CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 414

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2414N414NN594NsynaaTaaC3215321512045-2047
ORF1ab/nsp2414N414DN594DnonsynAatGat49549512045-2047
ORF1ab/nsp2414N414KN594KnonsynaaTaaG1441390.9652782045-2047
ORF1ab/nsp2414N414KN594KnonsynaaTaaA14450.03472222045-2047
ORF1ab/nsp2414N414SN594SnonsynaAtaGt888812045-2047
ORF1ab/nsp2414N414TN594TnonsynaAtaCt616112045-2047
ORF1ab/nsp2414N414delN594deldelAAT---424212045-2047
ORF1ab/nsp2414N414HN594HnonsynAatCat5512045-2047
ORF1ab/nsp2414N414YN594YnonsynAatTat5512045-2047
ORF1ab/nsp2414N414del1N594del1delaaTaa-530.62045-2047
ORF1ab/nsp2414N414del1N594del1delAat-at510.22045-2047
ORF1ab/nsp2414N414del1N594del1delAaT-aC510.22045-2047
ORF1ab/nsp2414N414del2N594del2delAAT--N1112045-2047

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC32153215All0.000615
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC20522052AY.40.003194
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat495495All0.000095
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC367367B.1.1.70.000329
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat245245AY.390.006054
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat213213B.1.617.20.000802
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC156156B.10.001429
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC150150B.1.617.20.000565
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG139144All0.000027
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaA5144All0.000001
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC9595AY.430.000421
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG9494AY.470.002924
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt8888All0.000017
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC7979P.20.014744
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt6161All0.000012
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---4242All0.000008
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt3636AY.40.000056
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC3434C.36.30.019285
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC2828AY.1000.001288
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC2828B.1.160.191
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG2727AY.1020.000716
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC2727AY.250.000162
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC2222AY.440.000134
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC2020AY.390.000494
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt1515AY.260.000425
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC1212AY.1170.001014
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC1111AY.610.001153
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt1111B.1.2430.000765
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC1010AY.1110.001832
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt1010AY.440.000061
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC88AY.30.00008
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC66AY.39.10.000238
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat66AY.40.000009
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC66P.10.000095
ORF1ab/nsp2414N414HAatCat55All0.000001
ORF1ab/nsp2414N414YAatTat55All0.000001
ORF1ab/nsp2414N414del1aaTaa-35All0.000001
ORF1ab/nsp2414N414del1AaT-aC15All0
ORF1ab/nsp2414N414del1Aat-at15All0
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC55AY.1080.005513
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC55AY.420.000201
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---55B.10.000046
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC44AY.1190.000141
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC44AY.290.000063
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG33AY.250.000018
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt33AY.30.00003
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt33AY.390.000074
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG33AY.40.000005
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat33AY.470.000093
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC33B.1.1.2980.002586
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC33B.1.1.3060.001315
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2414N414HAatCat33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaA23B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG13B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC33D.20.000225
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt22AY.120.10.000642
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat22AY.230.000139
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22AY.240.000862
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat22AY.260.000057
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.1280.001271
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp2414N414del1aaTaa-12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2414N414del1Aat-at12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.258.170.000208
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.1.5090.001732
ORF1ab/nsp2414N414del1aaTaa-22B.1.6270.00404
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22B.390.004662
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt22P.10.000032
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC22Q.80.00033
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp2414N414del2AAT--N11All0
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.380.000499
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2414N414YAatTat11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2414N414HAatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.530.000288
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.550.000917
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11AY.560.001605
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.70.000196
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.830.001724
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaA11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.880.000884
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11AY.930.000273
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11AY.930.000273
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat11B0.000128
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B0.000128
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11B.10.000009
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp2414N414YAatTat11B.10.000009
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat11B.10.000009
ORF1ab/nsp2414N414YAatTat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11B.1.1.2770.000759
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat11B.1.1.2970.002237
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.1.3020.002075
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp2414N414YAatTat11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp2414N414del1AaT-aC11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.1310.008772
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11B.1.177.240.001295
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp2414N414DAatGat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11B.1.2330.014085
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.3060.005714
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2414N414YAatTat11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.3620.001541
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.4200.010417
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.4260.001009
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.5510.00129
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2414N414TaAtaCt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.88.10.004808
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11B.1.9.50.005682
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11B.3.10.001658
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11B.570.015152
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaA11B.60.00091
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11C.260.007353
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11C.36.3.10.002717
ORF1ab/nsp2414N414KaaTaaG11C.370.000116
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11C.370.000116
ORF1ab/nsp2414N414delAAT---11P.10.000016
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp2414N414del2AAT--N11Q.10.000126
ORF1ab/nsp2414N414NaaTaaC11Q.10.000126
ORF1ab/nsp2414N414SaAtaGt11Q.80.000165
ORF1ab/nsp2414N414HAatCat11Q.80.000165