CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | G442S | nonsyn | Ggt | Agt | 1600 | 1599 | 0.999375 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | G442S | nonsyn | GgT | AgC | 1600 | 1 | 0.000625 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | G442D | nonsyn | gGt | gAt | 919 | 919 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | G442C | nonsyn | Ggt | Tgt | 435 | 435 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | G442V | nonsyn | gGt | gTt | 415 | 413 | 0.995181 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | G442V | nonsyn | gGT | gTA | 415 | 1 | 0.00240964 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | G442V | nonsyn | gGT | gTG | 415 | 1 | 0.00240964 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | G442G | syn | ggT | ggC | 280 | 234 | 0.835714 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | G442G | syn | ggT | ggG | 280 | 41 | 0.146429 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | G442G | syn | ggT | ggA | 280 | 5 | 0.0178571 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | G442del | del | GGT | --- | 46 | 46 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | G442R | nonsyn | Ggt | Cgt | 45 | 29 | 0.644444 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | G442R | nonsyn | GgT | AgG | 45 | 10 | 0.222222 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | G442R | nonsyn | GgT | AgA | 45 | 4 | 0.0888889 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | G442R | nonsyn | GgT | CgA | 45 | 1 | 0.0222222 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | G442R | nonsyn | GgT | CgG | 45 | 1 | 0.0222222 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262A | G442A | nonsyn | gGt | gCt | 9 | 9 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | G442del1 | del | ggT | gg- | 8 | 6 | 0.75 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | G442del1 | del | Ggt | -gt | 8 | 1 | 0.125 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | G442del1 | del | GgT | Tg- | 8 | 1 | 0.125 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262E | G442E | nonsyn | gGT | gAA | 3 | 2 | 0.666667 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | G442L | nonsyn | GGT | CTA | 3 | 1 | 0.333333 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | G442L | nonsyn | GGT | CTG | 3 | 1 | 0.333333 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | G442L | nonsyn | GGt | CTt | 3 | 1 | 0.333333 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262E | G442E | nonsyn | gGT | gAG | 3 | 1 | 0.333333 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262Q | G442Q | nonsyn | GGT | CAG | 2 | 1 | 0.5 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262K | G442K | nonsyn | GGT | AAA | 2 | 1 | 0.5 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262K | G442K | nonsyn | GGT | AAG | 2 | 1 | 0.5 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262I | G442I | nonsyn | GGT | ATA | 2 | 1 | 0.5 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262I | G442I | nonsyn | GGt | ATt | 2 | 1 | 0.5 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262Q | G442Q | nonsyn | GGT | CAA | 2 | 1 | 0.5 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262X | G442X | nonsyn | GgT | TgA | 1 | 1 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262H | G442H | nonsyn | GGt | CAt | 1 | 1 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262M | G442M | nonsyn | GGT | ATG | 1 | 1 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262N | G442N | nonsyn | GGt | AAt | 1 | 1 | 1 | 1589-1591 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262P | G442P | nonsyn | GGT | CCG | 1 | 1 | 1 | 1589-1591 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1599 | 1600 | All | 0.000306 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | GgT | AgC | 1 | 1600 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 919 | 919 | All | 0.000176 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 435 | 435 | All | 0.000083 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 413 | 415 | All | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGT | gTG | 1 | 415 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGT | gTA | 1 | 415 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 234 | 280 | All | 0.000045 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 41 | 280 | All | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggA | 5 | 280 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 221 | 221 | AY.4 | 0.000344 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 180 | 180 | B.1.1.7 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 170 | 170 | B.1.1 | 0.003084 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 145 | 145 | AY.25 | 0.000872 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 144 | 144 | B.1.252 | 0.953642 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 127 | 127 | B.1.1.7 | 0.000114 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 119 | 119 | AY.4 | 0.000185 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 94 | 94 | B.1.1.7 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 85 | 85 | B.1.1.308 | 1 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 67 | 68 | B.1.617.2 | 0.000252 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | GgT | AgC | 1 | 68 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 64 | 64 | AY.9.1 | 0.005358 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 63 | 63 | AY.5 | 0.001301 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 44 | 48 | B.1 | 0.000403 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 3 | 48 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggA | 1 | 48 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 46 | 46 | All | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 46 | 46 | B.1.1.7 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 29 | 45 | All | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgG | 10 | 45 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgA | 4 | 45 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | CgG | 1 | 45 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | CgA | 1 | 45 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 42 | 42 | B.1.351 | 0.001249 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 41 | 41 | AY.25 | 0.000247 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 22 | 39 | B.1.1.7 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 17 | 39 | B.1.1.7 | 0.000015 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 38 | 38 | AY.74 | 0.004395 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 38 | 38 | B.1 | 0.000348 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 38 | 38 | B.1 | 0.000348 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 36 | 36 | AY.3 | 0.000358 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 34 | 34 | B.1.1.449 | 0.772727 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 33 | 33 | B.1.2 | 0.000291 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 32 | 32 | B.1.617.2 | 0.00012 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 31 | 31 | AY.46.4 | 0.0051 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 30 | 30 | B.1.617.2 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 29 | 29 | B.1.1.169 | 0.527273 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 28 | 28 | AY.119 | 0.000989 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 28 | 28 | AY.4 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 26 | 26 | AY.117 | 0.002197 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 26 | 26 | AY.33 | 0.001736 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 26 | 26 | B.1.93 | 0.024276 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 25 | 25 | C.40 | 0.694444 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 24 | 24 | AY.25 | 0.000144 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 24 | 24 | AY.3 | 0.000239 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 24 | 24 | B.1.258.17 | 0.002495 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 24 | 24 | C.37 | 0.002786 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 22 | 22 | B.1.637 | 0.001608 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 21 | 21 | AY.4 | 0.000033 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 21 | 21 | B.1.1 | 0.000381 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 21 | 21 | B.1.177 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 21 | 21 | B.1.617.2 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 20 | 20 | AY.7 | 0.00392 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 20 | 20 | B.1.1.434 | 0.006971 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 19 | 19 | AY.43 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 19 | 19 | B.1.525 | 0.00215 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 18 | 18 | B.1.1.214 | 0.000998 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 18 | 18 | B.1.160 | 0.000561 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 18 | 18 | B.1.351 | 0.000535 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 17 | 17 | AY.44 | 0.000103 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 17 | 17 | AY.9.2 | 0.000624 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 17 | 17 | AY.9.2 | 0.000624 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 17 | 17 | B.1.1.228 | 0.051829 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 17 | 17 | B.1.234 | 0.002243 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 16 | 16 | AY.23 | 0.001116 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 16 | 16 | AY.98 | 0.001264 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 16 | 16 | B.1.1.348 | 0.012739 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 14 | 15 | B.1.617.2 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 1 | 15 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 14 | 14 | AY.103 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 13 | 13 | AY.103 | 0.000081 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 13 | 13 | AY.103 | 0.000081 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 13 | 13 | AY.120.1 | 0.004173 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 13 | 13 | B.1.1.519 | 0.000516 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 13 | 13 | B.1.1.519 | 0.000516 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 13 | 13 | B.1.177 | 0.000171 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 13 | 13 | B.1.429 | 0.000306 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.4 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 12 | 12 | AY.44 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 12 | 12 | AY.44 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 12 | 12 | B.1.221 | 0.000852 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 12 | 12 | B.1.311 | 0.003295 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 11 | 11 | AY.120.1 | 0.003531 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 11 | 11 | AY.43 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 11 | 11 | AY.72 | 0.014966 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 11 | 11 | B.1.526 | 0.000259 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 11 | 11 | B.1.611 | 0.44 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 10 | 10 | AY.100 | 0.00046 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 10 | 10 | AY.91.1 | 0.04065 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 10 | 10 | B.1.561 | 0.00397 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 10 | 10 | P.2 | 0.001866 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262A | gGt | gCt | 9 | 9 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | AY.102 | 0.000239 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 9 | 9 | AY.3 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 9 | 9 | B.1.1.37 | 0.001736 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 9 | 9 | B.1.1.7 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 9 | 9 | B.1.1.7 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 9 | 9 | B.1.177.17 | 0.007389 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 9 | 9 | B.1.2 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | B.1.36 | 0.001313 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 9 | 9 | B.1.619 | 0.00784 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 9 | 9 | P.1.4 | 0.008789 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgG | 3 | 8 | 0.166667 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgA | 2 | 8 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 1 | 8 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | CgA | 1 | 8 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | CgG | 1 | 8 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | ggT | gg- | 6 | 8 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | GgT | Tg- | 1 | 8 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | Ggt | -gt | 1 | 8 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 8 | 8 | AY.47 | 0.000249 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 8 | 8 | B.1.1.63 | 0.003086 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 8 | 8 | B.1.1.63 | 0.003086 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | B.1.149 | 0.027397 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 8 | 8 | B.1.160 | 0.00025 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 8 | 8 | P.2 | 0.001493 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262A | gGt | gCt | 7 | 7 | B.1.1.7 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 7 | 7 | B.1.236 | 0.014374 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 7 | 7 | B.1.243 | 0.000487 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 7 | 7 | B.1.429 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 4 | 6 | 0.222222 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggA | 2 | 6 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.39 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.5 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 6 | 6 | AY.70 | 0.001251 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.75 | 0.000336 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 3 | 6 | B.1.221 | 0.000213 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 6 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggA | 1 | 6 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.400 | 0.002574 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 6 | 6 | B.1.621 | 0.000531 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 5 | 5 | AY.109 | 0.003698 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.117 | 0.000423 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.30 | 0.001979 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 5 | 5 | AY.58 | 0.004537 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.67 | 0.002321 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.2 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.349 | 0.003574 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.429 | 0.000118 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.526 | 0.000118 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.15 | 0.087719 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 5 | 5 | P.1.17 | 0.000809 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 4 | 4 | 0.222222 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.20 | 0.000155 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.29 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.3 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 3 | 4 | AY.43 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 4 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.46 | 0.000416 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.84 | 0.00175 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.9 | 0.00027 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.9.2 | 0.000147 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.1.33 | 0.001684 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgG | 3 | 4 | B.1.221 | 0.000213 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgA | 1 | 4 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.36.1 | 0.004561 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 4 | 4 | B.1.427 | 0.000202 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 4 | 4 | B.1.526 | 0.000094 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.621 | 0.000354 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 4 | 4 | P.1.15 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 4 | 4 | Q.4 | 0.001819 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | GGt | CTt | 1 | 3 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGT | gTG | 1 | 3 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 3 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | GGT | CTA | 1 | 3 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | GGT | CTG | 1 | 3 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGT | gTA | 1 | 3 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262E | gGT | gAA | 2 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | GGt | CTt | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | GGT | CTG | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262E | gGT | gAG | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262L | GGT | CTA | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.102 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.102 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.119 | 0.000106 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.120 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.16 | 0.001139 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.33 | 0.0002 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.6 | 0.000123 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.1.306 | 0.001315 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.1.348 | 0.002389 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.1.348 | 0.002389 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.621 | 0.000266 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 3 | 3 | Q.3 | 0.000435 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 3 | 3 | Q.8 | 0.000495 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262E | gGT | gAG | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262Q | GGT | CAG | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262E | gGT | gAA | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262K | GGT | AAG | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262I | GGT | ATA | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262Q | GGT | CAA | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262I | GGt | ATt | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262K | GGT | AAA | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AD.2 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AD.2 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 2 | AL.1 | 0.025974 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262K | GGT | AAG | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262I | GGT | ATA | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262K | GGT | AAA | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262Q | GGT | CAG | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262I | GGt | ATt | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262Q | GGT | CAA | 1 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.1 | 0.000791 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.104 | 0.003968 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.13 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.32 | 0.001065 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.88 | 0.001768 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggA | 1 | 2 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 2 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.92 | 0.000575 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgG | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.220 | 0.003717 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.1.222 | 0.000408 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.25 | 0.001137 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.275 | 0.022472 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.284 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | ggT | gg- | 2 | 2 | B.1.1.306 | 0.000877 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.514 | 0.076923 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.53 | 0.027397 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.1.71 | 0.012121 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.177.17 | 0.001642 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.189 | 0.008584 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.234 | 0.000264 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.240 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggG | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.36.18 | 0.00084 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 2 | 2 | N.6 | 0.014184 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262N | GGt | AAt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262X | GgT | TgA | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262H | GGt | CAt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262M | GGT | ATG | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AE.8 | 0.000489 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262P | GGT | CCG | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262X | GgT | TgA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262N | GGt | AAt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262M | GGT | ATG | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262H | GGt | CAt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AU.3 | 0.00211 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.2 | 0.000356 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgA | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262P | GGT | CCG | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.3 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.78 | 0.001541 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | AY.79 | 0.001211 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262E | gGT | gAA | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgG | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.134 | 0.011364 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.153 | 0.001095 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.192 | 0.002309 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.291 | 0.000742 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.333 | 0.001076 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.351 | 0.002793 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.368 | 0.003086 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.371 | 0.010417 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.388 | 0.045455 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.44 | 0.00241 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.104 | 0.00369 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.128 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.160.31 | 0.008065 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.160.9 | 0.007194 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.33 | 0.001645 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.52 | 0.001757 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.74 | 0.015152 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | GgT | Tg- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | GgT | AgG | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.201 | 0.005682 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.232 | 0.000537 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.258.9 | 0.005 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.351.5 | 0.0006 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.36.16 | 0.001425 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.422 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.428 | 0.00102 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.438.1 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.466 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.538 | 0.008065 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.551 | 0.00129 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.587 | 0.001898 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262A | gGt | gCt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.60 | 0.015873 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262V | gGt | gTt | 1 | 1 | C.32 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | N.9 | 0.005952 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262G | ggT | ggC | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.3 | 0.001595 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.7 | 0.004367 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262del | GGT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp2 | 262 | G262D | gGt | gAt | 1 | 1 | W.1 | 0.008696 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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