CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | I740I | syn | atC | atT | 15678 | 15298 | 0.975762 | 2483-2485 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 15298 | 15678 | All | 0.002926 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2921 | 2936 | AY.4 | 0.004546 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1829 | 1842 | B.1.1.7 | 0.001637 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1006 | 1006 | B.1.214.2 | 0.603118 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 868 | 868 | B.1.36 | 0.126641 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 840 | 840 | AY.110 | 0.094659 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 741 | 742 | B.1.617.2 | 0.00279 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 685 | 685 | AY.39.1 | 0.027135 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 497 | 499 | AY.44 | 0.003025 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 467 | 476 | AY.25 | 0.002809 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 153 | 449 | AY.43 | 0.000678 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 375 | 378 | B.1.2 | 0.003302 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 283 | 284 | AY.103 | 0.001757 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 270 | 270 | B.1.243 | 0.018788 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 243 | 244 | B.1.429 | 0.005718 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 230 | 231 | P.1 | 0.003623 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 229 | 229 | C.1.2 | 0.974468 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 211 | 213 | AY.3 | 0.002099 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 184 | 185 | B.1.177 | 0.002423 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 177 | 177 | B.1.258 | 0.011779 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 166 | 166 | AY.6 | 0.006827 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 158 | 159 | B.1.1 | 0.002866 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 125 | 128 | B.1 | 0.001145 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 122 | 122 | B.1.427 | 0.006161 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 119 | 119 | B.1.1.519 | 0.004726 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 87 | 87 | B.1.221 | 0.00618 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 84 | 84 | B.1.456 | 0.27451 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 70 | 70 | B.1.561 | 0.027789 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 66 | 66 | B.1.351 | 0.001962 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 65 | 65 | C.35 | 0.05031 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 63 | 64 | B.1.526 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 62 | 62 | R.1 | 0.005581 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 59 | 59 | AY.36 | 0.008745 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 50 | 50 | AY.4.2 | 0.001084 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 46 | 46 | AY.102 | 0.00122 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 45 | 45 | AY.42 | 0.00181 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 42 | 42 | Q.7 | 0.046667 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 40 | 40 | AY.119 | 0.001412 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 40 | 40 | B.1.621.1 | 0.020233 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 39 | 39 | AY.71 | 0.018527 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 35 | 36 | AY.26 | 0.000991 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 36 | 36 | AY.61 | 0.003772 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 34 | 34 | AY.5 | 0.000702 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 30 | 30 | B.1.1.214 | 0.001664 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 30 | 30 | B.1.160 | 0.000936 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 30 | 30 | C.36.3.1 | 0.081522 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 29 | 29 | AY.14 | 0.002552 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 28 | 29 | AY.39 | 0.000692 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 28 | 28 | AY.4.5 | 0.00301 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 27 | 27 | B.1.36.8 | 0.027 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 25 | 25 | AY.99.2 | 0.002304 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 23 | 24 | AY.75 | 0.001289 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 24 | 24 | B.1.575 | 0.007282 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 24 | 24 | P.1.15 | 0.005576 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 22 | 23 | AY.45 | 0.002677 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 21 | 21 | AY.20 | 0.000816 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 21 | 21 | AY.64 | 0.0125 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 21 | 21 | B.1.1.216 | 0.0187 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 21 | 21 | B.1.36.29 | 0.010864 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 21 | 21 | B.1.596 | 0.00183 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 20 | 20 | B.1.241 | 0.016234 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 20 | 20 | B.1.617.1 | 0.002579 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 20 | 20 | P.1.14 | 0.000956 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 18 | 18 | AY.47 | 0.00056 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 18 | 18 | B.1.1.1 | 0.00588 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 17 | 17 | AY.95 | 0.012938 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 16 | 17 | P.2 | 0.002986 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 15 | 15 | AY.29 | 0.000237 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 15 | 15 | AY.74 | 0.001735 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 15 | 15 | B.1.160.9 | 0.107914 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 13 | 14 | AY.100 | 0.000598 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 14 | 14 | AY.73 | 0.009315 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 14 | 14 | B.1.1.28 | 0.004357 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 13 | 14 | B.1.438.1 | 0.001394 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 10 | 13 | AY.33 | 0.000668 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 12 | 12 | AY.111 | 0.002198 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 12 | 12 | AY.32 | 0.00639 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 12 | 12 | AY.46.4 | 0.001974 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 12 | 12 | B.1.258.17 | 0.001248 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 12 | 12 | B.1.621 | 0.001062 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 12 | 12 | C.37 | 0.001393 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 11 | 11 | AK.2 | 0.5 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 11 | 11 | AY.23 | 0.000767 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 8 | 11 | AY.54 | 0.000763 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 11 | 11 | AY.98 | 0.000869 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 11 | 11 | B.1.595 | 0.002871 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 10 | AY.120 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 10 | 10 | B.1.1.317 | 0.004117 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 10 | 10 | B.1.1.350 | 0.4 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 9 | 9 | A.23.1 | 0.006338 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 9 | 9 | AY.109 | 0.006657 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 9 | 9 | AY.4.2.1 | 0.001341 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 9 | 9 | B.1.36.26 | 0.025714 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 9 | 9 | C.36.3 | 0.005105 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 8 | 8 | AY.117 | 0.000676 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 8 | 8 | AY.57 | 0.005249 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 8 | 8 | B.1.1.25 | 0.004548 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 8 | 8 | B.1.177.81 | 0.001515 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 8 | 8 | B.1.565 | 0.006483 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 8 | 8 | Q.8 | 0.001319 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 7 | 7 | AY.34.1 | 0.00357 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 7 | 7 | AY.75.1 | 0.001262 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 7 | 7 | B.1.36.19 | 0.064815 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 7 | 7 | B.1.609 | 0.003356 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | AY.114 | 0.001387 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | AY.23.1 | 0.002504 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | AY.34 | 0.000582 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | AY.88 | 0.005305 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | AY.9 | 0.000406 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | AY.9.1 | 0.000502 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 6 | B.1.1.306 | 0.002192 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | B.1.177.21 | 0.000459 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | B.1.177.4 | 0.001266 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | B.1.234 | 0.000792 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 6 | 6 | B.1.240 | 0.001293 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 6 | B.1.582 | 0.001963 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.10 | 0.00265 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.113 | 0.000712 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 5 | AY.24 | 0.001724 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.46 | 0.00052 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.7.1 | 0.000564 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.84 | 0.002187 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.9.2 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.90 | 0.003422 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | AY.93 | 0.001365 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | B.1.1.486 | 0.007886 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | B.1.523 | 0.012255 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | B.1.525 | 0.000566 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | C.1 | 0.011962 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 5 | 5 | Q.4 | 0.002274 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.101 | 0.001962 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.108 | 0.00441 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.118 | 0.000251 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.12 | 0.001264 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.27 | 0.000259 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.67 | 0.001857 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.70 | 0.000834 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | AY.98.1 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 4 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.1.176 | 0.001757 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.1.222 | 0.000816 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.1.318 | 0.001207 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.164 | 0.059701 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.177.60 | 0.000874 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.177.86 | 0.000734 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 4 | 4 | B.1.409 | 0.003125 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | A | 0.001161 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AD.2 | 0.000657 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.106 | 0.001005 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.107 | 0.001398 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.116 | 0.00086 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.13 | 0.000483 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.29.1 | 0.000662 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.3.1 | 0.000256 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.30 | 0.001187 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.40 | 0.002893 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.41 | 0.000882 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.59 | 0.001589 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | AY.63 | 0.001161 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.10 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.189 | 0.004539 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.220 | 0.005576 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.284 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.348 | 0.002389 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.50 | 0.002037 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.1.54 | 0.009063 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.177.12 | 0.000455 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.177.57 | 0.000843 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.177.7 | 0.000495 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.177.75 | 0.003122 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.375 | 0.002459 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.466.2 | 0.001174 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | B.1.590 | 0.013636 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | C.6 | 0.111111 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | D.2 | 0.000225 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 3 | 3 | P.1.17 | 0.000485 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AE.8 | 0.000978 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.1 | 0.000791 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.15 | 0.004444 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.38 | 0.000999 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.46.1 | 0.002053 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.46.6 | 0.000144 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.60 | 0.001876 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.86 | 0.00166 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AY.99.1 | 0.003106 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | AZ.2 | 0.001642 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.280 | 0.006173 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.316 | 0.00185 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.335 | 0.025974 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.375 | 0.02381 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.398 | 0.006452 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.434 | 0.000697 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.1.70 | 0.000682 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.110.3 | 0.001437 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.177.41 | 0.005 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.177.73 | 0.001133 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.177.79 | 0.004684 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.177.83 | 0.002963 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.177.9 | 0.002663 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.189 | 0.008584 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.214.3 | 0.014286 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.305 | 0.004301 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.36.25 | 0.004415 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.36.31 | 0.003503 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.396 | 0.001411 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.398 | 0.005952 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.404 | 0.002604 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.428.3 | 0.025641 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.509 | 0.001732 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.564 | 0.000852 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.620 | 0.001892 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.1.628 | 0.000705 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.11 | 0.010256 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | B.6.6 | 0.001778 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | P.1.7 | 0.000639 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 2 | 2 | Q.3 | 0.00029 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | A.19 | 0.009434 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AM.4 | 0.003571 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AT.1 | 0.005128 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.11 | 0.001339 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.116.1 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.17 | 0.008197 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.56 | 0.001605 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.58 | 0.000907 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.80 | 0.001129 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.87 | 0.000833 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.132 | 0.014925 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.171 | 0.003676 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.174 | 0.003378 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.177 | 0.019231 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.231 | 0.003096 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.254 | 0.011236 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.269 | 0.001353 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.294 | 0.001266 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.304 | 0.002809 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.353 | 0.020833 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.377 | 0.001381 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.378 | 0.007299 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.385 | 0.004464 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.397 | 0.002252 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.402 | 0.011111 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.44 | 0.00241 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.461 | 0.012048 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.481 | 0.071429 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.485 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.49 | 0.017544 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.1.517 | 0.006803 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.131 | 0.008772 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.160.22 | 0.006757 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.162 | 0.005025 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.165 | 0.011905 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.20 | 0.001517 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.53 | 0.002392 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.67 | 0.007634 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.214.1 | 0.02 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.223 | 0.002778 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.232 | 0.000537 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.239 | 0.001221 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.258.11 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.329 | 0.000608 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.336 | 0.002439 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.338 | 0.008621 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.351.5 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.22 | 0.001208 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.36.36 | 0.000602 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.408 | 0.00369 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.411 | 0.003704 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.415.1 | 0.007576 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.426 | 0.001009 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.432 | 0.011236 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.471 | 0.002732 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.499 | 0.00105 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.507 | 0.011236 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.560 | 0.00463 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.564.1 | 0.001577 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.585 | 0.027778 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.587 | 0.001898 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.588 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.595.1 | 0.005848 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.610 | 0.003546 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.612 | 0.002653 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.1.8 | 0.001972 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.4 | 0.002208 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | B.55 | 0.00295 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | N.5 | 0.001767 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.10.1 | 0.00813 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.2 | 0.001156 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | P.1.4 | 0.000977 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp2 | 560 | I560I | atC | atT | 1 | 1 | W.4 | 0.001351 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|