CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 550

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2550L550FL730FnonsynCtcTtc87189870920.9988872453-2455
ORF1ab/nsp2550L550FL730FnonsynCtCTtT87189970.001112532453-2455
ORF1ab/nsp2550L550LL730LsynctCctT1017999360.9761272453-2455
ORF1ab/nsp2550L550LL730LsynctCctA101792300.02259552453-2455
ORF1ab/nsp2550L550LL730LsynctCctG10179110.001080662453-2455
ORF1ab/nsp2550L550LL730LsynCtCTtA1017920.0001964832453-2455
ORF1ab/nsp2550L550PL730PnonsyncTccCc1681670.9940482453-2455
ORF1ab/nsp2550L550PL730PnonsyncTCcCA16810.005952382453-2455
ORF1ab/nsp2550L550IL730InonsynCtcAtc101970.9603962453-2455
ORF1ab/nsp2550L550IL730InonsynCtCAtA10140.0396042453-2455
ORF1ab/nsp2550L550delL730deldelCTC---838312453-2455
ORF1ab/nsp2550L550RL730RnonsyncTccGc515112453-2455
ORF1ab/nsp2550L550HL730HnonsyncTccAc383812453-2455
ORF1ab/nsp2550L550VL730VnonsynCtcGtc33300.9090912453-2455
ORF1ab/nsp2550L550VL730VnonsynCtCGtA3320.06060612453-2455
ORF1ab/nsp2550L550VL730VnonsynCtCGtT3310.0303032453-2455
ORF1ab/nsp2550L550del1L730del1delcTcc-c3312453-2455
ORF1ab/nsp2550L550DL730DnonsynCTcGAc2212453-2455
ORF1ab/nsp2550L550SL730SnonsynCTCTCT2212453-2455
ORF1ab/nsp2550L550EL730EnonsynCTCGAA1112453-2455
ORF1ab/nsp2550L550NL730NnonsynCTcAAc1112453-2455
ORF1ab/nsp2550L550KL730KnonsynCTCAAA1112453-2455
ORF1ab/nsp2550L550QL730QnonsyncTCcAA1112453-2455

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc8709287189All0.016657
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT9787189All0.000019
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc8377183859B.1.1.70.074994
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT8883859B.1.1.70.000079
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT993610179All0.0019
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA23010179All0.000044
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG1110179All0.000002
ORF1ab/nsp2550L550LCtCTtA210179All0
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT19382104B.1.1.70.001735
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA1622104B.1.1.70.000145
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG22104B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2550L550LCtCTtA22104B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT12971299B.1.617.20.004884
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA21299B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT10731075AY.40.00167
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA11075AY.40.000002
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG11075AY.40.000002
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT823868P.10.012966
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA45868P.10.000709
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT475475B.1.1.3120.908222
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc376376AY.40.000585
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT348348B.1.1.500.236253
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc239239B.10.002189
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc212214B.1.20.001867
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT2214B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT204204B.1.1770.002686
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT200200AY.1020.005303
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc196197AY.440.001193
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT1197AY.440.000006
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc183183B.1.1770.00241
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT176176AY.1030.001093
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT170170B.1.20.001497
ORF1ab/nsp2550L550PcTccCc167168All0.000032
ORF1ab/nsp2550L550PcTCcCA1168All0
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT164164AY.750.009188
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc155155B.1.5260.003643
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT151151AY.440.000919
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT149149B.1.4290.003506
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT146148B.10.001337
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA2148B.10.000018
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc120120B.1.10.002177
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT119119B.1.5260.002797
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc112112AY.340.01086
ORF1ab/nsp2550L550ICtcAtc97101All0.000019
ORF1ab/nsp2550L550ICtCAtA4101All0.000001
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc9999Q.80.016326
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT9595AY.260.002689
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc9193B.1.617.20.000343
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT293B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT8989B.1.3510.002646
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT8788B.1.10.001578
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA188B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc8686AY.1130.012245
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT8486AY.250.000505
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA286AY.250.000012
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT8185AY.30.000806
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG385AY.30.00003
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA185AY.30.00001
ORF1ab/nsp2550L550delCTC---8383All0.000016
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT7779AY.430.000341
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA279AY.430.000009
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT7474B.1.1.2140.004104
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc7374Q.10.009222
ORF1ab/nsp2550L550FCtCTtT174Q.10.000126
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT6464AY.50.001322
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT6262AY.1170.00524
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT5860AY.390.001433
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA260AY.390.000049
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5959P.10.000929
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT5858A.2.50.028942
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5858AY.250.000349
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5757B.1.1.3050.220077
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc5454AY.410.015873
ORF1ab/nsp2550L550RcTccGc5151All0.00001
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc4848AY.430.000213
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT4343B.1.1.3180.012975
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc4242AY.1030.000261
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc4242Q.50.711864
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT4141AY.1000.001886
ORF1ab/nsp2550L550HcTccAc3838All0.000007
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3738B.1.1.5190.001469
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA138B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2550L550PcTccCc3737AY.50.000764
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3636AY.1100.004057
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3636B.1.1600.001123
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3334B.1.1600.001029
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG134B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3334Q.10.004169
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG134Q.10.000126
ORF1ab/nsp2550L550VCtcGtc3033All0.000006
ORF1ab/nsp2550L550VCtCGtA233All0
ORF1ab/nsp2550L550VCtCGtT133All0
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3133AY.230.002162
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG233AY.230.000139
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3333AY.4.20.000716
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3333AY.450.004016
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3333B.1.621.10.016692
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3131AY.290.000489
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3131AY.98.10.001501
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3131B.1.1470.023432
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc3131B.1.4290.000729
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3131R.20.449275
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT3030B.1.1.1210.072816
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2828B.1.3490.020014
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2727AY.1210.003654
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2727AY.30.000269
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2727AY.420.001086
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2727B.1.2210.001918
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2727B.1.36.80.027
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2626B.1.6370.0019
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2525AY.1180.001566
ORF1ab/nsp2550L550ICtcAtc2525B.1.1.70.000022
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2424AY.70.004704
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2424B.1.1.4830.923077
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2424B.1.390.09375
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2323AY.1000.001058
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2323P.20.004293
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2222AY.1210.002977
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2222B.1.5760.019946
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2222P.1.70.007024
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2121B.1.258.170.002183
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2121B.1.5750.006371
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2020AY.1200.000744
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2020AY.4.20.000434
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc2020B.1.3510.000595
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2020B.1.4270.00101
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT2020C.370.002321
ORF1ab/nsp2550L550RcTccGc1919AY.9.20.000698
ORF1ab/nsp2550L550delCTC---1919B.1.1.70.000017
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1919B.1.4430.088785
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1717AY.1020.000451
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1717AY.1130.002421
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1717B.1.1.460.074236
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1717B.60.015469
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1616AY.98.10.000775
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1616B.1.36.290.008277
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1616B.1.5960.001394
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515AY.470.000467
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515AY.50.00031
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515B.1.1.2840.001611
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515B.1.1.330.006313
ORF1ab/nsp2550L550HcTccAc1515B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1515B.1.5820.00736
ORF1ab/nsp2550L550PcTccCc1414AY.40.000022
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1414AY.470.000435
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1414AY.610.001467
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1414AY.9.10.001172
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1414AY.980.001106
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1414B.1.177.440.007265
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1313AY.200.000505
ORF1ab/nsp2550L550PcTccCc1313B.1.1.3690.005801
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1313B.1.1.5190.000516
ORF1ab/nsp2550L550VCtcGtc1213B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp2550L550VCtCGtA113B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212AY.390.000297
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212AY.60.000494
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1212AY.640.007143
ORF1ab/nsp2550L550PcTccCc1212B.1.1.2910.008909
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212B.1.1.3060.005261
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212B.1.1.5120.342857
ORF1ab/nsp2550L550PcTccCc1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1212B.1.177.730.006795
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1212B.1.360.001751
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1212Q.80.001979
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1111AY.1190.000388
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1111AY.200.000428
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1111AY.270.000712
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1111AY.330.000735
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1111B.1.2580.000732
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1111B.1.3960.007763
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1111B.1.4000.004719
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1111B.1.617.10.001419
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1010AY.1050.006431
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT910B0.00115
ORF1ab/nsp2550L550LctCctG110B0.000128
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1010B.1.1.2220.00204
ORF1ab/nsp2550L550RcTccGc1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1010B.1.2580.000665
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc1010B.1.5250.001132
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1010B.1.5610.00397
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1010B.1.6210.000885
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT910P.1.120.004356
ORF1ab/nsp2550L550LctCctA110P.1.120.000484
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1010P.70.043668
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT1010R.10.0009
ORF1ab/nsp2550L550HcTccAc99AA.10.065217
ORF1ab/nsp2550L550FCtcTtc99AY.290.000142
ORF1ab/nsp2550L550LctCctT99AY.460.000937
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