CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 354

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2354Y354YY534YsyntaTtaC81181111865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354CY534CnonsyntAttGt5525510.9981881865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354CY534CnonsyntATtGC55210.001811591865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354delY534deldelTAT---555511865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354HY534HnonsynTatCat47450.9574471865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354HY534HnonsynTaTCaC4720.04255321865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354XY534XnonsyntATtGA1450.3571431865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354XY534XnonsyntaTtaG1450.3571431865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354XY534XnonsyntaTtaA1440.2857141865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354NY534NnonsynTatAat970.7777781865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354NY534NnonsynTaTAaC920.2222221865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354DY534DnonsynTatGat7711865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354FY534FnonsyntAttTt760.8571431865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354FY534FnonsyntATtTC710.1428571865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354SY534SnonsyntAttCt320.6666671865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354VY534VnonsynTAtGTt320.6666671865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354SY534SnonsynTATAGC310.3333331865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354VY534VnonsynTATGTG310.3333331865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354WY534WnonsyntATtGG2211865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354KY534KnonsynTaTAaA2211865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354IY534InonsynTATATA210.51865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354IY534InonsynTATATC210.51865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354MY534MnonsynTATATG1111865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354LY534LnonsyntATtTA1111865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354RY534RnonsynTATAGA1111865-1867
ORF1ab/nsp2354Y354QY534QnonsynTaTCaG1111865-1867

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC811811All0.000155
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC595595AY.440.003622
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt551552All0.000105
ORF1ab/nsp2354Y354CtATtGC1552All0
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt9898AY.250.000589
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt8787AY.40.000135
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt6767B.1.177.251
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt6767C.350.051858
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt6161B.1.1.70.000055
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---5555All0.000011
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC5454B.1.617.20.000203
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat4547All0.000009
ORF1ab/nsp2354Y354HTaTCaC247All0
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC3232B.1.438.10.003432
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt2324B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp2354Y354CtATtGC124B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC2222AY.40.000034
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC2020B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt1717AY.30.000169
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt1616AY.440.000097
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC1616AY.610.001676
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt1515B.1.1770.000198
ORF1ab/nsp2354Y354XtATtGA514All0.000001
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaG514All0.000001
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaA414All0.000001
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC1414AY.23.10.005843
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt1414AY.98.10.000678
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---1212B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC1111AY.50.000227
ORF1ab/nsp2354Y354NTatAat79All0.000001
ORF1ab/nsp2354Y354NTaTAaC29All0
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt99AY.450.001095
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt88AY.390.000198
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat77All0.000001
ORF1ab/nsp2354Y354FtAttTt67All0.000001
ORF1ab/nsp2354Y354FtATtTC17All0
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt66AY.430.000027
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat66AY.730.003992
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt66B.10.000055
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat55AY.1030.000031
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt55AY.470.000156
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp2354Y354HTaTCaC240.111111
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat240.111111
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt44AY.1180.000251
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt44AY.230.000279
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC44B.1.36.290.002069
ORF1ab/nsp2354Y354NTatAat34B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp2354Y354NTaTAaC14B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt44R.10.00036
ORF1ab/nsp2354Y354StAttCt23All0
ORF1ab/nsp2354Y354VTAtGTt23All0
ORF1ab/nsp2354Y354STATAGC13All0
ORF1ab/nsp2354Y354VTATGTG13All0
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt33AY.1020.00008
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat33AY.1200.000112
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt33AY.260.000085
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC33B.1.120.024
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp2354Y354XtATtGA220.111111
ORF1ab/nsp2354Y354VTAtGTt220.111111
ORF1ab/nsp2354Y354KTaTAaA22All0
ORF1ab/nsp2354Y354WtATtGG22All0
ORF1ab/nsp2354Y354ITATATA12All0
ORF1ab/nsp2354Y354ITATATC12All0
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC22AY.390.000049
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp2354Y354StAttCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaA12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354ITATATC12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354ITATATA12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354XtATtGA12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2354Y354MTATATG11All0
ORF1ab/nsp2354Y354QTaTCaG11All0
ORF1ab/nsp2354Y354RTATAGA11All0
ORF1ab/nsp2354Y354LtATtTA11All0
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.10.000396
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2354Y354NTatAat11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2354Y354XtATtGA11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2354Y354WtATtGG11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaG11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.130.000161
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaG11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2354Y354NTaTAaC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2354Y354MTATATG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaA11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2354Y354NTatAat11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2354Y354KTaTAaA11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.590.00053
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.600.000938
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.660.00107
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2354Y354QTaTCaG11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.870.000833
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11AY.90.000068
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.910.00073
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11AY.910.00073
ORF1ab/nsp2354Y354FtAttTt11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaG11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp2354Y354NTatAat11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B0.000128
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat11B.10.000009
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaG11B.10.000009
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11B.10.000009
ORF1ab/nsp2354Y354WtATtGG11B.10.000009
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp2354Y354VTATGTG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2354Y354FtAttTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2354Y354FtAttTt11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.1.2400.004695
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.1.3540.004386
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2354Y354FtAttTt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2354Y354XtATtGA11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaG11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.221.10.002907
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat11B.1.221.30.000833
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11B.1.36.310.001751
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.4330.003195
ORF1ab/nsp2354Y354FtAttTt11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.4390.005917
ORF1ab/nsp2354Y354XtaTtaA11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp2354Y354delTAT---11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2354Y354RTATAGA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354LtATtTA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354STATAGC11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354DTatGat11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354KTaTAaA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354FtATtTC11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11B.1.6250.002353
ORF1ab/nsp2354Y354NTatAat11C.280.04
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11C.360.000911
ORF1ab/nsp2354Y354HTatCat11C.360.000911
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11C.370.000116
ORF1ab/nsp2354Y354CtAttGt11D.20.000075
ORF1ab/nsp2354Y354YtaTtaC11D.20.000075
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