CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 460

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2460E460DE640DnonsyngaGgaT338233500.9905382183-2185
ORF1ab/nsp2460E460DE640DnonsyngaGgaC3382320.009461862183-2185
ORF1ab/nsp2460E460EE640EsyngaGgaA41541512183-2185
ORF1ab/nsp2460E460GE640GnonsyngAggGg2602530.9730772183-2185
ORF1ab/nsp2460E460GE640GnonsyngAGgGA26040.01538462183-2185
ORF1ab/nsp2460E460GE640GnonsyngAGgGT26020.007692312183-2185
ORF1ab/nsp2460E460GE640GnonsyngAGgGC26010.003846152183-2185
ORF1ab/nsp2460E460AE640AnonsyngAggCg1631610.987732183-2185
ORF1ab/nsp2460E460AE640AnonsyngAGgCC16310.006134972183-2185
ORF1ab/nsp2460E460AE640AnonsyngAGgCT16310.006134972183-2185
ORF1ab/nsp2460E460KE640KnonsynGagAag88830.9431822183-2185
ORF1ab/nsp2460E460KE640KnonsynGaGAaA8850.05681822183-2185
ORF1ab/nsp2460E460delE640deldelGAG---525212183-2185
ORF1ab/nsp2460E460XE640XnonsynGagTag222212183-2185
ORF1ab/nsp2460E460QE640QnonsynGagCag101012183-2185
ORF1ab/nsp2460E460VE640VnonsyngAggTg5512183-2185
ORF1ab/nsp2460E460RE640RnonsynGAGAGA530.62183-2185
ORF1ab/nsp2460E460RE640RnonsynGAgAGg520.42183-2185
ORF1ab/nsp2460E460del1E640del1delgAgg-g310.3333332183-2185
ORF1ab/nsp2460E460del1E640del1delGag-ag310.3333332183-2185
ORF1ab/nsp2460E460del2E640del2delGAg--g310.3333332183-2185
ORF1ab/nsp2460E460del1E640del1delgAGg-T310.3333332183-2185
ORF1ab/nsp2460E460del2E640del2delgAGg--310.3333332183-2185
ORF1ab/nsp2460E460del2E640del2delGAGA--310.3333332183-2185
ORF1ab/nsp2460E460HE640HnonsynGaGCaT1112183-2185
ORF1ab/nsp2460E460WE640WnonsynGAgTGg1112183-2185

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT33503382All0.000641
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaC323382All0.000006
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT29762977AY.370.940582
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaC12977AY.370.000316
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA415415All0.000079
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg253260All0.000048
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGA4260All0.000001
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGT2260All0
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGC1260All0
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA189189B.1.20.001664
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg161163All0.000031
ORF1ab/nsp2460E460AgAGgCC1163All0
ORF1ab/nsp2460E460AgAGgCT1163All0
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT9797B.1.617.20.000365
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag8388All0.000016
ORF1ab/nsp2460E460KGaGAaA588All0.000001
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg7171B.1.1.70.000064
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg7171B.1.617.20.000267
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT5454AY.40.000084
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---5252All0.00001
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA4949B.1.1.70.000044
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT4444B.1.1.70.000039
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaC2938AY.430.000128
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT938AY.430.00004
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg3535AY.330.002337
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag2626B.1.1.3010.03066
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA2424AY.370.007585
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg2323AY.670.010678
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag2222All0.000004
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT2222B.1.20.000194
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA1818B.10.000165
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg1818B.1.4290.000424
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA1616AY.40.000025
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg1013B.10.000092
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGA213B.10.000018
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGT113B.10.000009
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA1313B.1.1.10.004247
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA1313B.1.36.180.005462
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT1313B.1.6210.001151
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg1212B.1.4200.125
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA1212B.1.617.20.000045
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT1111AY.130.001771
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag1111AY.40.000017
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg1011AY.40.000016
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGT111AY.40.000002
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag911B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp2460E460KGaGAaA211B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg1111B.1.5260.000259
ORF1ab/nsp2460E460QGagCag1010All0.000002
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT1010AY.200.000389
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT88B.1.1770.000105
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA88P.1.140.000382
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg77AY.40.000011
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA77AY.750.000392
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg77C.350.005418
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA77P.10.00011
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT66A.2.5.20.009434
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT66AY.250.000036
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg66AY.650.003198
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg66B.1.6300.031414
ORF1ab/nsp2460E460VgAggTg55All0.000001
ORF1ab/nsp2460E460RGAGAGA35All0.000001
ORF1ab/nsp2460E460RGAgAGg25All0
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA55AY.290.000079
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT55AY.4.20.000108
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT55AY.440.00003
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---55B.10.000046
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg44A.2.50.001996
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg44AY.250.000024
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---44AY.40.000006
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg44AY.430.000018
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg44AY.440.000024
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT44AY.450.000487
ORF1ab/nsp2460E460QGagCag44AY.46.60.000289
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT44B.10.000037
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag44B.10.000037
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag24B.10.000018
ORF1ab/nsp2460E460KGaGAaA24B.10.000018
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg44B.1.1.630.001543
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg230.111111
ORF1ab/nsp2460E460AgAGgCC130.055556
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGA130.055556
ORF1ab/nsp2460E460AgAGgCT130.055556
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg130.055556
ORF1ab/nsp2460E460del1gAgg-g13All0
ORF1ab/nsp2460E460del1Gag-ag13All0
ORF1ab/nsp2460E460del2GAg--g13All0
ORF1ab/nsp2460E460del2gAGg--13All0
ORF1ab/nsp2460E460del2GAGA--13All0
ORF1ab/nsp2460E460del1gAGg-T13All0
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg33AY.1070.001398
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg33AY.1130.000427
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg33AY.200.000117
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag33AY.30.00003
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag33AY.430.000013
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA33AY.430.000013
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA33AY.50.000062
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT33AY.600.002814
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT33AY.610.000314
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA33AY.790.003632
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT33B.1.1.2160.002671
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg33B.1.1.750.031915
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT33B.1.36.290.001552
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT33P.20.00056
ORF1ab/nsp2460E460RGAGAGA120.055556
ORF1ab/nsp2460E460KGaGAaA120.055556
ORF1ab/nsp2460E460RGAgAGg120.055556
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT120.055556
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag120.055556
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaC120.055556
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg22A.2.5.10.009615
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA22A.210.00554
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22AE.10.022727
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag22AY.200.000078
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag22AY.240.000862
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg22AY.250.000012
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22AY.260.000057
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg22AY.30.00002
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA22AY.360.000296
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22AY.460.000208
ORF1ab/nsp2460E460VgAggTg22AY.60.000082
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22AY.650.001066
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp2460E460RGAgAGg12B.10.000009
ORF1ab/nsp2460E460RGAGAGA12B.10.000009
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag22C.370.000232
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT22P.10.000032
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA110.055556
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag110.055556
ORF1ab/nsp2460E460WGAgTGg110.055556
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---11A0.000387
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGA11A0.000387
ORF1ab/nsp2460E460HGaGCaT11All0
ORF1ab/nsp2460E460WGAgTGg11All0
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT11AU.20.002421
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg11AY.100.00053
ORF1ab/nsp2460E460XGagTag11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2460E460QGagCag11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp2460E460GgAGgGC11AY.130.000161
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg11AY.160.00038
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2460E460DgaGgaT11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2460E460del1gAGg-T11AY.370.000316
ORF1ab/nsp2460E460AgAggCg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2460E460del2GAg--g11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2460E460delGAG---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2460E460VgAggTg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2460E460QGagCag11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2460E460del1Gag-ag11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2460E460del1gAgg-g11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2460E460QGagCag11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2460E460EgaGgaA11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp2460E460GgAggGg11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp2460E460KGagAag11AY.50.000021
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