CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 621

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	621	A621A	A801A	syn	gcC	gcT	3964	3836	0.967709	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621A	A801A	syn	gcC	gcA	3964	113	0.0285066	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621A	A801A	syn	gcC	gcG	3964	15	0.00378406	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621V	A801V	nonsyn	gCc	gTc	1033	1031	0.998064	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621V	A801V	nonsyn	gCC	gTT	1033	2	0.00193611	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621del	A801del	del	GCC	---	79	79	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621S	A801S	nonsyn	Gcc	Tcc	16	13	0.8125	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621S	A801S	nonsyn	GcC	TcT	16	3	0.1875	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621D	A801D	nonsyn	gCc	gAc	10	7	0.7	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621D	A801D	nonsyn	gCC	gAT	10	3	0.3	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621T	A801T	nonsyn	Gcc	Acc	8	7	0.875	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621T	A801T	nonsyn	GcC	AcA	8	1	0.125	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621P	A801P	nonsyn	Gcc	Ccc	7	7	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621del1	A801del1	del	gCc	g-c	4	4	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621del2	A801del2	del	GCc	--c	3	3	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621G	A801G	nonsyn	gCc	gGc	3	3	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621Y	A801Y	nonsyn	GCc	TAc	2	1	0.5	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621Y	A801Y	nonsyn	GCC	TAT	2	1	0.5	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621F	A801F	nonsyn	GCc	TTc	1	1	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621L	A801L	nonsyn	GCc	CTc	1	1	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621N	A801N	nonsyn	GCc	AAc	1	1	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621K	A801K	nonsyn	GCC	AAA	1	1	1	2666-2668
ORF1ab/nsp2	621	A621C	A801C	nonsyn	GCc	TGc	1	1	1	2666-2668

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3836	3964	All	0.000734
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	113	3964	All	0.000022
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcG	15	3964	All	0.000003
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1658	1658	B.1.36.36	0.998194
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1031	1033	All	0.000197
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCC	gTT	2	1033	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	388	388	B.1.221	0.027561
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	332	348	B.1	0.003041
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	16	348	B.1	0.000147
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	283	283	B.1.453	0.915858
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	208	215	B.1.1.7	0.000186
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	4	215	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcG	3	215	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	180	180	B.1.177.42	0.161002
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	168	168	B.1.1.7	0.00015
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	159	159	AY.4	0.000247
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	156	157	AY.26	0.004416
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	157	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	133	133	B.1.177.7	0.021925
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	132	132	AY.5	0.002726
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	79	79	All	0.000015
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	71	71	B.1.258.17	0.007382
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	56	66	AY.4	0.000087
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	10	66	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	64	64	B.1.177	0.000843
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	37	56	B.1.2	0.000326
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	19	56	B.1.2	0.000167
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	47	47	AY.9	0.003177
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	38	39	AY.103	0.000236
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	39	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	39	39	AY.20	0.001516
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	22	34	AY.43	0.000097
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcG	11	34	AY.43	0.000049
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	34	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	27	30	B.1.617.2	0.000102
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	2	30	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcG	1	30	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	28	28	B.1.1	0.000508
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	28	28	B.1.2	0.000247
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	25	26	AY.44	0.000152
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	26	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	22	23	AY.26	0.000623
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCC	gTT	1	23	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	17	23	AY.29	0.000268
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	6	23	AY.29	0.000095
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	19	20	AY.27	0.00123
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	20	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	19	19	AY.55	0.017431
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	19	19	B.1.617.2	0.000072
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	13	16	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	621	A621S	GcC	TcT	3	16	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	16	16	AY.75	0.000896
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	15	15	AY.5	0.00031
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	13	13	B.1.1.222	0.002652
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	12	12	AY.103	0.000075
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	12	12	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	10	11	AY.42	0.000402
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	11	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	7	10	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCC	gAT	3	10	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	10	10	B.1.1.416	0.00905
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	10	10	P.1	0.000158
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	9	9	AY.116.1	0.002803
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	9	9	AY.44	0.000055
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	9	9	B.1.177	0.000119
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	8	9	B.1.351	0.000238
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	9	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	7	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621T	GcC	AcA	1	8	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621P	Gcc	Ccc	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	7	7	AY.9.1	0.000586
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	7	7	B.1.349	0.005004
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	7	7	P.1.12	0.003388
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	6	6	AY.118	0.000376
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	6	6	AY.4.1	0.004425
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	6	6	AY.43	0.000027
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	6	6	B.1.466.2	0.002347
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	5	5	AY.3	0.00005
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	5	5	AY.33	0.000334
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	5	5	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	5	5	AY.65	0.002665
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	5	5	B.1.258.4	0.017241
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	5	5	B.1.351	0.000149
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	5	5	B.1.36	0.00073
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	4	5	B.1.466.2	0.001565
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	5	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	5	5	B.1.637	0.000365
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	5	5	C.36.3	0.002836
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	5	5	P.1.14	0.000239
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp2	621	A621del1	gCc	g-c	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	4	4	AY.101	0.001962
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	4	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	4	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	3	4	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	4	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	4	4	AY.23.1	0.001669
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	4	4	AY.39.1	0.000158
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	3	4	AY.99	0.003148
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	4	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	4	4	B.1.234	0.000528
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	4	4	B.1.367	0.00317
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	4	4	B.1.369	0.001141
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	4	4	B.1.561	0.001588
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	4	4	B.39	0.009324
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	4	4	C.37.1	0.010471
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	4	4	P.2	0.000747
ORF1ab/nsp2	621	A621del2	GCc	--c	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621G	gCc	gGc	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	AY.14	0.000264
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	AY.29.1	0.000662
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	3	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	3	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	AY.34	0.000291
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	B	0.000383
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	3	3	B.1.1.70	0.001023
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	B.1.147	0.002268
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	3	3	B.1.351.2	0.000908
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	B.1.351.5	0.001799
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	B.1.427	0.000151
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	3	3	B.1.503	0.007463
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	3	3	B.1.588	0.00273
ORF1ab/nsp2	621	A621Y	GCC	TAT	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621Y	GCc	TAc	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.59	0.001059
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	2	2	AY.78	0.003082
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	AY.92	0.000575
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	AY.92	0.000575
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp2	621	A621G	gCc	gGc	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621del1	gCc	g-c	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCC	gAT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621Y	GCc	TAc	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621Y	GCC	TAT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621S	GcC	TcT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	2	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.382	0.071429
ORF1ab/nsp2	621	A621T	GcC	AcA	1	2	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	1	2	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp2	621	A621P	Gcc	Ccc	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp2	621	A621del2	GCc	--c	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	B.1.160.10	0.016129
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	B.1.177.48	0.00625
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	B.1.343	0.041667
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	B.1.424	0.016129
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCC	gAT	1	2	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	1	2	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	C.8	0.008929
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	Q.1	0.000253
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	621	A621C	GCc	TGc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621K	GCC	AAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621L	GCc	CTc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621N	GCc	AAc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621F	GCc	TTc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621C	GCc	TGc	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	621	A621K	GCC	AAA	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp2	621	A621P	Gcc	Ccc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621F	GCc	TTc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621L	GCc	CTc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp2	621	A621G	gCc	gGc	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.76	0.004831
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.83	0.001724
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	621	A621P	Gcc	Ccc	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.165	0.015385
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.205	0.003717
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.258	0.003257
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.309	0.005848
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.373	0.02381
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.404	0.015873
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp2	621	A621S	GcC	TcT	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp2	621	A621del1	gCc	g-c	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCC	gAT	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.98	0.018519
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.115	0.021739
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.160.29	0.004219
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp2	621	A621N	GCc	AAc	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp2	621	A621del1	gCc	g-c	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.214.3	0.007143
ORF1ab/nsp2	621	A621P	Gcc	Ccc	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.239	0.001221
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	621	A621P	Gcc	Ccc	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.340	0.004292
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.356	0.001727
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCC	gTT	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF1ab/nsp2	621	A621P	Gcc	Ccc	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.377	0.004566
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcA	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.428.3	0.012821
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.441	0.009615
ORF1ab/nsp2	621	A621S	GcC	TcT	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp2	621	A621S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.600	0.005848
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.1.606	0.006024
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	621	A621T	Gcc	Acc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	B.57	0.015152
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	L.1	0.001905
ORF1ab/nsp2	621	A621D	gCc	gAc	1	1	N.1	0.016949
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp2	621	A621V	gCc	gTc	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp2	621	A621del2	GCc	--c	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp2	621	A621A	gcC	gcT	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp2	621	A621del	GCC	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.