CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 409

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2409D409GD589GnonsyngAtgGt342134190.9994152030-2032
ORF1ab/nsp2409D409GD589GnonsyngATgGG342110.0002923122030-2032
ORF1ab/nsp2409D409GD589GnonsyngATgGC342110.0002923122030-2032
ORF1ab/nsp2409D409AD589AnonsyngAtgCt33233212030-2032
ORF1ab/nsp2409D409DD589DsyngaTgaC27527512030-2032
ORF1ab/nsp2409D409ND589NnonsynGatAat20720712030-2032
ORF1ab/nsp2409D409YD589YnonsynGatTat10910912030-2032
ORF1ab/nsp2409D409ED589EnonsyngaTgaG41360.8780492030-2032
ORF1ab/nsp2409D409ED589EnonsyngaTgaA4150.1219512030-2032
ORF1ab/nsp2409D409delD589deldelGAT---393912030-2032
ORF1ab/nsp2409D409VD589VnonsyngAtgTt313112030-2032
ORF1ab/nsp2409D409del1D589del1delgaTga-430.752030-2032
ORF1ab/nsp2409D409del1D589del1delgATgG-410.252030-2032
ORF1ab/nsp2409D409ID589InonsynGAtATt1112030-2032
ORF1ab/nsp2409D409SD589SnonsynGAtAGt1112030-2032
ORF1ab/nsp2409D409HD589HnonsynGatCat1112030-2032

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt34193421All0.000654
ORF1ab/nsp2409D409GgATgGC13421All0
ORF1ab/nsp2409D409GgATgGG13421All0
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt17881789B.1.1.3170.736105
ORF1ab/nsp2409D409GgATgGC11789B.1.1.3170.000412
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt745745AY.40.00116
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt332332All0.000063
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt275276B.1.1.70.000246
ORF1ab/nsp2409D409GgATgGG1276B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC275275All0.000053
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt245245B.10.002244
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat207207All0.00004
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt184184B.1.1.70.000165
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat109109All0.000021
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt103103AY.40.00016
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC7171B.1.1.70.000064
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt6363AS.20.984375
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt5959B.1.10.00107
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat5858B.1.1.70.000052
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat5555B.1.617.20.000207
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat4747B.1.3990.090909
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG3641All0.000007
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaA541All0.000001
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt4141B.1.617.20.000154
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat4141B.1.617.20.000154
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC4040AY.40.000062
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---3939All0.000007
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC3939AY.430.000173
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt3131All0.000006
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt1818AY.440.00011
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt1616AY.430.000071
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC1616AY.730.010645
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC1212B.1.2430.000835
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC1111B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC1010AY.260.000283
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt99AY.250.000054
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt99AY.40.000014
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG99B.10.000082
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt99B.1.3610.011598
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat88AY.430.000035
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG78B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaA18B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat77B.10.000064
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt77B.1.1.1610.024735
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC77B.1.360.001021
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt77B.1.36.170.003458
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat66AY.250.000036
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt66AY.340.000582
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC66B.1.110.30.00431
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC66B.1.36.120.057692
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt66B.1.4290.000141
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt66B.1.5750.00182
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt66P.10.000095
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC55AY.250.00003
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---55B.10.000046
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp2409D409del1gaTga-34All0.000001
ORF1ab/nsp2409D409del1gATgG-14All0
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat44AY.40.000006
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC44AY.440.000024
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat44AY.470.000124
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG23AY.1030.000012
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaA13AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat33AY.250.000018
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33AY.390.000074
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG33AY.40.000005
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat33AY.430.000013
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33AY.75.10.000541
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat33AY.840.001312
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC33AY.850.001282
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33AY.90.000203
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt33B.10.000027
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33B.1.177.70.000495
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33B.1.4080.01107
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt33B.1.466.20.001174
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22AE.20.117647
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22AY.116.10.000623
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat22AY.260.000057
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22AY.300.000791
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22AY.330.000134
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat22AY.330.000134
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22AY.34.10.00102
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat22AY.390.000049
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22AY.390.000049
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22AY.420.00008
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22AY.420.00008
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22AY.70.000392
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22AY.7.10.000225
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22AY.880.001768
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22B.10.000018
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22B.10.000018
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---22B.1.1.3480.001592
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22B.1.1.3700.025316
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22B.1.1.4200.002012
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22B.1.1.5210.010695
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt22B.1.1920.018519
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22B.1.2320.001075
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22B.1.4200.020833
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22B.1.621.10.001012
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat22B.1.6270.00404
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat22P.10.000032
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt22Q.80.00033
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp2409D409HGatCat11All0
ORF1ab/nsp2409D409IGAtATt11All0
ORF1ab/nsp2409D409SGAtAGt11All0
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11AS.20.015625
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11AY.240.000431
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11AY.240.000431
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11AY.410.000294
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2409D409del1gaTga-11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2409D409IGAtATt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.50.000021
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.770.001127
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B0.000128
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2409D409del1gaTga-11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.1590.004673
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.1760.000439
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.1980.001468
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaA11B.1.1.2580.003257
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.2910.000742
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.3470.018182
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2409D409HGatCat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp2409D409del1gATgG-11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2409D409NGatAat11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11B.1.177.500.004695
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.177.530.002392
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11B.1.177.570.000281
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.177.600.000218
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2409D409SGAtAGt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.3240.001605
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11B.1.3500.002933
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.4170.028571
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B.1.4410.009615
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B.1.4850.014925
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.5580.004566
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11B.1.5670.003333
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2409D409del1gaTga-11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaA11B.40.002208
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11B.400.000364
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11B.570.015152
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11B.60.00091
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11C.36.10.004149
ORF1ab/nsp2409D409VgAtgTt11D.20.000075
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11D.20.000075
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11D.20.000075
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11D.20.000075
ORF1ab/nsp2409D409EgaTgaG11N.50.001767
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11N.50.001767
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11P.10.000016
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11P.10.000016
ORF1ab/nsp2409D409YGatTat11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp2409D409DgaTgaC11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp2409D409delGAT---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp2409D409GgAtgGt11Q.10.000126
ORF1ab/nsp2409D409AgAtgCt11Q.80.000165