CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | G465V | nonsyn | gGt | gTt | 1931 | 1930 | 0.999482 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | G465V | nonsyn | gGT | gTC | 1931 | 1 | 0.000517866 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | G465S | nonsyn | Ggt | Agt | 274 | 274 | 1 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | G465D | nonsyn | gGt | gAt | 135 | 134 | 0.992593 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | G465D | nonsyn | gGT | gAC | 135 | 1 | 0.00740741 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | G465G | syn | ggT | ggC | 92 | 85 | 0.923913 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | G465G | syn | ggT | ggA | 92 | 6 | 0.0652174 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | G465G | syn | ggT | ggG | 92 | 1 | 0.0108696 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | G465A | nonsyn | gGt | gCt | 69 | 68 | 0.985507 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | G465A | nonsyn | gGT | gCA | 69 | 1 | 0.0144928 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | G465C | nonsyn | Ggt | Tgt | 56 | 56 | 1 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | G465del | del | GGT | --- | 40 | 40 | 1 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | G465R | nonsyn | Ggt | Cgt | 8 | 6 | 0.75 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | G465R | nonsyn | GgT | AgG | 8 | 1 | 0.125 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | G465R | nonsyn | GgT | CgC | 8 | 1 | 0.125 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | G465del1 | del | Ggt | -gt | 7 | 6 | 0.857143 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | G465del1 | del | GGt | -At | 7 | 1 | 0.142857 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285H | G465H | nonsyn | GGT | CAC | 3 | 2 | 0.666667 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285H | G465H | nonsyn | GGt | CAt | 3 | 1 | 0.333333 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del2 | G465del2 | del | GGt | --t | 2 | 1 | 0.5 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del2 | G465del2 | del | gGT | g-- | 2 | 1 | 0.5 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285I | G465I | nonsyn | GGt | ATt | 1 | 1 | 1 | 1658-1660 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285E | G465E | nonsyn | gGT | gAA | 1 | 1 | 1 | 1658-1660 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1930 | 1931 | All | 0.000369 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGT | gTC | 1 | 1931 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 524 | 524 | AY.4.2 | 0.011365 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 274 | 274 | All | 0.000052 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 253 | 253 | B.1.523 | 0.620098 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 208 | 208 | B.1.1.7 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 196 | 196 | AY.75 | 0.01098 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 134 | 135 | All | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGT | gAC | 1 | 135 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 99 | 99 | B.1.1.519 | 0.003931 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 85 | 92 | All | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggA | 6 | 92 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggG | 1 | 92 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 84 | 84 | AY.4 | 0.000131 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 68 | 69 | All | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGT | gCA | 1 | 69 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 65 | 65 | B.1.351.2 | 0.019667 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 56 | 56 | All | 0.000011 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 56 | 56 | AY.34 | 0.00543 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 56 | 56 | B.1.177.60 | 0.012232 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 43 | 43 | B.1.1.7 | 0.000038 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 42 | 42 | B.1.612 | 0.111406 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 40 | 40 | All | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 38 | 38 | P.1 | 0.000599 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 35 | 35 | B.1.1.37 | 0.00675 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 34 | 34 | AY.25 | 0.000205 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 32 | 32 | B.1.617.2 | 0.00012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 30 | 31 | AY.3 | 0.000298 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGT | gTC | 1 | 31 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 28 | 28 | AY.4 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 27 | 27 | AY.44 | 0.000164 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 27 | 27 | B.1.177 | 0.000356 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 24 | 24 | B.1.1.7 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 22 | 22 | AY.3 | 0.000219 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 20 | 20 | B.1.617.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 17 | 17 | AY.72 | 0.023129 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 17 | 17 | B.1.1.7 | 0.000015 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 16 | 16 | AY.43 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 16 | 16 | B.1 | 0.000147 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 16 | 16 | B.1.429 | 0.000376 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 16 | 16 | B.1.525 | 0.001811 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 15 | 15 | B.1.1.28 | 0.004669 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 14 | 14 | AY.44 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 13 | 13 | AY.103 | 0.000081 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 13 | 13 | AY.43 | 0.000058 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 13 | 13 | B.1.469 | 0.046931 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.103 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 12 | 12 | B.1.429 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 9 | 10 | B.1.1.7 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggA | 1 | 10 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 9 | 10 | B.1.617.2 | 0.000034 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggA | 1 | 10 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 9 | 9 | B.1.1.518 | 0.056962 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | Ggt | Cgt | 6 | 8 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | GgT | AgG | 1 | 8 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | GgT | CgC | 1 | 8 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | AY.4 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | Ggt | -gt | 6 | 7 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | GGt | -At | 1 | 7 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.106 | 0.002344 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 7 | 7 | AY.39 | 0.000173 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.4 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.43 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 7 | 7 | AY.44 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 7 | 7 | B.1.1.7 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.2 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 7 | 7 | P.1 | 0.00011 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 6 | 6 | A.2 | 0.003971 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 6 | 6 | AY.103 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.29 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.45 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | B.1.1.7 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.14 | 0.00044 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 5 | 5 | AY.46.3 | 0.004669 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.59 | 0.002648 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.61 | 0.000524 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.1.398 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 5 | 5 | B.1.575 | 0.001517 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 5 | 5 | B.1.9.2 | 0.5 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.2 | 0.001425 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 3 | 4 | AY.44 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGT | gCA | 1 | 4 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.280 | 0.012346 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.1.33 | 0.001684 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.336 | 0.066667 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.221 | 0.000284 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1.258 | 0.000266 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285H | GGT | CAC | 2 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285H | GGt | CAt | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.119 | 0.000106 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | Ggt | -gt | 2 | 3 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | GGt | -At | 1 | 3 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.7.2 | 0.001678 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.70 | 0.000626 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.95 | 0.002283 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.1.348 | 0.002389 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.160 | 0.000094 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.369 | 0.000856 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 2 | 3 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | Ggt | Cgt | 2 | 3 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGT | gAC | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | GgT | CgC | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.621 | 0.000266 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 3 | 3 | C.37 | 0.000348 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggA | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 2 | 2 | A | 0.000774 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | A.2.2 | 0.003378 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del2 | gGT | g-- | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del2 | GGt | --t | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.75.1 | 0.000361 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.99.2 | 0.000184 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggA | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.499 | 0.002101 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.524 | 0.002813 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285H | GGT | CAC | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285H | GGt | CAt | 1 | 2 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.621.1 | 0.001012 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.628 | 0.000705 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 2 | 2 | N.6 | 0.014184 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285I | GGt | ATt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285E | gGT | gAA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AU.3 | 0.00211 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.11 | 0.001339 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.114 | 0.000231 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285I | GGt | ATt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285H | GGT | CAC | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del2 | gGT | g-- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del2 | GGt | --t | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.176 | 0.000439 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.316 | 0.000925 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.86 | 0.035714 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.177.40 | 0.005155 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.52 | 0.001757 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.82 | 0.000477 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285E | gGT | gAA | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.36.24 | 0.006173 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | GgT | AgG | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.6.6 | 0.000889 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | N.4 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285G | ggT | ggC | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 285 | G285A | gGt | gCt | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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