CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 525

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2525L525LL705LsynttAttG4103400.8292682378-2380
ORF1ab/nsp2525L525LL705LsynTtaCta410690.1682932378-2380
ORF1ab/nsp2525L525LL705LsynTtACtG41010.002439022378-2380
ORF1ab/nsp2525L525delL705deldelTTA---10510512378-2380
ORF1ab/nsp2525L525FL705FnonsynttAttT27200.7407412378-2380
ORF1ab/nsp2525L525FL705FnonsynttAttC2770.2592592378-2380
ORF1ab/nsp2525L525SL705SnonsyntTatCa17160.9411762378-2380
ORF1ab/nsp2525L525SL705SnonsyntTAtCT1710.05882352378-2380
ORF1ab/nsp2525L525VL705VnonsynTtaGta15130.8666672378-2380
ORF1ab/nsp2525L525VL705VnonsynTtAGtG1510.06666672378-2380
ORF1ab/nsp2525L525VL705VnonsynTtAGtT1510.06666672378-2380
ORF1ab/nsp2525L525IL705InonsynTtaAta11100.9090912378-2380
ORF1ab/nsp2525L525IL705InonsynTtAAtT1110.09090912378-2380
ORF1ab/nsp2525L525XL705XnonsyntTatAa520.42378-2380
ORF1ab/nsp2525L525XL705XnonsyntTatGa520.42378-2380
ORF1ab/nsp2525L525XL705XnonsyntTAtAG510.22378-2380
ORF1ab/nsp2525L525TL705TnonsynTTaACa2212378-2380
ORF1ab/nsp2525L525del1L705del1delttAtt-210.52378-2380
ORF1ab/nsp2525L525del1L705del1delTtAGt-210.52378-2380
ORF1ab/nsp2525L525CL705CnonsyntTAtGT1112378-2380

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG340410All0.000065
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta69410All0.000013
ORF1ab/nsp2525L525LTtACtG1410All0
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---105105All0.00002
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG9898AS.10.933333
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG6262AY.1030.000385
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG5559B.1.1.70.000049
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta359B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2525L525LTtACtG159B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG3939AY.1140.009013
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT2027All0.000004
ORF1ab/nsp2525L525FttAttC727All0.000001
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---2525B.1.1.70.000022
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG1923B.1.617.20.000072
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta423B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG1919AY.120.10.0061
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta1818AY.430.00008
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa1617All0.000003
ORF1ab/nsp2525L525StTAtCT117All0
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta1417AY.40.000022
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG317AY.40.000005
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta1315All0.000002
ORF1ab/nsp2525L525VTtAGtT115All0
ORF1ab/nsp2525L525VTtAGtG115All0
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG1313B.1.1.3170.005352
ORF1ab/nsp2525L525ITtaAta1011All0.000002
ORF1ab/nsp2525L525ITtAAtT111All0
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta911AY.440.000055
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG211AY.440.000012
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta1111AY.980.000869
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---880.444444
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG78B.10.000064
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta18B.10.000009
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---77B.10.000064
ORF1ab/nsp2525L525FttAttC66AY.40.000009
ORF1ab/nsp2525L525XtTatAa25All0
ORF1ab/nsp2525L525XtTatGa25All0
ORF1ab/nsp2525L525XtTAtAG15All0
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta44AY.250.000024
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp2525L525ITtaAta44B.1.1.4120.030534
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---33AY.250.000018
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG23AY.30.00002
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta13AY.30.00001
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2525L525FttAttC13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG23B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT220.111111
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta120.055556
ORF1ab/nsp2525L525ITtAAtT120.055556
ORF1ab/nsp2525L525VTtAGtT120.055556
ORF1ab/nsp2525L525ITtaAta120.055556
ORF1ab/nsp2525L525TTTaACa22All0
ORF1ab/nsp2525L525del1TtAGt-12All0
ORF1ab/nsp2525L525del1ttAtt-12All0
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta12AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG12AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT22AY.200.000078
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22AY.750.000112
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22AY.990.002099
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa22B.10.000018
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2525L525XtTatGa12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2525L525XtTatAa12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta12B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG12B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2525L525ITtaAta22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG22P.10.000032
ORF1ab/nsp2525L525ITtaAta11A.10.000282
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11A.10.000282
ORF1ab/nsp2525L525TTTaACa11A.10.000282
ORF1ab/nsp2525L525CtTAtGT11All0
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2525L525TTTaACa11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta11AY.50.000021
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11AY.550.000917
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.620.000436
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2525L525del1TtAGt-11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta11AY.920.000287
ORF1ab/nsp2525L525XtTAtAG11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.1.1370.0125
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.1.1530.001095
ORF1ab/nsp2525L525CtTAtGT11B.1.1.1920.002309
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11B.1.1.260.005236
ORF1ab/nsp2525L525del1ttAtt-11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp2525L525VTtaGta11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.1.3330.001076
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp2525L525ITtaAta11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp2525L525VTtAGtG11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2525L525ITtaAta11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.2320.000537
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11B.1.36.10.00114
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp2525L525LttAttG11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp2525L525StTatCa11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2525L525XtTatGa11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp2525L525XtTatAa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2525L525LTtaCta11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp2525L525StTAtCT11B.40.002208
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11B.570.015152
ORF1ab/nsp2525L525FttAttT11D.20.000075
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11P.10.000016
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11P.20.000187
ORF1ab/nsp2525L525delTTA---11Q.20.000613