CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | G445S | nonsyn | Ggt | Agt | 1381 | 1379 | 0.998552 | 1598-1600 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1379 | 1381 | All | 0.000264 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 462 | 462 | AY.4 | 0.000719 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 381 | 381 | B.1.1.7 | 0.000341 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 190 | 190 | AY.103 | 0.00118 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 55 | 55 | B.1.617.2 | 0.000207 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 31 | 31 | AY.44 | 0.000189 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 30 | 30 | AY.43 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 13 | 13 | B.1 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 12 | 12 | AY.33 | 0.000801 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 12 | 12 | B.1.36.8 | 0.012 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 10 | 12 | P.1 | 0.000158 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 8 | 8 | AY.3 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 8 | 8 | P.2 | 0.001493 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 7 | 7 | AY.102 | 0.000186 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 7 | 7 | B.1.357 | 0.066667 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 6 | 6 | B.1.160 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 6 | 6 | Q.8 | 0.000989 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.177.4 | 0.001055 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.2 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1.36.29 | 0.002069 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 4 | 4 | C.36 | 0.003643 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.119 | 0.000106 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.80 | 0.003386 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.1.519 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.258.4 | 0.010345 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.36.19 | 0.027778 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.627 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | A.1 | 0.000564 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | A.2 | 0.001324 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.87 | 0.001665 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.128 | 0.014184 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.149 | 0.006849 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.361 | 0.002577 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.523 | 0.004902 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | C.17 | 0.111111 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | P.1.17 | 0.000324 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 2 | 2 | P.1.8 | 0.009569 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.46.3 | 0.000934 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.66 | 0.00107 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.249 | 0.071429 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.301 | 0.001179 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.23 | 0.003236 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.199 | 0.004132 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.214 | 0.003663 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.456 | 0.003268 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.588 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.37 | 0.028571 |
ORF1ab/nsp2 | 265 | G265S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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