CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 578

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2578L578LL758LsynttGttA8875350.6031572537-2539
ORF1ab/nsp2578L578LL758LsynTtgCtg8873480.3923342537-2539
ORF1ab/nsp2578L578LL758LsynTtGCtA88740.004509582537-2539
ORF1ab/nsp2578L578VL758VnonsynTtgGtg69669612537-2539
ORF1ab/nsp2578L578FL758FnonsynttGttT89480.5393262537-2539
ORF1ab/nsp2578L578FL758FnonsynttGttC89410.4606742537-2539
ORF1ab/nsp2578L578delL758deldelTTG---606012537-2539
ORF1ab/nsp2578L578SL758SnonsyntTgtCg414112537-2539
ORF1ab/nsp2578L578ML758MnonsynTtgAtg181812537-2539
ORF1ab/nsp2578L578WL758WnonsyntTgtGg4412537-2539
ORF1ab/nsp2578L578del1L758del1delTtg-tg430.752537-2539
ORF1ab/nsp2578L578XL758XnonsyntTGtAA420.52537-2539
ORF1ab/nsp2578L578XL758XnonsyntTgtAg420.52537-2539
ORF1ab/nsp2578L578del1L758del1delttGtt-410.252537-2539
ORF1ab/nsp2578L578del2L758del2delTTG--A1112537-2539
ORF1ab/nsp2578L578PL758PnonsynTTgCCg1112537-2539
ORF1ab/nsp2578L578EL758EnonsynTTgGAg1112537-2539
ORF1ab/nsp2578L578KL758KnonsynTTgAAg1112537-2539
ORF1ab/nsp2578L578NL758NnonsynTTGAAC1112537-2539

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA535887All0.000102
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg348887All0.000067
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA4887All0.000001
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg696696All0.000133
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg535535B.1.1.2320.970962
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA252252AY.60.010364
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA139154B.1.1.70.000124
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg15154B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg150150AY.9.20.005509
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT4889All0.000009
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC4189All0.000008
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg7979AK.11
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---6060All0.000011
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg3646AY.40.000056
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1046AY.40.000016
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg4141All0.000008
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg2637B.1.617.20.000098
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1037B.1.617.20.000038
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA137B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg2525N.20.961538
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg2222AK.21
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg1818All0.000003
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT1118B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC718B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1117B.1.20.000097
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg617B.1.20.000053
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1116AY.1030.000068
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg516AY.1030.000031
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA816AY.430.000035
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg816AY.430.000035
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC1616AY.9.20.000588
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg1414B.1.4270.000707
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg711AY.1020.000186
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA411AY.1020.000106
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA1010P.1.140.000478
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg69AY.250.000036
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA39AY.250.000018
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA48AY.390.000099
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg48AY.390.000099
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg88B.10.000073
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg77AY.40.000011
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg77B.1.1600.000218
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT77B.1.3510.000208
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg77B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg47P.10.000063
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA37P.10.000047
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---660.333333
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg36B.10.000027
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA36B.10.000027
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA46B.1.10.000073
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg26B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA55AY.1180.000313
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA45AY.230.000279
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg15AY.230.00007
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT35AY.40.000005
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC25AY.40.000003
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg55AY.50.000103
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---55B.10.000046
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg45B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA15B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT45B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC15B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2578L578WtTgtGg44All0.000001
ORF1ab/nsp2578L578del1Ttg-tg34All0.000001
ORF1ab/nsp2578L578XtTGtAA24All0
ORF1ab/nsp2578L578XtTgtAg24All0
ORF1ab/nsp2578L578del1ttGtt-14All0
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA44AY.110.005355
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC44AY.1110.000733
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC34AY.430.000013
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT14AY.430.000004
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg34AY.440.000018
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA14AY.440.000006
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg44AY.520.003257
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg33AY.260.000085
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg33AY.340.000291
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg33AY.40.000005
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA33AY.50.000062
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT23B.10.000018
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC13B.10.000009
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg23B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA13B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg23B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA33B.1.5680.003333
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA33D.20.000225
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC22AE.80.000978
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA12AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA12AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg22AY.250.000012
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT12AY.250.000006
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC12AY.250.000006
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg12AY.360.000148
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA12AY.360.000148
ORF1ab/nsp2578L578WtTgtGg22AY.390.000049
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg22AY.460.000208
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg22B.1.1.5230.003125
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg22B.1.177.320.002699
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2578L578XtTGtAA12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2578L578XtTgtAg12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA22B.1.5880.00182
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT22B.1.6190.001742
ORF1ab/nsp2578L578XtTgtAg12D.20.000075
ORF1ab/nsp2578L578XtTGtAA12D.20.000075
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC12P.10.000016
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT12P.10.000016
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA22Q.10.000253
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA22Q.40.00091
ORF1ab/nsp2578L578KTTgAAg11A0.000387
ORF1ab/nsp2578L578del2TTG--A11All0
ORF1ab/nsp2578L578ETTgGAg11All0
ORF1ab/nsp2578L578KTTgAAg11All0
ORF1ab/nsp2578L578NTTGAAC11All0
ORF1ab/nsp2578L578PTTgCCg11All0
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp2578L578del2TTG--A11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11AY.120.000316
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.140.000088
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.170.008197
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.310.018519
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp2578L578WtTgtGg11AY.360.000148
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2578L578del1Ttg-tg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA11AY.550.000917
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.570.000656
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2578L578LTtGCtA11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.710.000475
ORF1ab/nsp2578L578PTTgCCg11AY.710.000475
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11AY.780.001541
ORF1ab/nsp2578L578FttGttT11AY.790.001211
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.90.000068
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11AY.940.000443
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B0.000128
ORF1ab/nsp2578L578FttGttC11B0.000128
ORF1ab/nsp2578L578del1Ttg-tg11B.10.000009
ORF1ab/nsp2578L578ETTgGAg11B.10.000009
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11B.10.000009
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.1.2050.003717
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp2578L578LttGttA11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp2578L578LTtgCtg11B.1.1.2630.001558
ORF1ab/nsp2578L578StTgtCg11B.1.1.2970.002237
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp2578L578MTtgAtg11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp2578L578VTtgGtg11B.1.1.4420.018519
ORF1ab/nsp2578L578delTTG---11B.1.1.4480.002033
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