CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 405

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2405M405IM585InonsynatGatA132912480.9390522018-2020
ORF1ab/nsp2405M405IM585InonsynatGatT1329730.05492852018-2020
ORF1ab/nsp2405M405IM585InonsynatGatC132980.006019562018-2020
ORF1ab/nsp2405M405VM585VnonsynAtgGtg91391312018-2020
ORF1ab/nsp2405M405TM585TnonsynaTgaCg28128112018-2020
ORF1ab/nsp2405M405LM585LnonsynAtgCtg70670.9571432018-2020
ORF1ab/nsp2405M405LM585LnonsynAtgTtg7030.04285712018-2020
ORF1ab/nsp2405M405delM585deldelATG---474712018-2020
ORF1ab/nsp2405M405RM585RnonsynaTgaGg5512018-2020
ORF1ab/nsp2405M405KM585KnonsynaTgaAg430.752018-2020
ORF1ab/nsp2405M405KM585KnonsynaTGaAA410.252018-2020
ORF1ab/nsp2405M405del2M585del2delATg--g3312018-2020
ORF1ab/nsp2405M405CM585CnonsynATGTGT1112018-2020

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA12481329All0.000239
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT731329All0.000014
ORF1ab/nsp2405M405IatGatC81329All0.000002
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg913913All0.000175
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA832841AY.40.001295
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT9841AY.40.000014
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg511511AY.50.010552
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg281281All0.000054
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg133133B.1.3141
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA8593AY.250.000511
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT893AY.250.000048
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg7676B.1.177.180.088167
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA7676B.1.4290.001788
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA5472B.1.1.70.000048
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT1572B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp2405M405IatGatC372B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg6770All0.000013
ORF1ab/nsp2405M405LAtgTtg370All0.000001
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg5050B.1.1.70.000045
ORF1ab/nsp2405M405delATG---4747All0.000009
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg4545XA1
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA3537B.1.617.20.000132
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT137B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2405M405IatGatC137B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg3232B.1.5250.003621
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg2828B.1.6370.002046
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg2424AY.1030.000149
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA2224AY.430.000097
ORF1ab/nsp2405M405IatGatC124AY.430.000004
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT124AY.430.000004
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA1919P.20.003546
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg1818AY.260.00051
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg1818B.1.1.70.000016
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA1217B.10.00011
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT417B.10.000037
ORF1ab/nsp2405M405IatGatC117B.10.000009
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg1616B.1.1770.000211
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT1515AY.10.005936
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg1515AY.150.033333
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg1515AY.9.10.001256
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA1215B.1.10.000218
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT215B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2405M405IatGatC115B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg1414AY.40.000022
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg1414B.1.20.000123
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA1111AY.1190.000388
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg1010AY.250.00006
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA99AY.230.000628
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA79AY.390.000173
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT29AY.390.000049
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA88AY.440.000049
ORF1ab/nsp2405M405delATG---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg88B.1.617.20.00003
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg88P.10.000126
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg77AY.440.000043
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg66AY.440.000037
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg66B.1.20.000053
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg66C.360.005464
ORF1ab/nsp2405M405RaTgaGg55All0.000001
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg55AY.40.000008
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA55AY.420.000201
ORF1ab/nsp2405M405KaTgaAg34All0.000001
ORF1ab/nsp2405M405KaTGaAA14All0
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg44AY.200.000155
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg44AY.40.000006
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg44AY.430.000018
ORF1ab/nsp2405M405delATG---44B.10.000037
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg44B.10.000037
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA44B.1.1.3170.001647
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA44B.1.214.20.002398
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT44P.10.000063
ORF1ab/nsp2405M405del2ATg--g33All0.000001
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA33AY.1110.000549
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg33AY.200.000117
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA33AY.270.000194
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA33AY.340.000291
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg33AY.430.000013
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg33AY.440.000018
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg33AY.50.000062
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA33AY.670.001393
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT33AY.90.000203
ORF1ab/nsp2405M405delATG---33B.1.1.330.001263
ORF1ab/nsp2405M405delATG---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg33B.1.177.440.001557
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg33P.1.170.000485
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg22AY.130.000322
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg22AY.250.000012
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT12AY.290.000016
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA12AY.290.000016
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22AY.30.00002
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA22AY.360.000296
ORF1ab/nsp2405M405delATG---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2405M405LAtgTtg22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg22AY.50.000041
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA22AY.750.000112
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22AY.90.000135
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT12AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22B.10.000018
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22B.1.1.1530.002191
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22B.1.1.2630.003115
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22B.1.1.3020.004149
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22B.1.1.3710.020833
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2405M405delATG---22B.1.4240.016129
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg22B.1.6180.008065
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22B.1.6290.026667
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg12D.20.000075
ORF1ab/nsp2405M405LAtgTtg12D.20.000075
ORF1ab/nsp2405M405delATG---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg22P.10.000032
ORF1ab/nsp2405M405delATG---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2405M405delATG---22Q.10.000253
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11A0.000387
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AD.2.10.045455
ORF1ab/nsp2405M405CATGTGT11All0
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.130.000161
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.190.00114
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.340.000097
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.39.20.001541
ORF1ab/nsp2405M405KaTgaAg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2405M405RaTgaGg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2405M405del2ATg--g11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2405M405KaTGaAA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2405M405KaTgaAg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2405M405RaTgaGg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11AY.740.000116
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11AY.900.000684
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11AY.920.000287
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11AZ.50.003509
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11B0.000128
ORF1ab/nsp2405M405RaTgaGg11B.10.000009
ORF1ab/nsp2405M405del2ATg--g11B.10.000009
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.1.2190.005
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp2405M405IatGatC11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.1.3700.012658
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.160.120.00641
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2405M405del2ATg--g11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp2405M405RaTgaGg11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.177.650.000665
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.1790.003759
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.1920.009259
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.2180.005155
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.3460.001311
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.3910.001127
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.5690.014493
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp2405M405TaTgaCg11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2405M405CATGTGT11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11B.30.000831
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11B.40.002208
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11B.570.015152
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11C.30.10.006711
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11C.370.000116
ORF1ab/nsp2405M405KaTgaAg11D.20.000075
ORF1ab/nsp2405M405delATG---11P.10.000016
ORF1ab/nsp2405M405LAtgCtg11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp2405M405RaTgaGg11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp2405M405IatGatA11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11Q.10.000126
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11Q.30.000145
ORF1ab/nsp2405M405VAtgGtg11Q.80.000165
ORF1ab/nsp2405M405IatGatT11Q.80.000165