CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | G603S | nonsyn | Ggt | Agt | 794 | 794 | 1 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | G603G | syn | ggT | ggA | 492 | 243 | 0.493902 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | G603G | syn | ggT | ggC | 492 | 183 | 0.371951 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | G603G | syn | ggT | ggG | 492 | 66 | 0.134146 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | G603C | nonsyn | Ggt | Tgt | 186 | 186 | 1 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | G603D | nonsyn | gGt | gAt | 76 | 76 | 1 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | G603del | del | GGT | --- | 38 | 38 | 1 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | G603V | nonsyn | gGt | gTt | 30 | 30 | 1 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | G603A | nonsyn | gGt | gCt | 10 | 9 | 0.9 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | G603A | nonsyn | gGT | gCG | 10 | 1 | 0.1 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423R | G603R | nonsyn | Ggt | Cgt | 3 | 2 | 0.666667 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423R | G603R | nonsyn | GgT | CgA | 3 | 1 | 0.333333 | 2072-2074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423K | G603K | nonsyn | GGT | AAA | 1 | 1 | 1 | 2072-2074 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 794 | 794 | All | 0.000152 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 560 | 560 | B.1.1.7 | 0.000501 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 243 | 492 | All | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 183 | 492 | All | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 66 | 492 | All | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 186 | 186 | All | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 126 | 151 | B.1.1.7 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 24 | 151 | B.1.1.7 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 1 | 151 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 105 | 105 | AY.25 | 0.000632 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 103 | 103 | B.1.621.1 | 0.052099 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 76 | 76 | All | 0.000015 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 42 | 42 | B.1.1.7 | 0.000038 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 38 | 38 | All | 0.000007 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 28 | 33 | AY.4 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 4 | 33 | AY.4 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 33 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 30 | 30 | All | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 29 | 29 | AY.4 | 0.000045 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 24 | 24 | G.1 | 1 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 23 | 23 | B.1.2 | 0.000203 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 22 | 22 | B.1.429 | 0.000518 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 21 | 21 | B.1.279 | 0.010786 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 21 | 21 | P.1 | 0.000331 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 20 | 20 | AY.29 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 17 | 17 | AY.4.5 | 0.001827 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 17 | 17 | B.1.160 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 15 | 15 | AY.25 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 15 | 15 | B.1.177 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 13 | 13 | AY.4 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 13 | 13 | AY.4 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGt | gCt | 9 | 10 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGT | gCG | 1 | 10 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 10 | 10 | AY.103 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 9 | 9 | B.1.561 | 0.003573 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | B.1.617.2 | 0.000034 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 8 | 8 | AY.43 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | P.1.17 | 0.001294 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 8 | 8 | R.1 | 0.00072 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 7 | 7 | AY.103 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | B.1.1.519 | 0.000278 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 3 | 6 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 2 | 6 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 1 | 6 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.1.7 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 6 | 6 | B.1.1.7 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.1.519 | 0.000199 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.117 | 0.000338 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.53 | 0.00115 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.61 | 0.000419 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 4 | 4 | AY.71 | 0.0019 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 4 | 4 | AY.9 | 0.00027 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423R | Ggt | Cgt | 2 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423R | GgT | CgA | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.46.6 | 0.000217 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.9.2 | 0.00011 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGt | gCt | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.1.523 | 0.004687 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.177.10 | 0.002634 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 2 | 3 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 1 | 3 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 2 | 3 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 2 | 2 | AY.58 | 0.001815 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 2 | 2 | AY.8 | 0.001212 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGt | gCt | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 2 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 2 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.1.207 | 0.002364 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.1.348 | 0.001592 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.51 | 0.003436 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.258.24 | 0.021505 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.400 | 0.000858 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.424 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 2 | 2 | N.6 | 0.014184 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 2 | 2 | P.1.12 | 0.000968 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423K | GGT | AAA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AU.3 | 0.00211 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.17 | 0.008197 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.56 | 0.001605 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.63 | 0.000387 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.87 | 0.000833 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.1.115 | 0.008929 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.17 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.302 | 0.002075 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.310 | 0.015152 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.432 | 0.001266 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.435 | 0.034483 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.8 | 0.003584 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.128 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.160.9 | 0.007194 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.23 | 0.003236 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.179 | 0.003759 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423R | GgT | CgA | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.212 | 0.016667 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.362 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.377 | 0.004566 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.404 | 0.001302 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423K | GGT | AAA | 1 | 1 | B.1.416 | 0.001269 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.450 | 0.011364 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.599 | 0.00365 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423A | gGT | gCG | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.78 | 0.008547 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423del | GGT | --- | 1 | 1 | B.57 | 0.015152 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.60 | 0.015873 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggC | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423S | Ggt | Agt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.1.10 | 0.000269 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423D | gGt | gAt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 423 | G423G | ggT | ggA | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|