CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 262

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2262G262SG442SnonsynGgtAgt160015990.9993751589-1591
ORF1ab/nsp2262G262SG442SnonsynGgTAgC160010.0006251589-1591
ORF1ab/nsp2262G262DG442DnonsyngGtgAt91991911589-1591
ORF1ab/nsp2262G262CG442CnonsynGgtTgt43543511589-1591
ORF1ab/nsp2262G262VG442VnonsyngGtgTt4154130.9951811589-1591
ORF1ab/nsp2262G262VG442VnonsyngGTgTA41510.002409641589-1591
ORF1ab/nsp2262G262VG442VnonsyngGTgTG41510.002409641589-1591
ORF1ab/nsp2262G262GG442GsynggTggC2802340.8357141589-1591
ORF1ab/nsp2262G262GG442GsynggTggG280410.1464291589-1591
ORF1ab/nsp2262G262GG442GsynggTggA28050.01785711589-1591
ORF1ab/nsp2262G262delG442deldelGGT---464611589-1591
ORF1ab/nsp2262G262RG442RnonsynGgtCgt45290.6444441589-1591
ORF1ab/nsp2262G262RG442RnonsynGgTAgG45100.2222221589-1591
ORF1ab/nsp2262G262RG442RnonsynGgTAgA4540.08888891589-1591
ORF1ab/nsp2262G262RG442RnonsynGgTCgA4510.02222221589-1591
ORF1ab/nsp2262G262RG442RnonsynGgTCgG4510.02222221589-1591
ORF1ab/nsp2262G262AG442AnonsyngGtgCt9911589-1591
ORF1ab/nsp2262G262del1G442del1delggTgg-860.751589-1591
ORF1ab/nsp2262G262del1G442del1delGgt-gt810.1251589-1591
ORF1ab/nsp2262G262del1G442del1delGgTTg-810.1251589-1591
ORF1ab/nsp2262G262EG442EnonsyngGTgAA320.6666671589-1591
ORF1ab/nsp2262G262LG442LnonsynGGTCTA310.3333331589-1591
ORF1ab/nsp2262G262LG442LnonsynGGTCTG310.3333331589-1591
ORF1ab/nsp2262G262LG442LnonsynGGtCTt310.3333331589-1591
ORF1ab/nsp2262G262EG442EnonsyngGTgAG310.3333331589-1591
ORF1ab/nsp2262G262QG442QnonsynGGTCAG210.51589-1591
ORF1ab/nsp2262G262KG442KnonsynGGTAAA210.51589-1591
ORF1ab/nsp2262G262KG442KnonsynGGTAAG210.51589-1591
ORF1ab/nsp2262G262IG442InonsynGGTATA210.51589-1591
ORF1ab/nsp2262G262IG442InonsynGGtATt210.51589-1591
ORF1ab/nsp2262G262QG442QnonsynGGTCAA210.51589-1591
ORF1ab/nsp2262G262XG442XnonsynGgTTgA1111589-1591
ORF1ab/nsp2262G262HG442HnonsynGGtCAt1111589-1591
ORF1ab/nsp2262G262MG442MnonsynGGTATG1111589-1591
ORF1ab/nsp2262G262NG442NnonsynGGtAAt1111589-1591
ORF1ab/nsp2262G262PG442PnonsynGGTCCG1111589-1591

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt15991600All0.000306
ORF1ab/nsp2262G262SGgTAgC11600All0
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt919919All0.000176
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt435435All0.000083
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt413415All0.000079
ORF1ab/nsp2262G262VgGTgTG1415All0
ORF1ab/nsp2262G262VgGTgTA1415All0
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC234280All0.000045
ORF1ab/nsp2262G262GggTggG41280All0.000008
ORF1ab/nsp2262G262GggTggA5280All0.000001
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt221221AY.40.000344
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt180180B.1.1.70.000161
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt170170B.1.10.003084
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt145145AY.250.000872
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt144144B.1.2520.953642
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt127127B.1.1.70.000114
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt119119AY.40.000185
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt9494B.1.1.70.000084
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt8585B.1.1.3081
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt6768B.1.617.20.000252
ORF1ab/nsp2262G262SGgTAgC168B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt6464AY.9.10.005358
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt6363AY.50.001301
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC4448B.10.000403
ORF1ab/nsp2262G262GggTggG348B.10.000027
ORF1ab/nsp2262G262GggTggA148B.10.000009
ORF1ab/nsp2262G262delGGT---4646All0.000009
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt4646B.1.1.70.000041
ORF1ab/nsp2262G262RGgtCgt2945All0.000006
ORF1ab/nsp2262G262RGgTAgG1045All0.000002
ORF1ab/nsp2262G262RGgTAgA445All0.000001
ORF1ab/nsp2262G262RGgTCgG145All0
ORF1ab/nsp2262G262RGgTCgA145All0
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt4242B.1.3510.001249
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt4141AY.250.000247
ORF1ab/nsp2262G262GggTggG2239B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC1739B.1.1.70.000015
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt3838AY.740.004395
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt3838B.10.000348
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt3838B.10.000348
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt3636AY.30.000358
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt3434B.1.1.4490.772727
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt3333B.1.20.000291
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt3232B.1.617.20.00012
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt3131AY.46.40.0051
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt3030B.1.617.20.000113
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt2929B.1.1.1690.527273
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt2828AY.1190.000989
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt2828AY.40.000044
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt2626AY.1170.002197
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt2626AY.330.001736
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt2626B.1.930.024276
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC2525C.400.694444
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt2424AY.250.000144
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt2424AY.30.000239
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt2424B.1.258.170.002495
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt2424C.370.002786
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt2222B.1.6370.001608
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC2121AY.40.000033
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt2121B.1.10.000381
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt2121B.1.1770.000277
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt2121B.1.617.20.000079
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt2020AY.70.00392
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt2020B.1.1.4340.006971
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1919AY.430.000084
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1919B.1.5250.00215
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1818B.1.1.2140.000998
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1818B.1.1600.000561
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1818B.1.3510.000535
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1717AY.440.000103
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt1717AY.9.20.000624
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1717AY.9.20.000624
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC1717B.1.1.2280.051829
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1717B.1.2340.002243
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1616AY.230.001116
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt1616AY.980.001264
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1616B.1.1.3480.012739
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC1415B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp2262G262GggTggG115B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1414AY.1030.000087
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1313AY.1030.000081
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt1313AY.1030.000081
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1313AY.120.10.004173
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1313B.1.1.5190.000516
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt1313B.1.1.5190.000516
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1313B.1.1770.000171
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC1313B.1.4290.000306
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt1212AY.40.000019
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1212B.1.2210.000852
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC1212B.1.3110.003295
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt1111AY.120.10.003531
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1111AY.720.014966
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1111B.1.5260.000259
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt1111B.1.6110.44
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt1010AY.1000.00046
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1010AY.91.10.04065
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt1010B.1.5610.00397
ORF1ab/nsp2262G262RGgtCgt1010P.20.001866
ORF1ab/nsp2262G262AgGtgCt99All0.000002
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt99AY.1020.000239
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt99AY.200.00035
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC99AY.30.00009
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt99B.1.1.370.001736
ORF1ab/nsp2262G262delGGT---99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp2262G262RGgtCgt99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt99B.1.177.170.007389
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt99B.1.20.000079
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt99B.1.360.001313
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt99B.1.6190.00784
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt99P.1.40.008789
ORF1ab/nsp2262G262RGgTAgG380.166667
ORF1ab/nsp2262G262RGgTAgA280.111111
ORF1ab/nsp2262G262RGgtCgt180.055556
ORF1ab/nsp2262G262RGgTCgA180.055556
ORF1ab/nsp2262G262RGgTCgG180.055556
ORF1ab/nsp2262G262del1ggTgg-68All0.000001
ORF1ab/nsp2262G262del1GgTTg-18All0
ORF1ab/nsp2262G262del1Ggt-gt18All0
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt88AY.470.000249
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC88B.1.1.630.003086
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt88B.1.1.630.003086
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt88B.1.1490.027397
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt88B.1.1600.00025
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt88P.20.001493
ORF1ab/nsp2262G262AgGtgCt77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt77B.1.2360.014374
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt77B.1.2430.000487
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt77B.1.4290.000165
ORF1ab/nsp2262G262GggTggG460.222222
ORF1ab/nsp2262G262GggTggA260.111111
ORF1ab/nsp2262G262delGGT---66AY.250.000036
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt66AY.390.000148
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt66AY.50.000124
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt66AY.700.001251
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt66AY.750.000336
ORF1ab/nsp2262G262GggTggG36B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC26B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp2262G262GggTggA16B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt66B.1.4000.002574
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt66B.1.6210.000531
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt55AY.1090.003698
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt55AY.1170.000423
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt55AY.200.000194
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt55AY.200.000194
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt55AY.300.001979
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt55AY.580.004537
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt55AY.670.002321
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt55B.10.000046
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt55B.1.20.000044
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt55B.1.3490.003574
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt55B.150.087719
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt55P.1.170.000809
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt440.222222
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt44AY.200.000155
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt44AY.260.000113
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC44AY.260.000113
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt44AY.290.000063
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt44AY.390.000099
ORF1ab/nsp2262G262RGgtCgt44AY.40.000006
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp2262G262GggTggG34AY.430.000013
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC14AY.430.000004
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt44AY.460.000416
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt44AY.50.000083
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt44AY.840.00175
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt44AY.90.00027
ORF1ab/nsp2262G262VgGtgTt44AY.9.20.000147
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt44B.10.000037
ORF1ab/nsp2262G262delGGT---44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp2262G262RGgTAgG34B.1.2210.000213
ORF1ab/nsp2262G262RGgTAgA14B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt44B.1.36.10.004561
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp2262G262GggTggC44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp2262G262CGgtTgt44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt44P.10.000063
ORF1ab/nsp2262G262SGgtAgt44P.10.000063
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt44P.1.150.000929
ORF1ab/nsp2262G262DgGtgAt44Q.40.001819
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