CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | I739V | nonsyn | Att | Gtt | 3029 | 3029 | 1 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | I739I | syn | atT | atC | 453 | 434 | 0.958057 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | I739I | syn | atT | atA | 453 | 19 | 0.0419426 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | I739del | del | ATT | --- | 91 | 91 | 1 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | I739L | nonsyn | Att | Ctt | 63 | 57 | 0.904762 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | I739L | nonsyn | AtT | TtA | 63 | 3 | 0.047619 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | I739L | nonsyn | AtT | CtG | 63 | 1 | 0.015873 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | I739L | nonsyn | AtT | CtA | 63 | 1 | 0.015873 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | I739L | nonsyn | AtT | TtG | 63 | 1 | 0.015873 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | I739T | nonsyn | aTt | aCt | 19 | 18 | 0.947368 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | I739T | nonsyn | aTT | aCC | 19 | 1 | 0.0526316 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | I739F | nonsyn | Att | Ttt | 15 | 15 | 1 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | I739M | nonsyn | atT | atG | 12 | 12 | 1 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | I739S | nonsyn | aTt | aGt | 12 | 11 | 0.916667 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | I739S | nonsyn | aTT | aGC | 12 | 1 | 0.0833333 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | I739N | nonsyn | aTt | aAt | 5 | 4 | 0.8 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | I739N | nonsyn | aTT | aAC | 5 | 1 | 0.2 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559Y | I739Y | nonsyn | ATt | TAt | 3 | 3 | 1 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del1 | I739del1 | del | ATt | G-t | 2 | 1 | 0.5 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del1 | I739del1 | del | atT | at- | 2 | 1 | 0.5 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559G | I739G | nonsyn | ATt | GGt | 1 | 1 | 1 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559A | I739A | nonsyn | ATt | GCt | 1 | 1 | 1 | 2480-2482 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559R | I739R | nonsyn | ATT | CGG | 1 | 1 | 1 | 2480-2482 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 3029 | 3029 | All | 0.000579 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2701 | 2701 | B.40 | 0.983971 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 434 | 453 | All | 0.000083 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 19 | 453 | All | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 96 | 102 | B.1.1.7 | 0.000086 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 6 | 102 | B.1.1.7 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 95 | 95 | B.1.429 | 0.002235 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 91 | 91 | All | 0.000017 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 57 | 63 | All | 0.000011 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | TtA | 3 | 63 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | CtA | 1 | 63 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | CtG | 1 | 63 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | TtG | 1 | 63 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 61 | 61 | B.60 | 0.968254 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 50 | 50 | AY.74 | 0.005782 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 36 | 36 | B.1.2 | 0.000317 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 28 | 28 | B | 0.003579 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 25 | 25 | B.1.1.7 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 21 | 21 | B.1.1.7 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 18 | 19 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTT | aCC | 1 | 19 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 19 | 19 | AY.4 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 15 | 19 | B.1 | 0.000137 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 4 | 19 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 19 | 19 | B.1.617.2 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 18 | 18 | AY.46 | 0.001873 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 17 | 17 | B.1 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 17 | 17 | B.1.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 15 | 15 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 15 | 15 | AY.9.2 | 0.000551 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 14 | 14 | AY.25 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 12 | 12 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 11 | 12 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTT | aGC | 1 | 12 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 11 | 11 | AY.102 | 0.000292 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 11 | 11 | B.1.617.2 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 10 | 10 | AY.44 | 0.000061 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 10 | 10 | B.1.1 | 0.000181 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 10 | 10 | B.1.1.306 | 0.004384 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 10 | 10 | B.1.525 | 0.001132 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 9 | 9 | AY.4 | 0.000014 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 9 | 9 | AY.4 | 0.000014 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 8 | 8 | AY.103 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 8 | 8 | AY.47 | 0.000249 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 7 | 7 | B.1.1.519 | 0.000278 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 6 | 6 | AY.54 | 0.000572 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 6 | 6 | B.1.621 | 0.000531 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | aTt | aAt | 4 | 5 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | aTT | aAC | 1 | 5 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 3 | 5 | AY.43 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 2 | 5 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.57 | 0.003281 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | TtA | 1 | 5 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | CtG | 1 | 5 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | CtA | 1 | 5 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 5 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | TtG | 1 | 5 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 5 | 5 | B.1.1.519 | 0.000199 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 5 | 5 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 5 | 5 | B.1.36 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 4 | 4 | 0.222222 | |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 4 | 4 | AY.99.2 | 0.000369 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 3 | 4 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 1 | 4 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 4 | 4 | B.1.526 | 0.000094 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559Y | ATt | TAt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 3 | 3 | AY.117 | 0.000254 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.121 | 0.000406 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 3 | 3 | AY.6 | 0.000123 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 2 | 3 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 3 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.1.214 | 0.000166 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.1.219 | 0.015 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.223 | 0.008333 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.258 | 0.0002 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 3 | 3 | P.2 | 0.00056 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del1 | atT | at- | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del1 | ATt | G-t | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 2 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | TtA | 1 | 2 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559Y | ATt | TAt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1.1.284 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.1.348 | 0.001592 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.177.16 | 0.001329 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.258.18 | 0.2 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.396 | 0.001411 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.424 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.428 | 0.002041 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.3 | 0.001661 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.4 | 0.004415 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 2 | 2 | N.6 | 0.014184 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 1 | 1 | A.6 | 0.005128 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | A.6 | 0.005128 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559G | ATt | GGt | 1 | 1 | A.6 | 0.005128 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AE.8 | 0.000489 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559R | ATT | CGG | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559G | ATt | GGt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559A | ATt | GCt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | AtT | TtA | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTT | aCC | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559A | ATt | GCt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del1 | ATt | G-t | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.78 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del1 | atT | at- | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.44 | 0.00241 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559R | ATT | CGG | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559Y | ATt | TAt | 1 | 1 | B.1.167 | 0.007812 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | aTt | aAt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.177.20 | 0.001517 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.43 | 0.001477 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.179 | 0.003759 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.195 | 0.005025 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.22 | 0.001318 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.258.3 | 0.001675 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.36.16 | 0.001425 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559S | aTT | aGC | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.538 | 0.008065 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.564.1 | 0.001577 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.575 | 0.000303 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | aTt | aAt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.617.3 | 0.002985 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.94 | 0.027027 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.34 | 0.013699 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | B.57 | 0.015152 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | N.5 | 0.001767 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559N | aTT | aAC | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559L | Att | Ctt | 1 | 1 | P.1.10 | 0.000269 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559del | ATT | --- | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559V | Att | Gtt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 559 | I559I | atT | atC | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|