CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 236

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2236C236CC416CsyntgCtgT144871448711511-1513
ORF1ab/nsp2236C236delC416deldelTGC---414111511-1513
ORF1ab/nsp2236C236FC416FnonsyntGctTc22180.8181821511-1513
ORF1ab/nsp2236C236FC416FnonsyntGCtTT2240.1818181511-1513
ORF1ab/nsp2236C236SC416SnonsyntGctCc21130.6190481511-1513
ORF1ab/nsp2236C236SC416SnonsynTgcAgc2160.2857141511-1513
ORF1ab/nsp2236C236SC416SnonsyntGCtCG2120.09523811511-1513
ORF1ab/nsp2236C236RC416RnonsynTgcCgc111111511-1513
ORF1ab/nsp2236C236GC416GnonsynTgCGgT840.51511-1513
ORF1ab/nsp2236C236GC416GnonsynTgCGgA820.251511-1513
ORF1ab/nsp2236C236GC416GnonsynTgcGgc820.251511-1513
ORF1ab/nsp2236C236VC416VnonsynTGCGTT740.5714291511-1513
ORF1ab/nsp2236C236VC416VnonsynTGCGTA720.2857141511-1513
ORF1ab/nsp2236C236VC416VnonsynTGCGTG710.1428571511-1513
ORF1ab/nsp2236C236YC416YnonsyntGctAc650.8333331511-1513
ORF1ab/nsp2236C236YC416YnonsyntGCtAT610.1666671511-1513
ORF1ab/nsp2236C236XC416XnonsyntgCtgA4411511-1513
ORF1ab/nsp2236C236WC416WnonsyntgCtgG3311511-1513
ORF1ab/nsp2236C236del1C416del1deltGct-c320.6666671511-1513
ORF1ab/nsp2236C236del1C416del1deltgCtg-310.3333331511-1513
ORF1ab/nsp2236C236LC416LnonsyntGCtTA2211511-1513

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1448714487All0.002771
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT60926092B.1.1770.080217
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT23752375B.1.1.70.002126
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT20932093B.1.177.820.999045
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT13651365B.1.177.870.99345
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT673673B.1.177.830.997037
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT211211AY.40.000328
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT143143B.1.177.840.953333
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT138138AY.1030.000857
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT125125B.10.001145
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT7979B.1.177.880.975309
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT7272B.1.617.20.000271
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT5555AY.430.000244
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT5555B.1.1600.001715
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT4949B.1.1.5190.001946
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT4646AY.420.001851
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---4141All0.000008
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT4141B.1.177.891
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3636B.1.2320.019344
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3535B.1.160.300.104167
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3434AY.250.000205
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3333B.1.177.100.028973
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3232AY.1000.001472
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3131B.1.20.000273
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3131B.1.2580.002063
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT3030AY.1020.000795
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT2929AY.5.40.008024
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT2727AY.50.000558
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT2525AY.440.000152
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc1822All0.000003
ORF1ab/nsp2236C236FtGCtTT422All0.000001
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT2222AY.30.000219
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc1321All0.000002
ORF1ab/nsp2236C236STgcAgc621All0.000001
ORF1ab/nsp2236C236StGCtCG221All0
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT2121AY.610.0022
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1919AY.920.005458
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1919B.1.177.690.02819
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1919B.1.2430.001322
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1818AY.1200.000669
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1616B.1.177.160.010631
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1515AY.200.000583
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1515B.1.10.000272
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1414R.10.00126
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1313AY.260.000368
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1212AY.390.000297
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc1111All0.000002
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1111AY.460.001145
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1010AY.1190.000353
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1010AY.290.000158
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT1010B.1.2210.00071
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT99B.1.177.330.014803
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT99P.10.000142
ORF1ab/nsp2236C236GTgCGgT48All0.000001
ORF1ab/nsp2236C236GTgcGgc28All0
ORF1ab/nsp2236C236GTgCGgA28All0
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp2236C236VTGCGTT47All0.000001
ORF1ab/nsp2236C236VTGCGTA27All0
ORF1ab/nsp2236C236VTGCGTG17All0
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT77AY.99.20.000645
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT77B.1.177.230.022654
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT77B.1.4270.000353
ORF1ab/nsp2236C236GTgCGgT460.222222
ORF1ab/nsp2236C236VTGCGTT460.222222
ORF1ab/nsp2236C236GTgCGgA260.111111
ORF1ab/nsp2236C236VTGCGTA260.111111
ORF1ab/nsp2236C236YtGctAc56All0.000001
ORF1ab/nsp2236C236YtGCtAT16All0
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT66AY.470.000187
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT66AY.570.003937
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT66B.1.258.170.000624
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT66B.1.3510.000178
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT66B.1.4290.000141
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT55AY.230.000349
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT55AY.98.10.000242
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT55B.1.1.2550.015152
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc35B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp2236C236STgcAgc25B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT440.222222
ORF1ab/nsp2236C236FtGCtTT440.222222
ORF1ab/nsp2236C236StGCtCG240.111111
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc240.111111
ORF1ab/nsp2236C236XtgCtgA44All0.000001
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44AY.1180.000251
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44AY.980.000316
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44B.1.1.390.002039
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44B.1.177.440.002076
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44B.1.177.60.003906
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44B.1.177.650.002661
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44B.1.360.000584
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44C.370.000464
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT44Q.10.000505
ORF1ab/nsp2236C236WtgCtgG33All0.000001
ORF1ab/nsp2236C236del1tGct-c23All0
ORF1ab/nsp2236C236del1tgCtg-13All0
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33AY.1100.000338
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33AY.3.10.000256
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33AY.820.004071
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33AY.830.005172
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B0.000383
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc33B.10.000027
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc23B.10.000018
ORF1ab/nsp2236C236STgcAgc13B.10.000009
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.1.2970.006711
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.1.5180.018987
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.177.170.002463
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.177.40.000633
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.177.630.008108
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.177.80.002257
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.177.810.000568
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.177.90.003995
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.2140.010989
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33B.1.5270.011111
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT33P.1.60.005837
ORF1ab/nsp2236C236LtGCtTA220.111111
ORF1ab/nsp2236C236WtgCtgG220.111111
ORF1ab/nsp2236C236XtgCtgA220.111111
ORF1ab/nsp2236C236LtGCtTA22All0
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22AY.1070.000932
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22AY.16.10.00094
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22AY.350.000466
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22AY.39.20.003082
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22AY.730.001331
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22AY.90.000135
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22AY.940.000885
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc22B.10.000018
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---22B.10.000018
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.1.500.001358
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2236C236STgcAgc12B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.2340.000264
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.3050.004301
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.36.390.004435
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2236C236YtGctAc11A.10.000282
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11A.10.000282
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11A.20.000662
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AE.80.000489
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AN.10.02
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2236C236YtGctAc11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp2236C236del1tgCtg-11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.300.000396
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.320.000532
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.370.000316
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2236C236STgcAgc11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2236C236YtGctAc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2236C236del1tGct-c11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.450.000122
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2236C236YtGctAc11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.560.001605
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.650.000533
ORF1ab/nsp2236C236GTgcGgc11AY.680.000274
ORF1ab/nsp2236C236VTGCGTG11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.870.000833
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.880.000884
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11AY.930.000273
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc11B0.000128
ORF1ab/nsp2236C236XtgCtgA11B.10.000009
ORF1ab/nsp2236C236WtgCtgG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.120.007463
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.2220.000204
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.2360.006897
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11B.1.1.2690.001353
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.3330.001076
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.1040.00369
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.160.320.004292
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.30.007634
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.310.011494
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.400.005155
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.430.001477
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.470.012987
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.177.510.004566
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.520.001757
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc11B.1.177.530.002392
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.177.720.00339
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc11B.1.2220.001692
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.2410.000812
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.2420.018868
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.258.190.007092
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.2600.003344
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.2980.002114
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2236C236YtGctAc11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.36.370.002778
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.466.10.007194
ORF1ab/nsp2236C236XtgCtgA11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp2236C236STgcAgc11B.1.4800.002488
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.4990.00105
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.5330.009615
ORF1ab/nsp2236C236del1tGct-c11B.1.5900.004545
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp2236C236RTgcCgc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2236C236StGctCc11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2236C236YtGCtAT11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11B.4.40.018868
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11C.140.004329
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11D.20.000075
ORF1ab/nsp2236C236FtGctTc11D.20.000075
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11N.60.007092
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11P.20.000187
ORF1ab/nsp2236C236CtgCtgT11P.30.001595
ORF1ab/nsp2236C236delTGC---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp2236C236GTgcGgc11Q.10.000126