CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | G728G | syn | ggC | ggT | 2666 | 1892 | 0.709677 | 2447-2449 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1892 | 2666 | All | 0.000362 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 732 | 1360 | B.1.1.7 | 0.000655 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 153 | 153 | R.1 | 0.013771 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 121 | 123 | AY.4 | 0.000188 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 68 | 69 | B.1.177.83 | 0.100741 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 59 | 62 | AY.43 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 33 | 60 | B.1.177 | 0.000435 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 45 | 56 | B.1.617.2 | 0.000169 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 32 | 45 | B.1.1 | 0.000581 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 41 | 41 | AY.4.5 | 0.004407 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 38 | 38 | B.1.2 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 34 | 35 | Q.1 | 0.004295 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 30 | 30 | N.10 | 0.882353 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 29 | 29 | AY.103 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 25 | 26 | AY.44 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 23 | 24 | AY.39 | 0.000568 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 20 | 24 | P.1 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 17 | 23 | B.1 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 23 | 23 | B.1.602 | 0.150327 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 17 | 17 | AY.4.2 | 0.000369 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 16 | 16 | AY.119 | 0.000565 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 15 | 16 | AY.3 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 13 | 15 | AY.47 | 0.000404 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 14 | 14 | AY.88 | 0.012378 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 14 | 14 | B.1.1.192 | 0.032333 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 14 | 14 | B.1.177.17 | 0.011494 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 11 | 12 | AY.102 | 0.000292 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 6 | 12 | AY.46 | 0.000624 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 8 | 9 | AY.25 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 9 | 9 | AY.29 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 9 | B.1.427 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 8 | 8 | AY.98 | 0.000632 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 8 | 8 | P.1.14 | 0.000382 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 7 | 7 | B.1.1.33 | 0.002946 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 6 | 6 | AY.41 | 0.001764 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 6 | 6 | B.1.1.144 | 0.171429 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 6 | 6 | B.1.234 | 0.000792 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 6 | 6 | B.1.526 | 0.000141 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 5 | 6 | B.1.617.1 | 0.000645 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 5 | 5 | AY.111 | 0.000916 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 5 | AY.46.1 | 0.004107 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 5 | 5 | AY.99.2 | 0.000461 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 5 | 5 | B.1.362 | 0.007704 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 4 | AY.118 | 0.000251 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 4 | AY.27 | 0.000259 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 4 | AY.45 | 0.000487 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 4 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 4 | B.1.177.60 | 0.000874 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 4 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 4 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 4 | 4 | B.1.621 | 0.000354 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.1 | 0.001187 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.36 | 0.000445 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.6 | 0.000123 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 3 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.74 | 0.000347 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | AY.84 | 0.001312 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 3 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | B.1.1.220 | 0.005576 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 3 | 3 | B.1.627 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 2 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.39.1 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | AY.87 | 0.001665 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.1.63 | 0.000772 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.126 | 0.002551 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.177.81 | 0.000379 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.232 | 0.001075 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.438.1 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.595 | 0.000522 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.73 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.117 | 0.009709 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.132 | 0.014925 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.158 | 0.012195 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.172 | 0.018182 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.27 | 0.00565 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.413 | 0.006897 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.1.523 | 0.001563 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.160.26 | 0.002421 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.160.31 | 0.008065 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.177.11 | 0.001698 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.177.24 | 0.001295 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.177.51 | 0.004566 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.177.72 | 0.00339 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.36.7 | 0.004 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.416 | 0.001269 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.428.2 | 0.033333 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.530 | 0.007143 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.546 | 0.003704 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.565 | 0.00081 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.605 | 0.005952 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.618 | 0.004032 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | B.15 | 0.017544 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | C.1.2 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp2 | 548 | G548G | ggC | ggT | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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