CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 611

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2611L611LL791LsynctCctT175616330.9299542636-2638
ORF1ab/nsp2611L611LL791LsynctCctA17561110.06321182636-2638
ORF1ab/nsp2611L611LL791LsynctCctG1756120.006833712636-2638
ORF1ab/nsp2611L611delL791deldelCTC---14314312636-2638
ORF1ab/nsp2611L611FL791FnonsynCtcTtc232312636-2638
ORF1ab/nsp2611L611IL791InonsynCtcAtc212112636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTccCc1170.6363642636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTCcCT1120.1818182636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTCcCG1110.09090912636-2638
ORF1ab/nsp2611L611PL791PnonsyncTCcCA1110.09090912636-2638
ORF1ab/nsp2611L611VL791VnonsynCtcGtc5512636-2638
ORF1ab/nsp2611L611HL791HnonsyncTccAc530.62636-2638
ORF1ab/nsp2611L611HL791HnonsyncTCcAT520.42636-2638
ORF1ab/nsp2611L611RL791RnonsyncTccGc320.6666672636-2638
ORF1ab/nsp2611L611RL791RnonsyncTCcGG310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611del1L791del1delCtCAt-310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611del1L791del1delCTC-CT310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611del1L791del1delctCct-310.3333332636-2638
ORF1ab/nsp2611L611XL791XnonsynCTCTGA1112636-2638
ORF1ab/nsp2611L611NL791NnonsynCTcAAc1112636-2638

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT16331756All0.000312
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1111756All0.000021
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG121756All0.000002
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT263263AY.390.006499
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT216216AY.290.003407
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT181194B.1.1.70.000162
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13194B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT154154B.1.1.591
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---143143All0.000027
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT8992AY.40.000139
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA392AY.40.000005
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT6174AY.50.00126
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1374AY.50.000268
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT7474P.10.001166
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT6971B.1.617.20.00026
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA271B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT4141B.1.1770.00054
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT3738AY.98.10.001792
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA138AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT3435AY.1030.000211
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA135AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---3434B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT2631B.10.000238
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA531B.10.000046
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT3031B.1.10.000544
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA131B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT2730AY.430.00012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA330AY.430.000013
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT2628B.1.20.000229
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA228B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc2323All0.000004
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc2121All0.000004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1820AY.440.00011
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA220AY.440.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1519AY.250.00009
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA419AY.250.000024
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT815B.1.2210.000568
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG715B.1.2210.000497
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1213B.1.2430.000835
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT113B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---1212B.10.00011
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1212B.1.5160.023483
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc711All0.000001
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCT211All0
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCA111All0
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCG111All0
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1011AY.1190.000353
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA111AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA1111AY.39.10.000436
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1111B.1.1.1860.037801
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT1010B.1.177.240.012953
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA810B.1.2580.000532
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT210B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT99AY.370.002845
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT99B.1.5960.000784
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT88AY.230.000558
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT77AY.1000.000322
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT77AY.330.000467
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT77B.1.1.5190.000278
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT67B.1.3510.000178
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA17B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66AY.250.000036
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66AY.430.000027
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT56AY.590.002648
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA16AY.590.00053
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT66B.1.1.280.001867
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT66B.1.258.190.042553
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT56B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA16B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2611L611VCtcGtc55All0.000001
ORF1ab/nsp2611L611HcTccAc35All0.000001
ORF1ab/nsp2611L611HcTCcAT25All0
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55AY.200.000194
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55AY.340.000485
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55B.1.177.210.000382
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55B.1.258.170.00052
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA55B.1.36.250.011038
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT55P.1.170.000809
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---440.222222
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc44AY.260.000113
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44B.1.1.1410.008048
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44B.1.1.2840.00043
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT44B.1.3690.001141
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA23A0.000774
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT13A0.000387
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc33A.10.000846
ORF1ab/nsp2611L611RcTccGc23All0
ORF1ab/nsp2611L611del1ctCct-13All0
ORF1ab/nsp2611L611del1CTC-CT13All0
ORF1ab/nsp2611L611del1CtCAt-13All0
ORF1ab/nsp2611L611RcTCcGG13All0
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33AY.1200.000112
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT23AY.420.00008
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13AY.420.00004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT23AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2611L611VCtcGtc33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT23B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA13B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33B.1.3110.000824
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT33C.350.002322
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---33P.10.000047
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22A.23.10.001408
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc22AY.250.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.270.000129
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG12AY.450.000122
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT12AY.450.000122
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.470.000062
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.60.000082
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG22AY.730.001331
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.810.003984
ORF1ab/nsp2611L611LctCctG22AY.850.000854
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22AY.880.001768
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA12AY.90.000068
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT12AY.90.000068
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22B.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc22B.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.1.3150.016949
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.1.460.008734
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.1.500.001358
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA22B.1.1.700.000682
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.1390.001466
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCA12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22B.1.6200.001892
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA22C.36.30.001134
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---22P.1.150.000465
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT22R.10.00018
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc11A.10.000282
ORF1ab/nsp2611L611HcTccAc11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp2611L611NCTcAAc11All0
ORF1ab/nsp2611L611XCTCTGA11All0
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.1150.005208
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.130.000161
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.140.000088
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.360.000148
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.4.10.000737
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2611L611PcTccCc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.520.000814
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.680.000274
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp2611L611HcTCcAT11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2611L611PcTCcCT11AY.710.000475
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.730.000665
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.790.001211
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.900.000684
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.930.000273
ORF1ab/nsp2611L611LctCctT11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2611L611delCTC---11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp2611L611LctCctA11B0.000128
ORF1ab/nsp2611L611FCtcTtc11B0.000128
ORF1ab/nsp2611L611ICtcAtc11B.10.000009
ORF1ab/nsp2611L611RcTccGc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2611L611HcTccAc11B.1.10.000018
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