CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 265

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	265	G265V	G445V	nonsyn	gGt	gTt	3149	3149	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265S	G445S	nonsyn	Ggt	Agt	1381	1379	0.998552	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265S	G445S	nonsyn	GGt	TCt	1381	1	0.000724113	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265S	G445S	nonsyn	GGT	TCC	1381	1	0.000724113	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265del	G445del	del	GGT	---	1109	1109	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265C	G445C	nonsyn	Ggt	Tgt	369	369	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265D	G445D	nonsyn	gGt	gAt	240	240	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265G	G445G	syn	ggT	ggC	100	89	0.89	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265G	G445G	syn	ggT	ggG	100	6	0.06	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265G	G445G	syn	ggT	ggA	100	5	0.05	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265R	G445R	nonsyn	Ggt	Cgt	17	13	0.764706	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265R	G445R	nonsyn	GgT	AgG	17	4	0.235294	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265A	G445A	nonsyn	gGt	gCt	3	2	0.666667	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	G445del1	del	GGT	-NN	3	1	0.333333	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265A	G445A	nonsyn	gGT	gCC	3	1	0.333333	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	G445del1	del	Ggt	-gt	3	1	0.333333	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	G445del1	del	ggT	gg-	3	1	0.333333	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265F	G445F	nonsyn	GGt	TTt	2	2	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265W	G445W	nonsyn	GgT	TgG	2	2	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265del2	G445del2	del	GGT	--N	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265del2	G445del2	del	GGT	A--	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265N	G445N	nonsyn	GGT	AAC	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265N	G445N	nonsyn	GGt	AAt	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265T	G445T	nonsyn	GGt	ACt	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265Y	G445Y	nonsyn	GGT	TAC	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265Y	G445Y	nonsyn	GGt	TAt	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265T	G445T	nonsyn	GGT	ACC	2	1	0.5	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265P	G445P	nonsyn	GGt	CCt	1	1	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265H	G445H	nonsyn	GGT	CAC	1	1	1	1598-1600
ORF1ab/nsp2	265	G265K	G445K	nonsyn	GGT	AAA	1	1	1	1598-1600

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3149	3149	All	0.000602
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1379	1381	All	0.000264
ORF1ab/nsp2	265	G265S	GGt	TCt	1	1381	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265S	GGT	TCC	1	1381	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1109	1109	All	0.000212
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	716	716	B.1.1.7	0.000641
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	462	462	AY.4	0.000719
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	381	381	B.1.1.7	0.000341
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	369	369	All	0.000071
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	291	291	AY.44	0.001771
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	240	240	All	0.000046
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	238	238	AY.4	0.00037
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	208	208	B.1.1.191	0.990476
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	190	190	AY.103	0.00118
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	186	186	B.1.617.2	0.0007
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	164	164	B.1.573	1
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	160	160	B.1.1.7	0.000143
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	116	116	B.1.2	0.001021
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	106	106	B.1.1.7	0.000095
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	102	102	AY.26	0.002888
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	101	101	AY.4	0.000157
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	89	100	All	0.000017
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggG	6	100	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggA	5	100	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	90	90	AY.43	0.000399
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	83	83	AY.25	0.000499
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	82	82	B.1.1	0.001488
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	77	77	AY.103	0.000478
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	66	66	AY.103	0.00041
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	56	56	B.1.621	0.004957
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	55	55	B.1.617.2	0.000207
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	53	53	B.1.1.70	0.018076
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	49	49	AN.1	0.98
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	49	49	AY.120	0.001822
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	48	48	B.1	0.00044
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	48	48	P.1	0.000756
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	46	46	B.1.36.17	0.022727
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	42	42	B.1.520	0.913043
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	41	41	B.1.427	0.00207
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	38	38	AY.4	0.000059
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	38	38	N.5	0.067138
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	34	34	AY.7.2	0.019016
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	34	34	B.1.1	0.000617
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	34	34	B.1.195	0.170854
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	33	33	B.1.1.519	0.00131
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	32	32	AY.3	0.000318
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	31	31	AY.25	0.000186
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	31	31	AY.44	0.000189
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	31	31	B.1.1.7	0.000028
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	30	30	AY.27	0.001942
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	30	30	AY.43	0.000133
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	29	29	AY.121	0.003924
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	26	26	B.1.1.70	0.008868
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	26	26	B.1.177.77	0.018882
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	26	26	B.1.575	0.007888
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	25	25	B.1.36.25	0.055188
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	22	22	B.1.429	0.000518
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	22	22	B.1.617.2	0.000083
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	21	21	AY.98.1	0.001017
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	20	20	B.1	0.000183
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	20	20	B.1.320	0.024907
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	20	20	B.1.36	0.002918
ORF1ab/nsp2	265	G265R	Ggt	Cgt	13	17	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	265	G265R	GgT	AgG	4	17	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	17	17	AY.43	0.000075
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	17	17	B.1.1.305	0.065637
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	16	16	AY.117	0.001352
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	16	16	AY.39.1	0.000634
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	16	16	AY.4	0.000025
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	16	16	B.1.243	0.001113
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	15	15	AY.20	0.000583
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	15	15	B.1.160	0.000468
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	14	14	AY.39	0.000346
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	14	14	B.1.36.18	0.005882
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	13	13	AY.102	0.000345
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	13	13	AY.20	0.000505
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	13	13	AY.4.2	0.000282
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	13	13	AY.9.2	0.000477
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	13	13	B.1.526	0.000306
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	12	12	AY.33	0.000801
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	12	12	AY.61	0.001257
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	12	12	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	12	12	B.1.36.8	0.012
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	12	12	P.1	0.000189
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	10	12	P.1	0.000158
ORF1ab/nsp2	265	G265S	GGT	TCC	1	12	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265S	GGt	TCt	1	12	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	11	11	AY.120.2.1	0.005481
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	11	11	AY.43	0.000049
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	11	11	B.1.1.214	0.00061
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	11	11	C.37	0.001277
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	10	10	AY.25	0.00006
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	10	10	AY.54	0.000953
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	10	10	B.1.2	0.000088
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	10	10	B.1.637	0.000731
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	9	9	AY.33	0.000601
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	9	9	AY.54	0.000858
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	9	9	AY.7.1	0.001014
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	9	9	B.1.160	0.000281
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	9	9	B.1.177	0.000119
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	9	9	B.1.36.29	0.004656
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	9	9	B.1.429	0.000212
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	8	8	AY.3	0.00008
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	8	8	AY.42	0.000322
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	8	8	AY.44	0.000049
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	8	8	AY.99.2	0.000737
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	8	8	B.1	0.000073
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	8	8	B.1.351	0.000238
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	8	8	B.1.621	0.000708
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	8	8	P.2	0.001493
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	7	7	AY.102	0.000186
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	7	7	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	7	7	AY.116.1	0.00218
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	7	7	AY.25	0.000042
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	7	7	AY.3	0.00007
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	7	7	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	7	7	AY.4.5	0.000752
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	7	7	AY.59	0.003708
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	7	7	B.1.1.17	0.116667
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	7	7	B.1.1.216	0.006233
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	7	7	B.1.357	0.066667
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	7	7	B.1.525	0.000792
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	6	6	AY.119	0.000212
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggA	3	6	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	3	6	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp2	265	G265R	Ggt	Cgt	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	6	6	B.1.1.374	0.014252
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	6	6	B.1.160	0.000187
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	6	6	B.1.222	0.010152
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	6	6	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	6	6	B.1.526	0.000141
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	6	6	Q.8	0.000989
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	5	5	AY.16.1	0.00235
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	5	5	AY.29	0.000079
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	5	5	AY.4.2.1	0.000745
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	AY.5.3	0.001687
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	5	5	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	B.1.1.318	0.001509
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	B.1.1.37	0.000964
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	5	5	B.1.177.4	0.001055
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	5	5	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	B.1.221	0.000355
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	B.1.234	0.00066
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	5	5	B.1.351	0.000149
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	5	5	B.1.36	0.00073
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.36.18	0.002101
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	5	5	B.1.36.38	0.00821
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	5	5	B.1.466.2	0.001956
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	5	5	B.1.523	0.012255
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	4	4	AY.117	0.000338
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	4	4	AY.23.1	0.001669
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	4	4	AY.26	0.000113
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp2	265	G265R	Ggt	Cgt	4	4	AY.3.1	0.000341
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	4	4	AY.4.2.1	0.000596
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	4	4	AY.9.1	0.000335
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	4	4	B.1.177.19	0.005722
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	4	4	B.1.36.29	0.002069
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	4	4	B.1.36.8	0.004
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	4	4	C.36	0.003643
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	4	4	P.1.14	0.000191
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	4	4	P.1.17	0.000647
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	AE.1	0.034091
ORF1ab/nsp2	265	G265A	gGt	gCt	2	3	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265A	gGT	gCC	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	ggT	gg-	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	GGT	-NN	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	Ggt	-gt	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	2	3	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggA	1	3	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	3	3	AY.109	0.002219
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	AY.52	0.002443
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	3	3	AY.7	0.000588
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	3	3	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	AY.80	0.003386
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggG	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	3	3	B.1.1.194	0.014851
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	3	3	B.1.1.236	0.02069
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	B.1.1.432	0.003797
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	B.1.1.506	0.111111
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	B.1.258.4	0.010345
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	B.1.336	0.007317
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	B.1.36.19	0.027778
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	3	3	B.1.627	0.006061
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	C.36	0.002732
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	3	3	P.1.10	0.000808
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	3	3	Q.1	0.000379
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggG	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	A.2	0.001324
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	A.5	0.003846
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AD.2	0.000438
ORF1ab/nsp2	265	G265W	GgT	TgG	2	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265F	GGt	TTt	2	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265T	GGt	ACt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265Y	GGt	TAt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265del2	GGT	A--	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265Y	GGT	TAC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265del2	GGT	--N	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265T	GGT	ACC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265N	GGt	AAt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265N	GGT	AAC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.10	0.00106
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.101	0.000981
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	2	2	AY.107	0.000932
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	AY.120.2	0.002571
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.14	0.000176
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.21	0.003795
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.128	0.014184
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.1.133	0.016949
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.354	0.008772
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.356	0.017094
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.464	0.002946
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.57	0.022989
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.128	0.001271
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	B.1.149	0.006849
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.177.42	0.001789
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.206	0.001631
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.234	0.000264
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.237	0.00995
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	B.1.361	0.002577
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.369	0.00057
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	B.1.520	0.043478
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	B.1.523	0.004902
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.560	0.009259
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	2	2	B.1.625	0.004706
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	B.6	0.00182
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	C.17	0.111111
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	265	G265Y	GGT	TAC	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265N	GGT	AAC	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265Y	GGt	TAt	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265N	GGt	AAt	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265T	GGT	ACC	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265T	GGt	ACt	1	2	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	2	2	P.1.8	0.009569
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp2	265	G265R	GgT	AgG	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	265	G265W	GgT	TgG	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp2	265	G265P	GGt	CCt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265H	GGT	CAC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265K	GGT	AAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AT.1	0.005128
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.39.2	0.001541
ORF1ab/nsp2	265	G265A	gGt	gCt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	265	G265R	GgT	AgG	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	265	G265A	gGt	gCt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	265	G265H	GGT	CAC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.66	0.00107
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.8	0.000606
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	AY.96	0.002075
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	265	G265R	Ggt	Cgt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	ggT	gg-	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	265	G265W	GgT	TgG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	265	G265R	GgT	AgG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggA	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.200	0.007463
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp2	265	G265R	Ggt	Cgt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.230	0.009174
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.249	0.071429
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.288	0.001916
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.335	0.012987
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	Ggt	-gt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.381	0.04
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.411	0.014706
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.462	0.008621
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.486	0.001577
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp2	265	G265del2	GGT	--N	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	265	G265A	gGT	gCC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	265	G265P	GGt	CCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	265	G265F	GGt	TTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.99	0.02381
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.115	0.021739
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.170	0.00431
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.173	0.026316
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.177.45	0.000381
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.199	0.004132
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	265	G265del1	GGT	-NN	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggG	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	265	G265R	GgT	AgG	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	265	G265R	Ggt	Cgt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggG	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.349	0.000715
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp2	265	G265K	GGT	AAA	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.387	0.04
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.388	0.090909
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	265	G265F	GGt	TTt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.436	0.001029
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.459	0.004082
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.471	0.002732
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	265	G265del2	GGT	A--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.619	0.000871
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.619.1	0.000641
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.1.634	0.003425
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.3.1	0.001658
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	B.31	0.003731
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.37	0.028571
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	B.39	0.002331
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp2	265	G265S	Ggt	Agt	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	C.37.1	0.002618
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	265	G265D	gGt	gAt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	265	G265G	ggT	ggC	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp2	265	G265C	Ggt	Tgt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp2	265	G265del	GGT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp2	265	G265V	gGt	gTt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.