CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 498

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2498F498FF678FsynttCttT3025302512297-2299
ORF1ab/nsp2498F498LF678LnonsynTtcCtc3723010.809142297-2299
ORF1ab/nsp2498F498LF678LnonsynttCttA372690.1854842297-2299
ORF1ab/nsp2498F498LF678LnonsynttCttG37220.005376342297-2299
ORF1ab/nsp2498F498delF678deldelTTC---777712297-2299
ORF1ab/nsp2498F498VF678VnonsynTtcGtc202012297-2299
ORF1ab/nsp2498F498YF678YnonsyntTctAc121212297-2299
ORF1ab/nsp2498F498CF678CnonsyntTctGc9912297-2299
ORF1ab/nsp2498F498SF678SnonsyntTctCc980.8888892297-2299
ORF1ab/nsp2498F498SF678SnonsyntTCtCT910.1111112297-2299
ORF1ab/nsp2498F498IF678InonsynTtcAtc7712297-2299
ORF1ab/nsp2498F498del1F678del1delTtC-tT420.52297-2299
ORF1ab/nsp2498F498del1F678del1delttCtt-410.252297-2299
ORF1ab/nsp2498F498del1F678del1delTtc-tc410.252297-2299
ORF1ab/nsp2498F498PF678PnonsynTTcCCc2212297-2299
ORF1ab/nsp2498F498TF678TnonsynTTcACc2212297-2299
ORF1ab/nsp2498F498del2F678del2delTTc--c210.52297-2299
ORF1ab/nsp2498F498del2F678del2deltTCt--210.52297-2299
ORF1ab/nsp2498F498NF678NnonsynTTcAAc1112297-2299
ORF1ab/nsp2498F498HF678HnonsynTTCCAT1112297-2299
ORF1ab/nsp2498F498AF678AnonsynTTcGCc1112297-2299
ORF1ab/nsp2498F498DF678DnonsynTTCGAT1112297-2299

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT30253025All0.000579
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT17871787B.1.1.70.0016
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc301372All0.000058
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA69372All0.000013
ORF1ab/nsp2498F498LttCttG2372All0
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT232232B.1.5260.005453
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT171171P.10.002694
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc127158B.1.1.70.000114
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA31158B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT139139B.1.617.20.000523
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---7777All0.000015
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT7070AY.430.00031
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT6565B.1.1.2620.984848
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc5353AY.430.000235
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT4949AY.3.10.004178
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT4444AY.250.000265
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT3838AY.40.000059
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT2727B.1.160.190.964286
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc2325B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA125B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2498F498LttCttG125B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT2525Q.80.004123
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT2424AY.1030.000149
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT2424B.1.2410.019481
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA2022AY.1180.001253
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc222AY.1180.000125
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT2121B.1.4290.000494
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc2020All0.000004
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT2020B.1.3110.005491
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT1818AY.30.000179
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc1515Z.10.043353
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc1214AY.40.000019
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA214AY.40.000003
ORF1ab/nsp2498F498YtTctAc1212All0.000002
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT1212AY.450.00146
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc712B.10.000064
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA512B.10.000046
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT1111B.10.000101
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc1010AY.1020.000265
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT1010AY.440.000061
ORF1ab/nsp2498F498CtTctGc99All0.000002
ORF1ab/nsp2498F498StTctCc89All0.000002
ORF1ab/nsp2498F498StTCtCT19All0
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT99AY.390.000222
ORF1ab/nsp2498F498CtTctGc88AY.4.50.00086
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA48AY.440.000024
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc48AY.440.000024
ORF1ab/nsp2498F498ITtcAtc77All0.000001
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT77AY.460.000729
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT77B.1.10.000127
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT77B.1.1.280.002179
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---660.333333
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT66AY.1190.000212
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT66AY.60.000247
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT66B.1.1.5190.000238
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT66P.20.00112
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT55AY.230.000349
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT55AY.46.20.003177
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---55B.10.000046
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc55B.1.177.810.000947
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT55B.1.416.10.007812
ORF1ab/nsp2498F498YtTctAc55B.1.4700.007022
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT55P.1.120.00242
ORF1ab/nsp2498F498del1TtC-tT24All0
ORF1ab/nsp2498F498del1Ttc-tc14All0
ORF1ab/nsp2498F498del1ttCtt-14All0
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT44AY.200.000155
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT44AY.99.20.000369
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT44B.1.2340.000528
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT44B.1.5250.000453
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc44B.1.5750.001214
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT44P.1.40.003906
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT44Q.10.000505
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33AY.160.001139
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33AY.4.2.10.000447
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc33AY.50.000062
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc33AY.90.000203
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc33B.1.177.320.004049
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33B.1.3960.002117
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33B.1.4970.000944
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc33P.1.70.000958
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc220.111111
ORF1ab/nsp2498F498PTTcCCc22All0
ORF1ab/nsp2498F498TTTcACc22All0
ORF1ab/nsp2498F498del2TTc--c12All0
ORF1ab/nsp2498F498del2tTCt--12All0
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc22AY.250.000012
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc22AY.30.00002
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.330.000134
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.340.000194
ORF1ab/nsp2498F498LttCttA22AY.390.000049
ORF1ab/nsp2498F498YtTctAc22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.470.000062
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.50.000041
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.610.00021
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---22AY.990.002099
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp2498F498YtTctAc22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc22B.1.3750.001639
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22B.1.5230.004902
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22D.20.00015
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT22R.10.00018
ORF1ab/nsp2498F498ITtcAtc110.055556
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc110.055556
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11A.2.5.30.010309
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp2498F498NTTcAAc11All0
ORF1ab/nsp2498F498ATTcGCc11All0
ORF1ab/nsp2498F498HTTCCAT11All0
ORF1ab/nsp2498F498DTTCGAT11All0
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AS.10.009524
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.10.000396
ORF1ab/nsp2498F498CtTctGc11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp2498F498StTctCc11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp2498F498TTTcACc11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2498F498ITtcAtc11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.20.000356
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2498F498LttCttG11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2498F498del1TtC-tT11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.270.000065
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp2498F498ATTcGCc11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2498F498StTctCc11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2498F498StTctCc11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2498F498del2tTCt--11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2498F498StTctCc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2498F498YtTctAc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2498F498NTTcAAc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2498F498ITtcAtc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc11AY.50.000021
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2498F498ITtcAtc11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.820.001357
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2498F498delTTC---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2498F498FttCttT11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2498F498LTtcCtc11B0.000128
ORF1ab/nsp2498F498ITtcAtc11B.10.000009
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc11B.10.000009
ORF1ab/nsp2498F498PTTcCCc11B.10.000009
ORF1ab/nsp2498F498VTtcGtc11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2498F498DTTCGAT11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2498F498StTctCc11B.1.10.000018
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