	0.000229
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	13	20	AY.4	0.00002
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	7	20	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	18	18	All	0.000003
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	17	17	AY.4	0.000026
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	14	14	B.1	0.000128
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	13	13	C.37	0.001509
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	12	12	B.1.177.61	0.521739
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	10	10	AY.47	0.000311
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	8	10	B.1	0.000073
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	2	10	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	7	7	AY.4.5	0.000752
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	5	6	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	1	6	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp2	627	M627del1	atG	at-	3	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	627	M627del1	AtG	Gt-	2	5	All	0
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	5	5	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	5	5	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	3	4	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTG	aCA	1	4	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	3	4	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	2	3	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atC	1	3	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	3	3	Q.1	0.000379
ORF1ab/nsp2	627	M627del1	AtG	Gt-	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp2	627	M627L	AtG	CtC	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	B.1.1.46	0.008734
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	2	2	B.1.396	0.001411
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	B.1.424	0.016129
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	2	2	B.1.575	0.000607
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp2	627	M627del1	atG	at-	2	2	B.1.627	0.00404
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp2	627	M627S	aTG	aGT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	627	M627G	ATg	GGg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	627	M627F	AtG	TtC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atC	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp2	627	M627del1	atG	at-	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.300	0.010753
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	627	M627S	aTG	aGT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.486	0.001577
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	627	M627F	AtG	TtC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	627	M627G	ATg	GGg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTG	aCA	1	1	B.1.110	0.004525
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.332	0.003497
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atT	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atC	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ctg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	627	M627K	aTg	aAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	627	M627R	aTg	aGg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	627	M627L	Atg	Ttg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp2	627	M627I	atG	atA	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp2	627	M627V	Atg	Gtg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	627	M627T	aTg	aCg	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp2	627	M627del	ATG	---	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.