CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 313

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2313G313SG493SnonsynGgtAgt7127110.9985951742-1744
ORF1ab/nsp2313G313SG493SnonsynGgTAgC71210.001404491742-1744
ORF1ab/nsp2313G313GG493GsynggTggC3583440.9608941742-1744
ORF1ab/nsp2313G313GG493GsynggTggG35890.02513971742-1744
ORF1ab/nsp2313G313GG493GsynggTggA35850.01396651742-1744
ORF1ab/nsp2313G313DG493DnonsyngGtgAt31831811742-1744
ORF1ab/nsp2313G313CG493CnonsynGgtTgt25225211742-1744
ORF1ab/nsp2313G313delG493deldelGGT---555511742-1744
ORF1ab/nsp2313G313VG493VnonsyngGtgTt51480.9411761742-1744
ORF1ab/nsp2313G313VG493VnonsyngGTgTG5120.03921571742-1744
ORF1ab/nsp2313G313VG493VnonsyngGTgTA5110.01960781742-1744
ORF1ab/nsp2313G313del1G493del1delggTgg-1290.751742-1744
ORF1ab/nsp2313G313del1G493del1delGgt-gt1230.251742-1744
ORF1ab/nsp2313G313RG493RnonsynGgtCgt1070.71742-1744
ORF1ab/nsp2313G313RG493RnonsynGgTAgA1020.21742-1744
ORF1ab/nsp2313G313RG493RnonsynGgTCgC1010.11742-1744
ORF1ab/nsp2313G313AG493AnonsyngGtgCt8811742-1744
ORF1ab/nsp2313G313YG493YnonsynGGtTAt2211742-1744
ORF1ab/nsp2313G313EG493EnonsyngGTgAG210.51742-1744
ORF1ab/nsp2313G313EG493EnonsyngGTgAA210.51742-1744
ORF1ab/nsp2313G313del2G493del2delgGTg--1111742-1744

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt711712All0.000136
ORF1ab/nsp2313G313SGgTAgC1712All0
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC344358All0.000066
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG9358All0.000002
ORF1ab/nsp2313G313GggTggA5358All0.000001
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt318318All0.000061
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt252252All0.000048
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC221221B.1.1770.00291
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt111111AY.440.000676
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt9797B.1.1.70.000087
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt6363B.1.617.20.000237
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt6060B.1.1.1300.923077
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---5555All0.000011
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt5555AY.30.000547
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt4851All0.000009
ORF1ab/nsp2313G313VgGTgTG251All0
ORF1ab/nsp2313G313VgGTgTA151All0
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC5051AY.40.000078
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG151AY.40.000002
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt4949AY.250.000295
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt4949B.1.617.20.000185
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt4141AY.1030.000255
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt4141AY.40.000064
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt4040AY.40.000062
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt3737P.10.000583
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt3131B.1.1.70.000028
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt2626P.1.140.001243
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt2424B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt2323AY.420.000925
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt2020B.1.2430.001392
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt1919AY.1020.000504
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt1515AY.430.000066
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---1414B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC1214B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG214B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC1213AY.250.000072
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG113AY.250.000006
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt1313AY.260.000368
ORF1ab/nsp2313G313del1ggTgg-912All0.000002
ORF1ab/nsp2313G313del1Ggt-gt312All0.000001
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt1212AY.750.000672
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt1212AY.9.20.000441
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC1112B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG112B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt1111B.1.5260.000259
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt1111P.10.000173
ORF1ab/nsp2313G313RGgtCgt710All0.000001
ORF1ab/nsp2313G313RGgTAgA210All0
ORF1ab/nsp2313G313RGgTCgC110All0
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt1010B.10.000092
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt1010B.1.1.390.005097
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt1010B.1.20.000088
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt1010P.30.015949
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp2313G313AgGtgCt88All0.000002
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt88AY.1190.000282
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt88AY.40.000012
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt88AY.440.000049
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt88B.1.177.600.001747
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt88B.1.5260.000188
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt77AY.1170.000592
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt77AY.30.00007
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt77AY.440.000043
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt77AY.860.005809
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt77AY.98.10.000339
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp2313G313AgGtgCt66AY.1000.000276
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt66AY.250.000036
ORF1ab/nsp2313G313RGgtCgt66AY.40.000009
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt66B.1.1.500.004073
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt66B.1.360.000875
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt66B.1.4290.000141
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt66B.1.5260.000141
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt66B.1.6280.002114
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt55AY.4.20.000108
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt55B.10.000046
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt55B.1.1.2140.000277
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt55B.1.2580.000333
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC55B.1.621.10.002529
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt55B.1.6370.000365
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC55B.290.017544
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt44AY.330.000267
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt44AY.930.001092
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt44D.20.0003
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt33AY.200.000117
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt33AY.30.00003
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt33AY.390.000074
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt33AY.610.000314
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt33B.10.000027
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC23B.10.000018
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG13B.10.000009
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2313G313del1ggTgg-33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt33B.1.177.480.009375
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC23B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2313G313GggTggA13B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2313G313VgGTgTA13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2313G313VgGTgTG13B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt33Q.20.00184
ORF1ab/nsp2313G313GggTggA220.111111
ORF1ab/nsp2313G313YGGtTAt220.111111
ORF1ab/nsp2313G313RGgTAgA220.111111
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt220.111111
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt220.111111
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt220.111111
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt22A.280.005291
ORF1ab/nsp2313G313YGGtTAt22All0
ORF1ab/nsp2313G313EgGTgAA12All0
ORF1ab/nsp2313G313EgGTgAG12All0
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt22AY.230.000139
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22AY.23.10.000835
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt22AY.250.000012
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt22AY.270.000129
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC22AY.440.000012
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22AY.460.000208
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC22AY.470.000062
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22AY.690.000373
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22AY.750.000112
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22B.1.1.2910.001485
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22B.1.1.3010.002358
ORF1ab/nsp2313G313del1Ggt-gt12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2313G313del1ggTgg-12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt22B.1.2060.001631
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22B.1.3350.020619
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp2313G313EgGTgAG12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2313G313GggTggA12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2313G313EgGTgAA12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG12B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt22B.1.4990.002101
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC22B.1.5700.005882
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22C.370.000232
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt22P.10.000032
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt22P.10.000032
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2313G313del2gGTg--11All0
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC11AY.120.000316
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC11AY.220.002092
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt11AY.380.000499
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2313G313CGgtTgt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2313G313GggTggG11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2313G313GggTggC11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2313G313delGGT---11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2313G313del2gGTg--11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2313G313DgGtgAt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp2313G313SGgtAgt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2313G313VgGtgTt11AY.470.000031
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