CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 174

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	174	A174V	A354V	nonsyn	gCc	gTc	1524	1501	0.984908	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174V	A354V	nonsyn	gCC	gTG	1524	20	0.0131234	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174V	A354V	nonsyn	gCC	gTT	1524	3	0.0019685	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174A	A354A	syn	gcC	gcT	1395	1338	0.95914	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174A	A354A	syn	gcC	gcA	1395	39	0.027957	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174A	A354A	syn	gcC	gcG	1395	18	0.0129032	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174S	A354S	nonsyn	Gcc	Tcc	270	255	0.944444	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174S	A354S	nonsyn	GcC	TcG	270	13	0.0481481	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174S	A354S	nonsyn	GCc	AGc	270	1	0.0037037	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174S	A354S	nonsyn	GcC	TcT	270	1	0.0037037	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174T	A354T	nonsyn	Gcc	Acc	139	137	0.985611	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174T	A354T	nonsyn	GcC	AcA	139	1	0.00719424	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174T	A354T	nonsyn	GcC	AcT	139	1	0.00719424	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174D	A354D	nonsyn	gCc	gAc	55	55	1	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174del	A354del	del	GCC	---	42	42	1	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174F	A354F	nonsyn	GCc	TTc	19	15	0.789474	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174F	A354F	nonsyn	GCC	TTT	19	4	0.210526	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174L	A354L	nonsyn	GCC	TTG	18	17	0.944444	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174L	A354L	nonsyn	GCc	CTc	18	1	0.0555556	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174G	A354G	nonsyn	gCc	gGc	14	10	0.714286	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174G	A354G	nonsyn	gCC	gGG	14	3	0.214286	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174G	A354G	nonsyn	gCC	gGT	14	1	0.0714286	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174C	A354C	nonsyn	GCc	TGc	5	3	0.6	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174C	A354C	nonsyn	GCC	TGT	5	2	0.4	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174W	A354W	nonsyn	GCC	TGG	4	4	1	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174P	A354P	nonsyn	Gcc	Ccc	3	3	1	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174I	A354I	nonsyn	GCc	ATc	3	2	0.666667	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174I	A354I	nonsyn	GCC	ATT	3	1	0.333333	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174del1	A354del1	del	Gcc	-cc	2	2	1	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174N	A354N	nonsyn	GCc	AAc	1	1	1	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174E	A354E	nonsyn	gCC	gAA	1	1	1	1325-1327
ORF1ab/nsp2	174	A174del2	A354del2	del	gCC	g--	1	1	1	1325-1327

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1501	1524	All	0.000287
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	20	1524	All	0.000004
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTT	3	1524	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1338	1395	All	0.000256
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	39	1395	All	0.000007
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	18	1395	All	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	905	905	AY.43	0.00401
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	255	270	All	0.000049
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	13	270	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcT	1	270	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GCc	AGc	1	270	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	263	266	B.1.1.7	0.000235
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	3	266	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	207	207	AY.4	0.000322
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	143	144	AY.44	0.00087
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	1	144	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	137	139	All	0.000026
ORF1ab/nsp2	174	A174T	GcC	AcA	1	139	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174T	GcC	AcT	1	139	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	137	137	B.1.617.2	0.000516
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	113	113	B.1.541	0.5
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	63	63	AY.43	0.000279
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	59	59	AY.4	0.000092
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	50	57	B.1.1.7	0.000045
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	4	57	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	3	57	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	55	55	All	0.000011
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	52	54	AY.103	0.000323
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	2	54	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	45	54	AY.25	0.000271
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	9	54	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	51	51	B.1.1.467	0.980769
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	48	50	AY.3	0.000477
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	1	50	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTT	1	50	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	46	49	B.1.1.7	0.000041
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	3	49	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	44	44	B.1.36	0.00642
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	42	42	All	0.000008
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	34	37	B.1	0.000311
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	3	37	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	30	33	AY.4	0.000047
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	3	33	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	28	33	B.1.617.2	0.000105
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	5	33	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	32	32	AY.39	0.000791
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	32	32	B.1.1.519	0.001271
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	14	24	AY.25	0.000084
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	7	24	AY.25	0.000042
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	3	24	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	24	24	AY.3	0.000239
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	22	22	B.1.36.17	0.01087
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	21	21	B.1.2	0.000185
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	20	20	AY.39.1	0.000792
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	19	20	P.1	0.000299
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	1	20	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	15	19	All	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCC	TTT	4	19	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	17	18	All	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCc	CTc	1	18	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	16	18	AY.103	0.000099
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	2	18	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	13	17	AY.103	0.000081
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	2	17	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	2	17	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	17	17	B.1.1	0.000308
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	10	16	AY.102	0.000265
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	6	16	AY.102	0.000159
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	16	16	B.1	0.000147
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	15	15	AY.99.2	0.001382
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	15	15	B.1.2	0.000132
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	15	15	B.1.617.2	0.000056
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCc	gGc	10	14	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCC	gGG	3	14	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCC	gGT	1	14	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	14	14	AY.4.1	0.010324
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	14	14	AY.51	0.012727
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	14	14	B.1.1.519	0.000556
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	10	12	AY.26	0.000283
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	2	12	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	11	11	AY.29	0.000174
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	11	11	AY.29	0.000174
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	11	11	AY.4	0.000017
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	8	10	AY.100	0.000368
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	1	10	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTT	1	10	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	10	10	B.1.1.207	0.01182
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	10	10	B.1.221	0.00071
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	10	10	B.1.429	0.000235
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	9	9	AY.102	0.000239
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	9	9	B.1.258	0.000599
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	8	8	AY.29	0.000126
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	8	8	B.1.221	0.000568
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	7	8	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	1	8	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	8	8	P.3	0.012759
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	4	7	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	3	7	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	4	7	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	2	7	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	1	7	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	7	7	B.1.1	0.000127
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCc	gGc	4	6	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCC	gGG	2	6	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	4	6	AY.26	0.000113
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTG	2	6	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	6	6	AY.33	0.000401
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	3	6	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	3	6	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	5	6	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GCc	AGc	1	6	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	6	6	B.1.396	0.004234
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	6	6	P.1.15	0.001394
ORF1ab/nsp2	174	A174C	GCc	TGc	3	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174C	GCC	TGT	2	5	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	5	5	AY.121	0.000677
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	AY.19	0.005701
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	3	5	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	2	5	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	5	5	AY.29	0.000079
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	5	5	AY.39	0.000124
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	AY.4.2	0.000108
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	AY.47	0.000156
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	5	5	AY.54	0.000477
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	AY.6	0.000206
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	B.1.1.218	0.038462
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	B.1.1.28	0.001556
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	5	5	C.37	0.00058
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	4	5	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	1	5	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	174	A174W	GCC	TGG	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	4	4	AY.27	0.000259
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	4	4	AY.75	0.000224
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	3	4	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCC	TTT	1	4	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	4	4	B.1.234	0.000528
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	4	4	B.1.409	0.003125
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	4	4	B.1.427	0.000202
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	4	4	B.1.560	0.018519
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	4	4	B.1.621	0.000354
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	3	3	A.1	0.000846
ORF1ab/nsp2	174	A174P	Gcc	Ccc	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174I	GCc	ATc	2	3	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174I	GCC	ATT	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCC	gGT	1	3	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCc	gGc	1	3	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCC	gGG	1	3	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	3	3	AY.113	0.000427
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	3	3	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	3	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	1	3	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	3	3	AY.35	0.000699
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCc	gGc	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	2	3	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	1	3	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	3	3	AY.46	0.000312
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	3	3	AY.68	0.000821
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	3	3	AY.98	0.000237
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	3	3	B.1.177.46	0.002755
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	3	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcG	1	3	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	A.23.1	0.001408
ORF1ab/nsp2	174	A174del1	Gcc	-cc	2	2	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp2	174	A174C	GCc	TGc	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174C	GCC	TGT	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCC	TTT	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	2	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	2	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.23	0.000139
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174C	GCc	TGc	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174W	GCC	TGG	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	2	2	AY.28	0.003781
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcT	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	174	A174S	GcC	TcG	1	2	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.54	0.000191
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.88	0.001768
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.91	0.001461
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.316	0.00185
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	B.1.164	0.029851
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.234	0.000264
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	B.1.351.2	0.000605
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	B.1.369	0.00057
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	2	2	B.1.551	0.002581
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp2	174	A174I	GCc	ATc	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCC	gTT	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	174	A174I	GCC	ATT	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	174	A174T	GcC	AcT	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	P.1.2	0.002312
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	174	A174P	Gcc	Ccc	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCc	CTc	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	174	A174del2	gCC	g--	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174N	GCc	AAc	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174E	gCC	gAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp2	174	A174W	GCC	TGG	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174I	GCc	ATc	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.24	0.000431
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCC	TTT	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp2	174	A174T	GcC	AcA	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.60	0.000938
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.72	0.001361
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.81	0.001992
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCC	TTT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174del2	gCC	g--	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCc	gGc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174P	Gcc	Ccc	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174del1	Gcc	-cc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.255	0.00303
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.1.349	0.010309
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF1ab/nsp2	174	A174W	GCC	TGG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174P	Gcc	Ccc	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174C	GCC	TGT	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.167	0.007812
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174del1	Gcc	-cc	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.214.3	0.007143
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.221.4	0.004167
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	B.1.242	0.018868
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	174	A174N	GCc	AAc	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcA	1	1	B.1.346	0.001311
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp2	174	A174G	gCc	gGc	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.420	0.010417
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.420	0.010417
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	174	A174E	gCC	gAA	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.469	0.00361
ORF1ab/nsp2	174	A174D	gCc	gAc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp2	174	A174T	Gcc	Acc	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	B.1.633	0.041667
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	B.28	0.003279
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp2	174	A174F	GCc	TTc	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	174	A174L	GCC	TTG	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	P.1.4	0.000977
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp2	174	A174V	gCc	gTc	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp2	174	A174del	GCC	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp2	174	A174S	Gcc	Tcc	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp2	174	A174A	gcC	gcT	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.