CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 177

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2177C177SC357SnonsyntGttCt7064910.6954671334-1336
ORF1ab/nsp2177C177SC357SnonsynTgtAgt7062130.30171334-1336
ORF1ab/nsp2177C177SC357SnonsyntGTtCA70620.002832861334-1336
ORF1ab/nsp2177C177CC357CsyntgTtgC18818811334-1336
ORF1ab/nsp2177C177delC357deldelTGT---565611334-1336
ORF1ab/nsp2177C177FC357FnonsyntGttTt191911334-1336
ORF1ab/nsp2177C177YC357YnonsyntGttAt9911334-1336
ORF1ab/nsp2177C177RC357RnonsynTgtCgt7711334-1336
ORF1ab/nsp2177C177WC357WnonsyntgTtgG7711334-1336
ORF1ab/nsp2177C177del1C357del1delTGT-NN430.751334-1336
ORF1ab/nsp2177C177del1C357del1deltgTtg-410.251334-1336
ORF1ab/nsp2177C177TC357TnonsynTGtACt3311334-1336
ORF1ab/nsp2177C177del2C357del2delTGT--A320.6666671334-1336
ORF1ab/nsp2177C177del2C357del2delTGt--t310.3333331334-1336
ORF1ab/nsp2177C177HC357HnonsynTGtCAt2211334-1336
ORF1ab/nsp2177C177GC357GnonsynTgtGgt2211334-1336
ORF1ab/nsp2177C177NC357NnonsynTGtAAt1111334-1336
ORF1ab/nsp2177C177LC357LnonsynTGtCTt1111334-1336
ORF1ab/nsp2177C177AC357AnonsynTGTGCA1111334-1336
ORF1ab/nsp2177C177XC357XnonsyntgTtgA1111334-1336

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt491706All0.000094
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt213706All0.000041
ORF1ab/nsp2177C177StGTtCA2706All0
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt424429AY.1030.002633
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt4429AY.1030.000025
ORF1ab/nsp2177C177StGTtCA1429AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC188188All0.000036
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC7777B.1.1.70.000069
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---5656All0.000011
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt2935AY.40.000045
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt635AY.40.000009
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt1734B.1.617.20.000064
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt1734B.1.617.20.000064
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC2727AY.40.000042
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt2022B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt222B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC2020B.1.1.4200.020121
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt1919All0.000004
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt1616B.10.000147
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt1515AY.440.000091
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC1111B.1.20.000097
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt99All0.000002
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt89B.1.20.00007
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt19B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC99B.1.4861
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt89B.1.4970.002518
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt19B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC88AY.430.000035
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt88B.1.10.000145
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp2177C177RTgtCgt77All0.000001
ORF1ab/nsp2177C177WtgTtgG77All0.000001
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt77AY.1000.000322
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt56AY.250.00003
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt16AY.250.000006
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt66AY.690.00112
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---55AY.250.00003
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---55B.1.1.330.002104
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt55B.1.2810.108696
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt55B.1.4160.006345
ORF1ab/nsp2177C177del1TGT-NN34All0.000001
ORF1ab/nsp2177C177del1tgTtg-14All0
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt44AY.260.000113
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt44AY.30.00004
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---44B.10.000037
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt44B.1.5760.003626
ORF1ab/nsp2177C177TTGtACt33All0.000001
ORF1ab/nsp2177C177del2TGT--A23All0
ORF1ab/nsp2177C177del2TGt--t13All0
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt23AY.1190.000071
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt13AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC33AY.200.000117
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC33AY.440.000018
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp2177C177del1TGT-NN23B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2177C177del1tgTtg-13B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt33B.1.360.000438
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt33B.1.619.10.001924
ORF1ab/nsp2177C177del2TGT--A220.111111
ORF1ab/nsp2177C177GTgtGgt22All0
ORF1ab/nsp2177C177HTGtCAt22All0
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt22AY.270.000129
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---22AY.350.000466
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC22AY.390.000049
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt12AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt12AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22AY.430.000009
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt12AY.50.000021
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt12AY.50.000021
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22AY.590.001059
ORF1ab/nsp2177C177RTgtCgt22B.10.000018
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.1.2200.003717
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2177C177WtgTtgG22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt12B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt12B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt22B.1.2350.005038
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.4800.004975
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp2177C177TTGtACt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt22Q.30.00029
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11A.10.000282
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11A.210.00277
ORF1ab/nsp2177C177XtgTtgA11All0
ORF1ab/nsp2177C177LTGtCTt11All0
ORF1ab/nsp2177C177ATGTGCA11All0
ORF1ab/nsp2177C177NTGtAAt11All0
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp2177C177StGTtCA11AY.20.000356
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2177C177GTgtGgt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2177C177ATGTGCA11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2177C177NTGtAAt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2177C177WtgTtgG11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2177C177RTgtCgt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2177C177HTGtCAt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2177C177XtgTtgA11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2177C177WtgTtgG11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11AY.780.001541
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11AY.910.00073
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt11B.10.000009
ORF1ab/nsp2177C177WtgTtgG11B.10.000009
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11B.10.000009
ORF1ab/nsp2177C177del2TGt--t11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp2177C177WtgTtgG11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp2177C177RTgtCgt11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.1.4860.001577
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2177C177TTGtACt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2177C177HTGtCAt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2177C177del1TGT-NN11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2177C177LTGtCTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2177C177WtgTtgG11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11B.1.2420.018868
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt11B.1.258.200.015873
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11B.1.36.280.005747
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11B.1.36.380.001642
ORF1ab/nsp2177C177YtGttAt11B.1.36.390.002217
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp2177C177RTgtCgt11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.4460.02
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.4590.004082
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.4680.005714
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.5300.007143
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11B.1.5440.006024
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.595.10.005848
ORF1ab/nsp2177C177RTgtCgt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp2177C177GTgtGgt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11C.360.000911
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11C.370.000116
ORF1ab/nsp2177C177RTgtCgt11D.20.000075
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11P.10.000016
ORF1ab/nsp2177C177FtGttTt11P.10.000016
ORF1ab/nsp2177C177StGttCt11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11P.1.160.000374
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp2177C177delTGT---11Q.20.000613
ORF1ab/nsp2177C177CtgTtgC11Q.80.000165
ORF1ab/nsp2177C177STgtAgt11R.10.00009