CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 205

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	205	A205A	A385A	syn	gcC	gcT	10235	10136	0.990327	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205A	A385A	syn	gcC	gcA	10235	97	0.00947728	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205A	A385A	syn	gcC	gcG	10235	2	0.000195408	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205V	A385V	nonsyn	gCc	gTc	3442	3434	0.997676	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205V	A385V	nonsyn	gCC	gTT	3442	8	0.00232423	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205T	A385T	nonsyn	Gcc	Acc	450	450	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205del	A385del	del	GCC	---	73	73	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205S	A385S	nonsyn	Gcc	Tcc	55	55	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205G	A385G	nonsyn	gCc	gGc	20	20	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205D	A385D	nonsyn	gCc	gAc	11	11	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205P	A385P	nonsyn	Gcc	Ccc	6	6	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205del1	A385del1	del	gCc	g-c	3	2	0.666667	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205del1	A385del1	del	GCc	-Ac	3	1	0.333333	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205Y	A385Y	nonsyn	GCc	TAc	1	1	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205N	A385N	nonsyn	GCc	AAc	1	1	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205C	A385C	nonsyn	GCc	TGc	1	1	1	1418-1420
ORF1ab/nsp2	205	A205del2	A385del2	del	GCc	--c	1	1	1	1418-1420

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	10136	10235	All	0.001939
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	97	10235	All	0.000019
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcG	2	10235	All	0
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3434	3442	All	0.000657
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	8	3442	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2839	2843	B.1.617.2	0.01069
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	4	2843	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1331	1342	B.1.1.7	0.001192
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	10	1342	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcG	1	1342	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	833	837	AY.4	0.001297
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	4	837	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	818	818	B.1.1.279	0.91704
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	802	804	AY.102	0.021264
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	2	804	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	450	450	All	0.000086
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	434	435	P.1	0.006837
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	435	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	395	400	AY.4	0.000615
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	5	400	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	369	372	AY.43	0.001635
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	3	372	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	365	365	B.1.1.83	0.98916
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	365	365	B.1.628	0.128612
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	314	314	R.1	0.028263
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	237	237	AY.25	0.001426
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	177	178	AY.39	0.004374
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	178	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	178	178	B.1.1.7	0.000159
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	169	169	P.1.14	0.008078
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	165	165	AY.33	0.011018
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	151	151	AY.16	0.057327
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	142	142	AY.44	0.000864
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	119	130	B.1.2	0.001048
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	11	130	B.1.2	0.000097
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	118	118	B.1.595	0.030793
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	113	113	B.1.429	0.002659
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	109	109	AY.3	0.001084
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	94	95	B.1	0.000861
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	95	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	86	94	AY.103	0.000534
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	8	94	AY.103	0.00005
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	92	92	AY.44	0.00056
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	86	86	R.1	0.007741
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	75	75	AY.4.2	0.001627
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	75	75	B.1.221	0.005327
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	73	73	All	0.000014
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	71	71	B.1.1	0.001288
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	67	67	AY.44	0.000408
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	66	66	AY.14	0.005809
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	65	65	AY.25	0.000391
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	63	63	B.1.612	0.167109
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	61	61	B.1.1.7	0.000055
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	58	58	AY.117	0.004902
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	54	56	AY.23	0.003766
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	2	56	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	55	55	All	0.000011
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	53	53	AY.34.1	0.027027
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	50	52	B.1.351	0.001486
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	2	52	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	49	51	AY.119	0.00173
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	2	51	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	45	46	AY.3	0.000448
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	46	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	45	46	B.1.427	0.002272
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	46	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	45	45	A.21	0.124654
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	44	44	AY.121	0.005954
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	44	44	AY.46.6	0.003177
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	44	44	B.1.617.2	0.000166
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	43	43	P.1	0.000677
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	42	42	AY.4.2	0.000911
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	40	40	B.1.1.1	0.013068
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	39	39	B.1.617.2	0.000147
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	35	35	B.1.1.25	0.019898
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	33	34	AY.103	0.000205
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	1	34	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	34	34	AY.59	0.018008
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	33	34	B.1.2	0.000291
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	1	34	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	33	33	B.1	0.000302
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	33	33	B.1.369	0.009412
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	32	32	B.1.177	0.000421
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	30	30	AY.120	0.001115
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	26	26	AY.47	0.000809
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	25	26	B.1.1	0.000454
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	26	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	26	26	P.1.15	0.006041
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	23	23	B.1.351	0.000684
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	22	22	B.1.1.7	0.00002
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	21	21	AY.46	0.002186
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	17	21	AY.5	0.000351
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	4	21	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp2	205	A205G	gCc	gGc	20	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	20	20	AY.4	0.000031
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	20	20	B.1.177	0.000263
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	19	19	AY.36	0.002816
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	18	18	AY.3	0.000179
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	17	18	AY.42	0.000684
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcG	1	18	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	205	A205G	gCc	gGc	18	18	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	18	18	B.1.470	0.025281
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	17	17	AD.2	0.003722
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	17	17	AY.20	0.000661
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	17	17	AY.4	0.000026
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	17	17	AY.45	0.002069
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	17	17	AY.73	0.011311
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	17	17	C.37	0.001973
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	16	16	AY.98	0.001264
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	16	16	B.1.1.37	0.003086
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	16	16	B.1.402	0.156863
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	16	16	B.1.526	0.000376
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	15	15	AY.116	0.004302
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	15	15	AY.43	0.000066
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	15	15	AY.77	0.016911
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	15	15	AY.9.2	0.000551
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	15	15	B.1.177.52	0.026362
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	15	15	B.1.582	0.00736
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	15	15	B.1.621	0.001328
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	14	14	AY.100	0.000644
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	14	14	AY.102	0.000371
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	14	14	AY.13	0.002254
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	14	14	AY.29	0.000221
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	14	14	B.1.258.17	0.001456
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	14	14	B.1.36.18	0.005882
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	14	14	B.1.400	0.006006
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	13	13	B.1.177.79	0.030445
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	13	13	B.1.429	0.000306
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	12	12	AY.111	0.002198
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	12	12	AY.26	0.00034
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	12	12	B.1.1.258	0.039088
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	12	12	B.1.177.81	0.002272
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	12	12	B.1.234	0.001583
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	12	12	B.1.351	0.000357
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	12	12	B.1.36.25	0.02649
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	12	12	P.1.14	0.000574
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	11	11	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	11	11	AY.120.1	0.003531
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	11	11	B.1.1.222	0.002244
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	11	11	B.1.36.18	0.004622
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	11	11	N.5	0.019435
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	10	10	AY.5	0.000206
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	10	10	B.1	0.000092
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	9	9	AY.119	0.000318
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	9	9	B.1.1.306	0.003946
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	9	9	B.1.177.4	0.0019
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	9	9	B.1.617.1	0.001161
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	8	8	AY.118	0.000501
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	8	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	3	8	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	8	8	AY.3	0.00008
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	8	8	AY.4	0.000012
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	8	8	AY.46.6	0.000578
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	8	8	AY.5.3	0.002699
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	8	8	AY.69	0.001493
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	8	8	AY.84	0.0035
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	8	8	B.1.1.241	0.016563
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	8	B.1.160	0.000218
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	8	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	8	B.1.36.1	0.007982
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	8	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	7	7	A.2.5.2	0.011006
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	AY.109	0.005178
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	7	7	AY.117	0.000592
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	AY.29.1	0.001544
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	AY.34	0.000679
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	AY.4.5	0.000752
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	7	7	AY.42	0.000282
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	AY.6	0.000288
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	7	AY.75	0.000336
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	7	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	B.1.1.318	0.002112
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	B.1.525	0.000792
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	B.1.596	0.00061
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	C.35	0.005418
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	7	7	Q.8	0.001154
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	6		0.222222
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	2	6		0.111111
ORF1ab/nsp2	205	A205P	Gcc	Ccc	6	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	AY.46.4	0.000987
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	AY.5.3	0.002024
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	AY.53	0.001725
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	B.1.1.277	0.004552
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	B.1.1.294	0.007595
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	B.1.1.33	0.002525
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	B.1.243	0.000418
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	B.1.466.2	0.002347
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	B.1.541	0.026549
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	6	6	C.37	0.000696
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	6	6	P.2	0.00112
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	A.2	0.003309
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	AD.2	0.001095
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	5	5	AY.103	0.000031
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	AY.46.1	0.005133
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	AY.53	0.001438
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	AY.96	0.010373
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	B	0.000639
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	B.1.1.337	0.017986
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	B.1.1.50	0.003394
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	5	5	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	5	5	B.1.239	0.006105
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	B.1.241	0.004058
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	B.1.516	0.009785
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	5	5	P.1.12	0.00242
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	AY.110	0.000451
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	4	AY.39.1	0.000119
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	4	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	AY.46.2	0.002541
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	AY.68	0.001095
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	AY.7.1	0.000451
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	AY.99.2	0.000369
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	B.1.1.141	0.008048
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	B.1.1.222	0.000816
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	B.1.1.377	0.005525
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	4	4	B.1.236	0.008214
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	B.1.338	0.034483
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	4	4	B.1.36.29	0.002069
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	4	4	P.3	0.00638
ORF1ab/nsp2	205	A205del1	gCc	g-c	2	3	All	0
ORF1ab/nsp2	205	A205del1	GCc	-Ac	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	AP.1	0.004505
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.1	0.001187
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.113	0.000427
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.24	0.001293
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	AY.27	0.000194
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.41	0.000882
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.67	0.001393
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.75.1	0.000541
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.87	0.002498
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	AY.9.2	0.00011
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.92	0.000862
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	AY.93	0.000819
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.434	0.001046
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.1.521	0.016043
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	3	3	B.1.177.23	0.009709
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.177.33	0.004934
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.177.53	0.007177
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.177.6	0.00293
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	B.1.177.7	0.000495
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	3	B.1.177.73	0.001133
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	3	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.177.88	0.037037
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.298	0.006342
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.311	0.000824
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	B.1.361	0.003866
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.399	0.005803
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.416	0.003807
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	3	3	B.1.427	0.000151
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.597	0.013889
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.1.599	0.010949
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	3	B.1.637	0.000146
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	3	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	B.40	0.001093
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	C.32	0.069767
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	3	3	P.1.7	0.000958
ORF1ab/nsp2	205	A205del1	gCc	g-c	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AE.1	0.022727
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp2	205	A205P	Gcc	Ccc	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.108	0.002205
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.40	0.001929
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.48	0.00093
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.49	0.00639
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.50	0.001599
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.62	0.000871
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.7.1	0.000225
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.70	0.000417
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.78	0.003082
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.91	0.001461
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.135	0.00939
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.163	0.015267
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	2	2	B.1.1.189	0.003026
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	2	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	2	B.1.1.207	0.001182
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.298	0.001724
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	2	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	2	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.316	0.00185
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.326	0.003521
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.337	0.007194
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.369	0.000892
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	2	2	B.1.1.432	0.002532
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.1.517	0.013605
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.206	0.001631
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.378	0.013699
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.389	0.002004
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.404	0.002604
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.428	0.002041
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.443	0.009346
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.565	0.001621
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.1.620	0.001892
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.6	0.00182
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	B.6.6	0.001778
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	2	2	Q.4	0.00091
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AA.7	0.009174
ORF1ab/nsp2	205	A205C	GCc	TGc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	205	A205del2	GCc	--c	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	205	A205Y	GCc	TAc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	205	A205N	GCc	AAc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp2	205	A205Y	GCc	TAc	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCC	gTT	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	205	A205P	Gcc	Ccc	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	205	A205C	GCc	TGc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	205	A205del1	GCc	-Ac	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp2	205	A205G	gCc	gGc	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp2	205	A205P	Gcc	Ccc	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.82	0.001357
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	AY.89	0.004902
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	205	A205G	gCc	gGc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.169	0.018182
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.1.240	0.004695
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.413	0.006897
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.1.429	0.004608
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	B.1.1.482	0.023256
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp2	205	A205del2	GCc	--c	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	205	A205N	GCc	AAc	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.118	0.006711
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.128	0.000635
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.147	0.000756
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.24	0.001295
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.5	0.001242
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	205	A205P	Gcc	Ccc	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.242	0.018868
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.245	0.03125
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.301	0.005917
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.330	0.028571
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.340	0.004292
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.411	0.003704
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.413	0.004255
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	B.1.473	0.019231
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.509	0.000866
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.524	0.001406
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp2	205	A205D	gCc	gAc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.530	0.007143
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.557	0.05
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.633	0.041667
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.1.634	0.003425
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.31	0.003731
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	B.4.7	0.010101
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	1	B.6.3	0.026316
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	C.1	0.002392
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	C.16	0.00106
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	C.23	0.005814
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	C.8	0.004464
ORF1ab/nsp2	205	A205S	Gcc	Tcc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	205	A205P	Gcc	Ccc	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	N.6	0.007092
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	P.1.11	0.010204
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	P.1.13	0.000898
ORF1ab/nsp2	205	A205T	Gcc	Acc	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcA	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp2	205	A205A	gcC	gcT	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp2	205	A205V	gCc	gTc	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp2	205	A205del	GCC	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.