CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 611

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2611L611LL791LsynctCctT175616330.9299542636-2638
ORF1ab/nsp2611L611LL791LsynctCctA17561110.06321182636-2638
ORF1ab/nsp2611L611LL791LsynctCctG1756120.006833712636-2638
ORF1ab/nsp2611L611delL791deldelCTC---14314312636-2638
ORF1ab/nsp2611L611FL791FnonsynCtcTtc232312636-2638
ORF1ab/nsp2611L611IL791InonsynCtcAtc212112636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTccCc1170.6363642636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTCcCT1120.1818182636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTCcCG1110.09090912636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTCcCA1110.09090912636-2638
ORF1ab/nsp2611L611VL791VnonsynCtcGtc5512636-2638
ORF1ab/nsp2611L611HL791HnonsyncTccAc530.62636-2638
ORF1ab/nsp2611L611HL791HnonsyncTCcAT520.42636-2638
ORF1ab/nsp2611L611RL791RnonsyncTccGc320.6666672636-2638
ORF1ab/nsp2611L611RL791RnonsyncTCcGG310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611del1L791del1delCtCAt-310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611del1L791del1delCTC-CT310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611del1L791del1delctCct-310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611XL791XnonsynCTCTGA1112636-2638
ORF1ab/nsp2611L611NL791NnonsynCTcAAc1112636-2638

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT16331756All0.000312
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1111756All0.000021
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG121756All0.000002
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT263263AY.390.006499
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT216216AY.290.003407
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT181194B.1.1.70.000162
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13194B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT154154B.1.1.591
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---143143All0.000027
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT8992AY.40.000139
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA392AY.40.000005
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT6174AY.50.00126
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1374AY.50.000268
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT7474P.10.001166
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT6971B.1.617.20.00026
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA271B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT4141B.1.1770.00054
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT3738AY.98.10.001792
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA138AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT3435AY.1030.000211
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA135AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---3434B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT2631B.10.000238
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA531B.10.000046
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT3031B.1.10.000544
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA131B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT2730AY.430.00012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA330AY.430.000013
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT2628B.1.20.000229
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA228B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc2323All0.000004
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc2121All0.000004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1820AY.440.00011
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA220AY.440.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1519AY.250.00009
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA419AY.250.000024
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT815B.1.2210.000568
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG715B.1.2210.000497
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1213B.1.2430.000835
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT113B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---1212B.10.00011
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1212B.1.5160.023483
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc711All0.000001
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCT211All0
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCA111All0
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCG111All0
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1011AY.1190.000353
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA111AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1111AY.39.10.000436
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1111B.1.1.1860.037801
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1010B.1.177.240.012953
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA810B.1.2580.000532
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT210B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT99AY.370.002845
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT99B.1.5960.000784
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT88AY.230.000558
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT77AY.1000.000322
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT77AY.330.000467
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT77B.1.1.5190.000278
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT67B.1.3510.000178
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA17B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66AY.250.000036
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT56AY.590.002648
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA16AY.590.00053
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT66B.1.1.280.001867
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT66B.1.258.190.042553
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT56B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA16B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2611L611VCtcGtc55All0.000001
ORF1ab/nsp2611L611HcTccAc35All0.000001
ORF1ab/nsp2611L611HcTCcAT25All0
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55AY.200.000194
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55AY.340.000485
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55B.1.177.210.000382
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55B.1.258.170.00052
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA55B.1.36.250.011038
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55P.1.170.000809
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---440.222222
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc44AY.260.000113
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44B.1.1.1410.008048
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44B.1.1.2840.00043
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44B.1.3690.001141
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA23A0.000774
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT13A0.000387
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc33A.10.000846
ORF1ab/nsp2611L611RcTccGc23All0
ORF1ab/nsp2611L611del1ctCct-13All0
ORF1ab/nsp2611L611del1CTC-CT13All0
ORF1ab/nsp2611L611del1CtCAt-13All0
ORF1ab/nsp2611L611RcTCcGG13All0
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33AY.1200.000112
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT23AY.420.00008
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13AY.420.00004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT23AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2611L611VCtcGtc33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT23B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33B.1.3110.000824
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33C.350.002322
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33P.10.000047
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc22AY.250.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.270.000129
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG12AY.450.000122
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT12AY.450.000122
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.470.000062
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.60.000082
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG22AY.730.001331
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.810.003984
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG22AY.850.000854
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.880.001768
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA12AY.90.000068
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT12AY.90.000068
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22B.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc22B.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.1.3150.016949
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.1.460.008734
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.1.500.001358
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA22B.1.1.700.000682
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.1390.001466
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCA12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.6200.001892
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA22C.36.30.001134
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22P.1.150.000465
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22R.10.00018
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc11A.10.000282
ORF1ab/nsp2611L611HcTccAc11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp2611L611NCTcAAc11All0
ORF1ab/nsp2611L611XCTCTGA11All0
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.130.000161
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.140.000088
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.360.000148
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.4.10.000737
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.520.000814
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.680.000274
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp2611L611HcTCcAT11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCT11AY.710.000475
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.730.000665
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.790.001211
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.900.000684
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.930.000273
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11B0.000128
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11B0.000128
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11B.10.000009
ORF1ab/nsp2611L611RcTccGc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611HcTccAc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11B.1.1.1390.022727
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.