CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 436 & Codon = atT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	436	I436I	I616I	syn	atC	atT	7953	7832	0.984786	2111-2113

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	7832	7953	All	0.001498
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1196	1235	AY.4	0.001861
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	964	964	AY.5	0.019906
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	760	762	B.1.2	0.006692
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	696	706	B.1.1.7	0.000623
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	290	292	B.1.617.2	0.001092
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	261	284	B.1	0.002391
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	199	199	B.1.429	0.004682
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	164	164	AY.25	0.000986
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	163	163	B.1.9.4	1
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	162	162	B.1.9	1
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	144	152	AY.44	0.000876
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	137	139	AY.43	0.000607
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	130	130	B.1.324	0.208668
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	124	124	AY.3	0.001233
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	101	107	AY.103	0.000627
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	105	105	AY.54	0.010011
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	70	70	B.1.427	0.003535
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	69	69	B.1.36.24	0.425926
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	68	68	AY.39.1	0.002694
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	66	66	AE.1	0.75
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	62	62	P.1	0.000977
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	61	61	AY.26	0.001727
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	61	61	C.37	0.00708
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	59	59	AY.7.1	0.006649
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	58	58	B.1.1.231	0.179567
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	51	53	B.1.1	0.000925
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	50	50	B.1.596	0.004357
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	48	48	AY.94	0.021248
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	45	45	AY.98.1	0.002179
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	42	42	B.1.177	0.000553
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	41	41	B.1.1.50	0.027834
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	37	37	B.1.1.301	0.043632
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	37	37	B.1.177.81	0.007005
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	36	36	AY.33	0.002404
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	36	36	AY.45	0.004381
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	35	35	AY.46.6	0.002527
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	33	33	B.4.6	0.55
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	31	31	B.1.9.1	1
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	30	30	AY.118	0.001879
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	28	28	AY.119	0.000989
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	28	28	AY.5.4	0.007748
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	28	28	B.1.351	0.000832
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	26	26	B.1.1.451	1
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	26	26	B.1.9.3	1
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	24	24	AY.75	0.001345
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	22	23	B.1.438.1	0.00236
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	22	22	B.1.160	0.000686
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	20	21	AY.102	0.00053
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	19	19	P.1.17	0.003073
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	18	18	AY.100	0.000828
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	18	18	AY.20	0.0007
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	16	18	AY.29	0.000252
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	18	18	B.1.1.274	0.090909
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	18	18	B.1.243	0.001253
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	16	16	AY.16.1	0.007519
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	15	15	AY.4.2	0.000325
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	14	14	AY.47	0.000435
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	14	B.1.1.222	0.001632
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	12	14	D.2	0.0009
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	13	13	AY.93	0.00355
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	11	12	B.1.1.519	0.000437
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	12	12	B.1.221	0.000852
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	12	12	B.1.625	0.028235
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	11	11	AY.42	0.000443
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	11	11	AY.61	0.001153
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	11	11	AY.99.2	0.001014
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	11	11	B.1.110.3	0.007902
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	11	11	B.1.177.33	0.018092
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	11	11	B.1.177.83	0.016296
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	10	10	AY.120	0.000372
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	10	10	AY.23	0.000697
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	10	10	AY.46.4	0.001645
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	10	10	B.1.177.57	0.00281
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	10	10	B.1.9.2	1
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	9	9	AY.16	0.003417
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	9	9	AY.39	0.000222
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	9	B	0.001022
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	9	9	B.1.177.60	0.001966
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	9	9	B.1.526	0.000212
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	9	9	P.1.14	0.00043
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	8	AY.117	0.000676
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	7	8	AY.6	0.000288
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	8	B.1.1.214	0.000444
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	8	B.1.1.521	0.042781
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	8	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	8	B.1.36	0.001167
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	8	8	B.1.400	0.003432
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	7	7	AY.67	0.00325
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	7	7	AY.98	0.000553
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	7	7	B.1.517	0.002989
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	6	6	AY.23.1	0.002504
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	6	6	AY.52	0.004886
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	6	6	AY.9.1	0.000502
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	6	6	AY.91	0.004383
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	6	6	B.1.1.12	0.044776
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	6	6	B.1.1.63	0.002315
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	6	6	B.1.177.21	0.000459
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	AY.121	0.000677
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	AY.27	0.000324
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	AY.41	0.00147
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	AY.71	0.002375
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.1.28	0.001556
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.177.69	0.007418
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.234	0.00066
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.389	0.00501
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.416	0.006345
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.565	0.004052
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	5	5	Q.8	0.000825
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	AY.29.1	0.000882
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	4	AY.36	0.000445
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	AY.7	0.000784
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	AY.83	0.006897
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	AZ.2	0.003284
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	B.1.1.326	0.007042
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	B.1.160.20	0.035714
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	B.1.425	0.011976
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	B.1.478	0.047059
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	4	4	Q.1	0.000505
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.105	0.001929
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.108	0.003308
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.109	0.002219
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.120.1	0.000963
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.32	0.001597
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.51	0.002727
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.76	0.014493
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.88	0.002653
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	AY.99.1	0.004658
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.1.181	0.013636
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.1.294	0.003797
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.1.402	0.033333
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.177.12	0.000455
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.177.7	0.000495
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.349	0.002144
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.399	0.005803
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.445	0.035294
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	2	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	A.2	0.001324
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	A.2.5.1	0.009615
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.101	0.000981
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.104	0.003968
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	2	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	2	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	2	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	2	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.57	0.001312
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.65	0.001066
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.70	0.000417
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.72	0.002721
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	2	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.157	0.001826
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.354	0.008772
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.1.420	0.002012
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.163	0.04878
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.177.18	0.00232
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.177.62	0.002384
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.177.87	0.001456
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.189	0.008584
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.201	0.011364
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.210	0.004264
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.241	0.001623
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	2	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.36.22	0.002415
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.580	0.00813
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	B.1.617.3	0.00597
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	C.36	0.001821
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	2	2	P.1.10	0.000539
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AU.1	0.001266
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.4.1	0.000737
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AZ.1	0.000867
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	AZ.5	0.003509
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.125	0.010204
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.213	0.021739
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.26	0.005236
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.273	0.006757
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.3	0.008696
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.302	0.002075
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.337	0.003597
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.406	0.006494
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.437	0.010417
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.160.7	0.002079
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.45	0.000381
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.218	0.005155
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.227	0.047619
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.243.1	0.022222
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.319	0.003049
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.420	0.010417
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.44	0.008333
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.468	0.005714
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.527	0.003704
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.555	0.022222
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.556	0.007519
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.562	0.018519
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.612	0.002653
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.618	0.004032
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.1.9.5	0.005682
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.23	0.002924
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.55	0.00295
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	C.32	0.023256
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	C.37.1	0.002618
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	C.40	0.027778
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	P.1.13	0.000898
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	P.6	0.003145
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp2	436	I436I	atC	atT	1	1	W.3	0.005263

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.