CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 316

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2316Y316CY496CnonsyntAttGt211021080.9990521751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316CY496CnonsyntATtGC211020.0009478671751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316YY496YsyntaTtaC64064011751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316FY496FnonsyntAttTt969611751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316HY496HnonsynTatCat67660.9850751751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316HY496HnonsynTaTCaC6710.01492541751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316delY496deldelTAT---575711751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316SY496SnonsyntAttCt1570.4666671751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316SY496SnonsynTATAGC1520.1333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316SY496SnonsynTAtAGt1520.1333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316SY496SnonsyntATtCA1520.1333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316SY496SnonsyntATtCC1520.1333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316XY496XnonsyntaTtaA1390.6923081751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316XY496XnonsyntATtGA1320.1538461751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316XY496XnonsyntaTtaG1320.1538461751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316NY496NnonsynTatAat1080.81751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316DY496DnonsynTatGat1080.81751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316DY496DnonsynTaTGaC1020.21751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316NY496NnonsynTaTAaC1020.21751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316GY496GnonsynTATGGC620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316GY496GnonsynTAtGGt620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316AY496AnonsynTATGCA620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316GY496GnonsynTATGGA620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316AY496AnonsynTAtGCt620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316AY496AnonsynTATGCC620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316TY496TnonsynTATACA620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316TY496TnonsynTAtACt620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316TY496TnonsynTATACC620.3333331751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316del1Y496del1deltaTta-530.61751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316del1Y496del1delTat-at510.21751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316del1Y496del1delTaT-aC510.21751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316del2Y496del2delTAt--t420.51751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316del2Y496del2deltATt--410.251751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316del2Y496del2delTAT--A410.251751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316KY496KnonsynTaTAaA2211751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316LY496LnonsyntATtTG2211751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316EY496EnonsynTaTGaA2211751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316RY496RnonsynTATAGA2211751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316IY496InonsynTAtATt1111751-1753
ORF1ab/nsp2316Y316VY496VnonsynTAtGTt1111751-1753

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt21082110All0.000403
ORF1ab/nsp2316Y316CtATtGC22110All0
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt16301630Q.21
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC640640All0.000122
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt176176P.30.280702
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC163163B.1.1.70.000146
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC101101AY.1200.003755
ORF1ab/nsp2316Y316FtAttTt9696All0.000018
ORF1ab/nsp2316Y316FtAttTt8686B.1.438.10.009224
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt8080B.1.1.70.000072
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC7272AY.30.000716
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat6667All0.000013
ORF1ab/nsp2316Y316HTaTCaC167All0
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---5757All0.000011
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC5151AY.40.000079
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt3535B.1.1.5190.00139
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC2929B.1.1.5190.001152
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt2121AY.1030.00013
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC2020B.1.20.000176
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC1818AY.1030.000112
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt1818AY.440.00011
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC1818B.1.617.20.000068
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat1616AY.40.000025
ORF1ab/nsp2316Y316StAttCt715All0.000001
ORF1ab/nsp2316Y316StATtCC215All0
ORF1ab/nsp2316Y316StATtCA215All0
ORF1ab/nsp2316Y316STAtAGt215All0
ORF1ab/nsp2316Y316STATAGC215All0
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt1515AY.40.000023
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---1515B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp2316Y316XtaTtaA913All0.000002
ORF1ab/nsp2316Y316XtaTtaG213All0
ORF1ab/nsp2316Y316XtATtGA213All0
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat1112B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp2316Y316HTaTCaC112B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt1212P.1.170.001941
ORF1ab/nsp2316Y316StAttCt3110.166667
ORF1ab/nsp2316Y316StATtCC2110.111111
ORF1ab/nsp2316Y316STAtAGt2110.111111
ORF1ab/nsp2316Y316STATAGC2110.111111
ORF1ab/nsp2316Y316StATtCA2110.111111
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC1111B.1.30.028796
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC1111B.1.4290.000259
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt1111B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp2316Y316DTatGat810All0.000002
ORF1ab/nsp2316Y316NTatAat810All0.000002
ORF1ab/nsp2316Y316NTaTAaC210All0
ORF1ab/nsp2316Y316DTaTGaC210All0
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt99P.10.000142
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC88B.1.177.790.018735
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt77AY.250.000042
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp2316Y316TTAtACt260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316ATATGCA260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316XtaTtaA260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316TTATACA260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316TTATACC260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316XtaTtaG260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316XtATtGA260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316GTAtGGt260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316GTATGGC260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316GTATGGA260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316ATAtGCt260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316ATATGCC260.111111
ORF1ab/nsp2316Y316GTAtGGt26All0
ORF1ab/nsp2316Y316GTATGGC26All0
ORF1ab/nsp2316Y316GTATGGA26All0
ORF1ab/nsp2316Y316TTATACA26All0
ORF1ab/nsp2316Y316ATAtGCt26All0
ORF1ab/nsp2316Y316ATATGCC26All0
ORF1ab/nsp2316Y316ATATGCA26All0
ORF1ab/nsp2316Y316TTATACC26All0
ORF1ab/nsp2316Y316TTAtACt26All0
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat66AY.250.000036
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC66AY.9.20.00022
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC66B.1.1.2220.001224
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt66P.20.00112
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt350.166667
ORF1ab/nsp2316Y316CtATtGC250.111111
ORF1ab/nsp2316Y316del1taTta-35All0.000001
ORF1ab/nsp2316Y316del1Tat-at15All0
ORF1ab/nsp2316Y316del1TaT-aC15All0
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt55AY.430.000022
ORF1ab/nsp2316Y316NTatAat55AY.46.40.000823
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt55AY.46.60.000361
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC55B.10.000046
ORF1ab/nsp2316Y316DTatGat240.111111
ORF1ab/nsp2316Y316NTaTAaC240.111111
ORF1ab/nsp2316Y316DTaTGaC240.111111
ORF1ab/nsp2316Y316NTatAat240.111111
ORF1ab/nsp2316Y316del2TAt--t24All0
ORF1ab/nsp2316Y316del2tATt--14All0
ORF1ab/nsp2316Y316del2TAT--A14All0
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC44AY.1210.000541
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC44AY.200.000155
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt44AY.390.000099
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC44AY.440.000024
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC44AY.450.000487
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt44B.1.2340.000528
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC44C.140.017316
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33AY.230.000209
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt33AY.260.000085
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt33AY.270.000194
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt33AY.39.10.000119
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp2316Y316DTatGat33AY.440.000018
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33AY.470.000093
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33AY.50.000062
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33AY.5.30.001012
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat33AY.750.000168
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33AY.770.003382
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33B.1.1.2790.003363
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC33P.20.00056
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt33Q.40.001364
ORF1ab/nsp2316Y316FtAttTt220.111111
ORF1ab/nsp2316Y316LtATtTG220.111111
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC220.111111
ORF1ab/nsp2316Y316KTaTAaA220.111111
ORF1ab/nsp2316Y316RTATAGA220.111111
ORF1ab/nsp2316Y316ETaTGaA220.111111
ORF1ab/nsp2316Y316RTATAGA22All0
ORF1ab/nsp2316Y316KTaTAaA22All0
ORF1ab/nsp2316Y316ETaTGaA22All0
ORF1ab/nsp2316Y316LtATtTG22All0
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22AY.1090.001479
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt22AY.1110.000366
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22AY.290.000032
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt22AY.30.00002
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22AY.340.000194
ORF1ab/nsp2316Y316FtAttTt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt22AY.46.40.000329
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22AY.550.001835
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22AY.610.00021
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt22B.10.000018
ORF1ab/nsp2316Y316del1taTta-22B.10.000018
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp2316Y316FtAttTt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat22C.20.032258
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC22P.10.000032
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2316Y316VTAtGTt11All0
ORF1ab/nsp2316Y316ITAtATt11All0
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2316Y316StAttCt11AY.1140.000231
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2316Y316del1Tat-at11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp2316Y316delTAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.350.000233
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.360.000148
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.370.000316
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2316Y316HTatCat11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2316Y316StAttCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2316Y316CtAttGt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2316Y316YtaTtaC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2316Y316del1TaT-aC11AY.430.000004
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