CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | G400D | nonsyn | gGt | gAt | 2280 | 2280 | 1 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | G400C | nonsyn | Ggt | Tgt | 1838 | 1838 | 1 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | G400S | nonsyn | Ggt | Agt | 1833 | 1833 | 1 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | G400G | syn | ggT | ggC | 482 | 471 | 0.977178 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | G400G | syn | ggT | ggA | 482 | 6 | 0.0124481 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | G400G | syn | ggT | ggG | 482 | 5 | 0.0103734 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | G400V | nonsyn | gGt | gTt | 73 | 72 | 0.986301 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | G400V | nonsyn | gGT | gTC | 73 | 1 | 0.0136986 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | G400del | del | GGT | --- | 69 | 69 | 1 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220R | G400R | nonsyn | Ggt | Cgt | 7 | 7 | 1 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | G400A | nonsyn | gGt | gCt | 6 | 5 | 0.833333 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | G400A | nonsyn | gGT | gCC | 6 | 1 | 0.166667 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del1 | G400del1 | del | ggT | gg- | 3 | 2 | 0.666667 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del1 | G400del1 | del | Ggt | -gt | 3 | 1 | 0.333333 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220L | G400L | nonsyn | GGT | TTG | 1 | 1 | 1 | 1463-1465 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220I | G400I | nonsyn | GGt | ATt | 1 | 1 | 1 | 1463-1465 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2280 | 2280 | All | 0.000436 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1838 | 1838 | All | 0.000352 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1833 | 1833 | All | 0.000351 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1645 | 1645 | B.1.351.5 | 0.986211 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1252 | 1252 | B.1.258 | 0.083317 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 741 | 741 | B.1.361 | 0.954897 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 591 | 591 | B.1.258.3 | 0.98995 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 471 | 482 | All | 0.00009 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggA | 6 | 482 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggG | 5 | 482 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 254 | 255 | B.1.617.2 | 0.000956 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggG | 1 | 255 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 221 | 221 | B.1.258.2 | 0.995495 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 204 | 204 | AY.103 | 0.001267 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 94 | 94 | B.1.1.7 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 91 | 91 | AY.4 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 81 | 81 | B.1 | 0.000742 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 74 | 74 | B.1.351 | 0.0022 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 72 | 73 | All | 0.000014 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGT | gTC | 1 | 73 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 69 | 69 | All | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 60 | 60 | B.1.258.24 | 0.645161 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 55 | 55 | B.1.2 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 53 | 53 | B.1.1 | 0.000961 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 47 | 47 | B.1.617.2 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 40 | 42 | B.1.1.7 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggG | 2 | 42 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 38 | 38 | AY.20 | 0.001477 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 35 | 35 | B.1.2 | 0.000308 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 35 | 35 | B.1.330 | 1 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 33 | 33 | B.1 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 24 | 24 | AY.4 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 24 | 24 | G.1 | 1 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 23 | 23 | A.2.5 | 0.011477 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 23 | 23 | AY.121 | 0.003112 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 21 | 21 | B.1.177.81 | 0.003976 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 19 | 19 | B.1.258 | 0.001264 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 18 | 18 | AY.84 | 0.007874 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 18 | 18 | B.1 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 18 | 18 | P.1 | 0.000284 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 15 | 15 | AY.25 | 0.00009 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 15 | 15 | B.1.1.7 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 15 | 15 | B.1.1.7 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 15 | 15 | B.1.429 | 0.000353 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 15 | 15 | B.1.596 | 0.001307 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | AY.25 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 14 | 14 | AY.3 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 14 | 14 | AY.4 | 0.000022 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 14 | 14 | B.1.617.1 | 0.001806 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 13 | 13 | AY.25 | 0.000078 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 13 | 13 | B.1.1.7 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 12 | 12 | AY.43 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 12 | 12 | AY.75 | 0.000672 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 12 | 12 | B.1.429 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 12 | 12 | P.1 | 0.000189 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 11 | 11 | AY.100 | 0.000506 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 11 | 11 | B.1.177.86 | 0.002018 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 10 | 10 | AY.30 | 0.003957 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 10 | 10 | B.1.258.14 | 0.009804 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 9 | 9 | AY.4.2 | 0.000195 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 9 | 9 | AY.43 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | B.1.1.7 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 8 | 8 | AY.4 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220R | Ggt | Cgt | 7 | 7 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 7 | 7 | B.1.177 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 7 | 7 | B.1.177 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | gGt | gCt | 5 | 6 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | gGT | gCC | 1 | 6 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 6 | 6 | AY.121 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.44 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 6 | 6 | AY.5.4 | 0.00166 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.98.1 | 0.000291 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 6 | 6 | B.1.160 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 6 | 6 | B.1.595 | 0.001566 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 6 | 6 | B.1.617.2 | 0.000023 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 5 | 5 | A.21 | 0.01385 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220R | Ggt | Cgt | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.47 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 5 | 5 | B.1.177.17 | 0.004105 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.221 | 0.000355 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.568 | 0.005556 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.580 | 0.020325 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 5 | 5 | D.2 | 0.000375 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 4 | 4 | 0.222222 | |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.117 | 0.000338 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.3 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 4 | 4 | AY.47 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1.1.214 | 0.000222 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.1.33 | 0.001684 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1.1.461 | 0.048193 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 4 | 4 | B.1.2 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 4 | 4 | B.1.221 | 0.000284 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.258 | 0.000266 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 4 | 4 | P.1.7 | 0.001277 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del1 | ggT | gg- | 2 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del1 | Ggt | -gt | 1 | 3 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.114 | 0.000693 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.39 | 0.000074 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.39.1 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.48 | 0.001395 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.1.348 | 0.002389 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.177.77 | 0.002179 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.351.2 | 0.000908 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.438.1 | 0.000322 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 3 | 3 | P.1.17 | 0.000485 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.111 | 0.000366 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.45 | 0.000243 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.9.2 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.1 | 0.000653 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.243 | 0.008163 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.1.284 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.317 | 0.000823 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.318 | 0.000604 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.1.326 | 0.003521 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.63 | 0.000772 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | gGt | gCt | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | gGT | gCC | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.161 | 0.034483 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggG | 2 | 2 | B.1.177.21 | 0.000153 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del1 | ggT | gg- | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.250 | 0.028986 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.258.11 | 0.000793 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.351.5 | 0.001199 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 2 | 2 | B.1.36.19 | 0.018519 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.448 | 0.005249 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.575.1 | 0.004878 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.40 | 0.000729 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | gGt | gCt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 2 | 2 | N.6 | 0.014184 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220I | GGt | ATt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220L | GGT | TTG | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.120.2 | 0.001285 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggA | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggA | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.57 | 0.000656 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.118 | 0.010204 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.153 | 0.001095 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.294 | 0.001266 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.315 | 0.008475 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.316 | 0.000925 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.389 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.115 | 0.021739 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.140 | 0.018868 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.165 | 0.011905 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.75 | 0.001041 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220I | GGt | ATt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220L | GGT | TTG | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.232 | 0.000537 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.242 | 0.018868 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.258.12 | 0.007874 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.258.22 | 0.002667 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.258.7 | 0.001912 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.265 | 0.001271 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.265 | 0.001271 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.279 | 0.000514 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.336 | 0.002439 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.404 | 0.001302 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.417 | 0.028571 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.432 | 0.011236 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.503 | 0.002488 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.595.3 | 0.026316 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220V | gGT | gTC | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.638 | 0.052632 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.78 | 0.008547 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggA | 1 | 1 | C.14 | 0.004329 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220G | ggT | ggA | 1 | 1 | C.39 | 0.018868 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.1.2 | 0.001156 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.3 | 0.001595 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220del | GGT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220D | gGt | gAt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp2 | 220 | G220S | Ggt | Agt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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