CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | I547V | nonsyn | Att | Gtt | 922 | 921 | 0.998915 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | I547V | nonsyn | AtT | GtG | 922 | 1 | 0.0010846 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | I547T | nonsyn | aTt | aCt | 190 | 190 | 1 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | I547I | syn | atT | atC | 154 | 119 | 0.772727 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | I547I | syn | atT | atA | 154 | 35 | 0.227273 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | I547L | nonsyn | Att | Ctt | 115 | 115 | 1 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | I547M | nonsyn | atT | atG | 75 | 75 | 1 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | I547del | del | ATT | --- | 49 | 49 | 1 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | I547S | nonsyn | aTt | aGt | 28 | 28 | 1 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | I547N | nonsyn | aTt | aAt | 18 | 18 | 1 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | I547F | nonsyn | Att | Ttt | 15 | 15 | 1 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | I547del1 | del | aTt | a-t | 6 | 5 | 0.833333 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | I547del1 | del | Att | -tt | 6 | 1 | 0.166667 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del2 | I547del2 | del | aTT | a-- | 3 | 2 | 0.666667 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del2 | I547del2 | del | ATt | --t | 3 | 1 | 0.333333 | 1904-1906 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367P | I547P | nonsyn | ATt | CCt | 1 | 1 | 1 | 1904-1906 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 921 | 922 | All | 0.000176 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | AtT | GtG | 1 | 922 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 260 | 260 | AY.4 | 0.000405 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 190 | 190 | All | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 171 | 171 | AY.25 | 0.001029 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 119 | 154 | All | 0.000023 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 35 | 154 | All | 0.000007 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 123 | 123 | B.1.524 | 0.172996 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 115 | 115 | All | 0.000022 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 97 | 97 | B.52 | 0.979798 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 76 | 76 | B.1.596 | 0.006623 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 75 | 75 | All | 0.000014 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 57 | 57 | AY.4 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 57 | 57 | B.1.1.7 | 0.000051 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 35 | 57 | B.1.1.7 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 22 | 57 | B.1.1.7 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 49 | 49 | All | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 49 | 49 | B.1.1.7 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 41 | 41 | B.1.1.519 | 0.001628 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 36 | 36 | B.1.2 | 0.000317 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 30 | 30 | AY.74 | 0.003469 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 28 | 28 | All | 0.000005 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 25 | 25 | B.1.526 | 0.000588 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 20 | 20 | AY.4.2 | 0.000434 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 18 | 18 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 15 | 15 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 14 | 14 | AY.4 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 13 | 13 | AY.43 | 0.000058 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 13 | 13 | B.1 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 12 | 12 | B.1.617.2 | 0.000045 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 11 | 11 | B.1 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 10 | 10 | AY.103 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 10 | 10 | AY.43 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 10 | 10 | B.1.1.7 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 10 | 10 | B.1.2 | 0.000088 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 7 | 10 | B.1.617.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 3 | 10 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 10 | 10 | P.1.1 | 0.003177 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 8 | 8 | B.1.1.277 | 0.00607 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 8 | 8 | B.1.617.2 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 7 | 7 | AY.3 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 7 | 7 | AY.43 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 7 | 7 | B.1.258 | 0.000466 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | aTt | a-t | 5 | 6 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | Att | -tt | 1 | 6 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 6 | 6 | AY.103 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 6 | 6 | AY.42 | 0.000241 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 5 | 6 | AY.43 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 1 | 6 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 6 | 6 | B.1.2 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 6 | 6 | P.1.7 | 0.001916 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 5 | 5 | AY.3.1 | 0.000426 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 5 | 5 | AY.4.5 | 0.000537 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 5 | 5 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 5 | 5 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 5 | 5 | B.1.377 | 0.022831 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 3 | 4 | B | 0.000383 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | AtT | GtG | 1 | 4 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.1.33 | 0.001684 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 4 | 4 | B.1.1.426 | 0.142857 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 4 | 4 | B.1.2 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del2 | aTT | a-- | 2 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del2 | ATt | --t | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 2 | 3 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 3 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 3 | 3 | AY.4.1 | 0.002212 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 3 | 3 | B.1.1.284 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1.1.348 | 0.002389 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 3 | 3 | P.1.1 | 0.000953 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | A.2 | 0.001324 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | AY.45 | 0.000243 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del2 | aTT | a-- | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.208 | 0.08 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.424 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.450 | 0.022727 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | aTt | a-t | 2 | 2 | B.1.627 | 0.00404 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 2 | 2 | N.3 | 0.011628 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 2 | 2 | N.6 | 0.014184 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367P | ATt | CCt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.109 | 0.00074 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.116.1 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del2 | ATt | --t | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | aTt | a-t | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.66 | 0.00107 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.89 | 0.004902 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | aTt | a-t | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.116 | 0.011628 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.142 | 0.002899 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177.6 | 0.000977 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | aTt | a-t | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.314 | 0.007519 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.36.31 | 0.001751 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.362 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.439 | 0.005917 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367P | ATt | CCt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.91 | 0.002075 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.4 | 0.002208 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | B.57 | 0.015152 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 1 | 1 | C.1.2 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367T | aTt | aCt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367F | Att | Ttt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atC | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del1 | Att | -tt | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367N | aTt | aAt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367del | ATT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp2 | 367 | I367I | atT | atA | 1 | 1 | Z.1 | 0.00289 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|