CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 262

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	262	G262S	G442S	nonsyn	Ggt	Agt	1600	1599	0.999375	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262S	G442S	nonsyn	GgT	AgC	1600	1	0.000625	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262D	G442D	nonsyn	gGt	gAt	919	919	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262C	G442C	nonsyn	Ggt	Tgt	435	435	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262V	G442V	nonsyn	gGt	gTt	415	413	0.995181	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262V	G442V	nonsyn	gGT	gTA	415	1	0.00240964	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262V	G442V	nonsyn	gGT	gTG	415	1	0.00240964	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262G	G442G	syn	ggT	ggC	280	234	0.835714	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262G	G442G	syn	ggT	ggG	280	41	0.146429	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262G	G442G	syn	ggT	ggA	280	5	0.0178571	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262del	G442del	del	GGT	---	46	46	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262R	G442R	nonsyn	Ggt	Cgt	45	29	0.644444	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262R	G442R	nonsyn	GgT	AgG	45	10	0.222222	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262R	G442R	nonsyn	GgT	AgA	45	4	0.0888889	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262R	G442R	nonsyn	GgT	CgA	45	1	0.0222222	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262R	G442R	nonsyn	GgT	CgG	45	1	0.0222222	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262A	G442A	nonsyn	gGt	gCt	9	9	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	G442del1	del	ggT	gg-	8	6	0.75	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	G442del1	del	Ggt	-gt	8	1	0.125	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	G442del1	del	GgT	Tg-	8	1	0.125	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262E	G442E	nonsyn	gGT	gAA	3	2	0.666667	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262L	G442L	nonsyn	GGT	CTA	3	1	0.333333	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262L	G442L	nonsyn	GGT	CTG	3	1	0.333333	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262L	G442L	nonsyn	GGt	CTt	3	1	0.333333	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262E	G442E	nonsyn	gGT	gAG	3	1	0.333333	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262Q	G442Q	nonsyn	GGT	CAG	2	1	0.5	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262K	G442K	nonsyn	GGT	AAA	2	1	0.5	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262K	G442K	nonsyn	GGT	AAG	2	1	0.5	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262I	G442I	nonsyn	GGT	ATA	2	1	0.5	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262I	G442I	nonsyn	GGt	ATt	2	1	0.5	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262Q	G442Q	nonsyn	GGT	CAA	2	1	0.5	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262X	G442X	nonsyn	GgT	TgA	1	1	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262H	G442H	nonsyn	GGt	CAt	1	1	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262M	G442M	nonsyn	GGT	ATG	1	1	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262N	G442N	nonsyn	GGt	AAt	1	1	1	1589-1591
ORF1ab/nsp2	262	G262P	G442P	nonsyn	GGT	CCG	1	1	1	1589-1591

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1599	1600	All	0.000306
ORF1ab/nsp2	262	G262S	GgT	AgC	1	1600	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	919	919	All	0.000176
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	435	435	All	0.000083
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	413	415	All	0.000079
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGT	gTG	1	415	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGT	gTA	1	415	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	234	280	All	0.000045
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	41	280	All	0.000008
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggA	5	280	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	221	221	AY.4	0.000344
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	180	180	B.1.1.7	0.000161
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	170	170	B.1.1	0.003084
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	145	145	AY.25	0.000872
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	144	144	B.1.252	0.953642
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	127	127	B.1.1.7	0.000114
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	119	119	AY.4	0.000185
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	94	94	B.1.1.7	0.000084
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	85	85	B.1.1.308	1
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	67	68	B.1.617.2	0.000252
ORF1ab/nsp2	262	G262S	GgT	AgC	1	68	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	64	64	AY.9.1	0.005358
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	63	63	AY.5	0.001301
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	44	48	B.1	0.000403
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	3	48	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggA	1	48	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	46	46	All	0.000009
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	46	46	B.1.1.7	0.000041
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	29	45	All	0.000006
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgG	10	45	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgA	4	45	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	CgG	1	45	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	CgA	1	45	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	42	42	B.1.351	0.001249
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	41	41	AY.25	0.000247
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	22	39	B.1.1.7	0.00002
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	17	39	B.1.1.7	0.000015
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	38	38	AY.74	0.004395
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	38	38	B.1	0.000348
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	38	38	B.1	0.000348
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	36	36	AY.3	0.000358
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	34	34	B.1.1.449	0.772727
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	33	33	B.1.2	0.000291
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	32	32	B.1.617.2	0.00012
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	31	31	AY.46.4	0.0051
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	30	30	B.1.617.2	0.000113
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	29	29	B.1.1.169	0.527273
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	28	28	AY.119	0.000989
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	28	28	AY.4	0.000044
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	26	26	AY.117	0.002197
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	26	26	AY.33	0.001736
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	26	26	B.1.93	0.024276
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	25	25	C.40	0.694444
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	24	24	AY.25	0.000144
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	24	24	AY.3	0.000239
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	24	24	B.1.258.17	0.002495
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	24	24	C.37	0.002786
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	22	22	B.1.637	0.001608
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	21	21	AY.4	0.000033
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	21	21	B.1.1	0.000381
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	21	21	B.1.177	0.000277
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	21	21	B.1.617.2	0.000079
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	20	20	AY.7	0.00392
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	20	20	B.1.1.434	0.006971
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	19	19	AY.43	0.000084
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	19	19	B.1.525	0.00215
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	18	18	B.1.1.214	0.000998
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	18	18	B.1.160	0.000561
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	18	18	B.1.351	0.000535
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	17	17	AY.44	0.000103
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	17	17	AY.9.2	0.000624
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	17	17	AY.9.2	0.000624
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	17	17	B.1.1.228	0.051829
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	17	17	B.1.234	0.002243
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	16	16	AY.23	0.001116
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	16	16	AY.98	0.001264
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	16	16	B.1.1.348	0.012739
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	14	15	B.1.617.2	0.000053
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	1	15	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	14	14	AY.103	0.000087
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	13	13	AY.103	0.000081
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	13	13	AY.103	0.000081
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	13	13	AY.120.1	0.004173
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	13	13	B.1.1.519	0.000516
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	13	13	B.1.1.519	0.000516
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	13	13	B.1.177	0.000171
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	13	13	B.1.429	0.000306
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	12	12	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	12	12	AY.44	0.000073
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	12	12	AY.44	0.000073
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	12	12	B.1.221	0.000852
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	12	12	B.1.311	0.003295
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	11	11	AY.120.1	0.003531
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	11	11	AY.43	0.000049
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	11	11	AY.72	0.014966
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	11	11	B.1.526	0.000259
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	11	11	B.1.611	0.44
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	10	10	AY.100	0.00046
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	10	10	AY.91.1	0.04065
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	10	10	B.1.561	0.00397
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	10	10	P.2	0.001866
ORF1ab/nsp2	262	G262A	gGt	gCt	9	9	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	9	9	AY.102	0.000239
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	9	9	AY.20	0.00035
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	9	9	AY.3	0.00009
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	9	9	B.1.1.37	0.001736
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	9	9	B.1.177.17	0.007389
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	9	9	B.1.36	0.001313
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	9	9	B.1.619	0.00784
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	9	9	P.1.4	0.008789
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgG	3	8		0.166667
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgA	2	8		0.111111
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	1	8		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	CgA	1	8		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	CgG	1	8		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	ggT	gg-	6	8	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	GgT	Tg-	1	8	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	Ggt	-gt	1	8	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	8	8	AY.47	0.000249
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	8	8	B.1.1.63	0.003086
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	8	8	B.1.1.63	0.003086
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	8	8	B.1.149	0.027397
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	8	8	B.1.160	0.00025
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	8	8	P.2	0.001493
ORF1ab/nsp2	262	G262A	gGt	gCt	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	7	7	B.1.236	0.014374
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	7	7	B.1.243	0.000487
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	4	6		0.222222
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggA	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	6	6	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	6	6	AY.39	0.000148
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	6	6	AY.5	0.000124
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	6	6	AY.70	0.001251
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	6	6	AY.75	0.000336
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	3	6	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	6	B.1.221	0.000142
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggA	1	6	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	6	6	B.1.400	0.002574
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	6	6	B.1.621	0.000531
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	5	5	AY.109	0.003698
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	5	5	AY.117	0.000423
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	5	5	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	5	5	AY.20	0.000194
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	5	5	AY.30	0.001979
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	5	5	AY.58	0.004537
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	5	5	AY.67	0.002321
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.349	0.003574
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	5	5	B.1.429	0.000118
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.526	0.000118
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	5	5	B.15	0.087719
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	5	5	P.1.17	0.000809
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	4	4	AY.26	0.000113
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	4	4	AY.26	0.000113
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	3	4	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	4	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	4	4	AY.84	0.00175
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	4	4	AY.9	0.00027
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgG	3	4	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgA	1	4	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	4	4	B.1.36.1	0.004561
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	4	4	B.1.526	0.000094
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	4	4	B.1.621	0.000354
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	4	4	P.1.15	0.000929
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	4	4	Q.4	0.001819
ORF1ab/nsp2	262	G262L	GGt	CTt	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGT	gTG	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262L	GGT	CTA	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262L	GGT	CTG	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGT	gTA	1	3		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262E	gGT	gAA	2	3	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262L	GGt	CTt	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262L	GGT	CTG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262E	gGT	gAG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262L	GGT	CTA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	AY.16	0.001139
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	3	3	B.1.1.306	0.001315
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	3	3	B.1.621	0.000266
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	3	3	Q.3	0.000435
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	3	3	Q.8	0.000495
ORF1ab/nsp2	262	G262E	gGT	gAG	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262Q	GGT	CAG	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262E	gGT	gAA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262K	GGT	AAG	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262I	GGT	ATA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262Q	GGT	CAA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262I	GGt	ATt	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262K	GGT	AAA	1	2		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AD.2	0.000438
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	AD.2	0.000438
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	2	AL.1	0.025974
ORF1ab/nsp2	262	G262K	GGT	AAG	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262I	GGT	ATA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262K	GGT	AAA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262Q	GGT	CAG	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262I	GGt	ATt	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262Q	GGT	CAA	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AY.1	0.000791
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	AY.104	0.003968
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	AY.13	0.000322
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	AY.88	0.001768
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggA	1	2	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	2	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	AY.92	0.000575
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgG	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.275	0.022472
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	ggT	gg-	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.514	0.076923
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	B.1.1.53	0.027397
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.1.71	0.012121
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.177.17	0.001642
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.189	0.008584
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	2	2	B.1.234	0.000264
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggG	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	262	G262N	GGt	AAt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262X	GgT	TgA	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262H	GGt	CAt	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262M	GGT	ATG	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp2	262	G262P	GGT	CCG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262X	GgT	TgA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262N	GGt	AAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262M	GGT	ATG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262H	GGt	CAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AU.3	0.00211
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgA	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	262	G262P	GGT	CCG	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	ggT	gg-	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.72	0.001361
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	ggT	gg-	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	262	G262E	gGT	gAA	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.134	0.011364
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.333	0.001076
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.351	0.002793
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.371	0.010417
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.388	0.045455
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.419	0.007407
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.419	0.007407
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	ggT	gg-	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.104	0.00369
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.160.31	0.008065
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.160.9	0.007194
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.177.74	0.015152
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	GgT	Tg-	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	262	G262R	GgT	AgG	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.201	0.005682
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.258.9	0.005
ORF1ab/nsp2	262	G262A	gGt	gCt	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	Ggt	-gt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.466	0.023256
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.587	0.001898
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	262	G262del1	ggT	gg-	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	262	G262A	gGt	gCt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	B.60	0.015873
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp2	262	G262V	gGt	gTt	1	1	C.32	0.023256
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	N.9	0.005952
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp2	262	G262G	ggT	ggC	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp2	262	G262S	Ggt	Agt	1	1	P.7	0.004367
ORF1ab/nsp2	262	G262del	GGT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp2	262	G262C	Ggt	Tgt	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp2	262	G262R	Ggt	Cgt	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp2	262	G262D	gGt	gAt	1	1	W.1	0.008696

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.