CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 172

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	172	E172D	E352D	nonsyn	gaA	gaC	3951	3931	0.994938	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172D	E352D	nonsyn	gaA	gaT	3951	20	0.00506201	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172K	E352K	nonsyn	Gaa	Aaa	383	378	0.986945	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172K	E352K	nonsyn	GaA	AaG	383	5	0.0130548	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172G	E352G	nonsyn	gAa	gGa	179	170	0.949721	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172G	E352G	nonsyn	gAA	gGG	179	6	0.0335196	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172G	E352G	nonsyn	gAA	gGT	179	3	0.0167598	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172X	E352X	nonsyn	Gaa	Taa	147	131	0.891156	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172X	E352X	nonsyn	GAa	TGa	147	11	0.0748299	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172X	E352X	nonsyn	GaA	TaG	147	5	0.0340136	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172E	E352E	syn	gaA	gaG	121	121	1	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172A	E352A	nonsyn	gAa	gCa	107	107	1	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172del	E352del	del	GAA	---	44	44	1	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172V	E352V	nonsyn	gAa	gTa	39	31	0.794872	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172V	E352V	nonsyn	gAA	gTT	39	4	0.102564	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172V	E352V	nonsyn	gAA	gTG	39	3	0.0769231	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172V	E352V	nonsyn	gAA	gTC	39	1	0.025641	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172L	E352L	nonsyn	GAa	TTa	27	16	0.592593	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172L	E352L	nonsyn	GAa	CTa	27	5	0.185185	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172L	E352L	nonsyn	GAA	TTG	27	3	0.111111	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172L	E352L	nonsyn	GAA	CTG	27	1	0.037037	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172L	E352L	nonsyn	GAA	CTT	27	1	0.037037	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172L	E352L	nonsyn	GAA	CTC	27	1	0.037037	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	E352Q	nonsyn	Gaa	Caa	22	21	0.954545	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	E352Q	nonsyn	GaA	CaG	22	1	0.0454545	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172R	E352R	nonsyn	GAa	AGa	17	11	0.647059	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172R	E352R	nonsyn	GAA	AGG	17	3	0.176471	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172R	E352R	nonsyn	GAa	CGa	17	2	0.117647	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172R	E352R	nonsyn	GAA	CGT	17	1	0.0588235	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172I	E352I	nonsyn	GAa	ATa	6	5	0.833333	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172I	E352I	nonsyn	GAA	ATT	6	1	0.166667	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	E352Y	nonsyn	GaA	TaT	5	4	0.8	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172S	E352S	nonsyn	GAa	TCa	5	4	0.8	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	E352del1	del	gAa	g-a	5	2	0.4	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	E352del1	del	Gaa	-aa	5	1	0.2	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	E352del1	del	gaA	ga-	5	1	0.2	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	E352del1	del	GaA	-aG	5	1	0.2	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172S	E352S	nonsyn	GAA	AGT	5	1	0.2	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	E352Y	nonsyn	GaA	TaC	5	1	0.2	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172T	E352T	nonsyn	GAa	ACa	4	4	1	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172C	E352C	nonsyn	GAA	TGT	4	3	0.75	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172F	E352F	nonsyn	GAA	TTT	4	3	0.75	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172F	E352F	nonsyn	GAA	TTC	4	1	0.25	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172C	E352C	nonsyn	GAA	TGC	4	1	0.25	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172H	E352H	nonsyn	GaA	CaT	2	1	0.5	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172H	E352H	nonsyn	GaA	CaC	2	1	0.5	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172P	E352P	nonsyn	GAa	CCa	1	1	1	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172M	E352M	nonsyn	GAA	ATG	1	1	1	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172N	E352N	nonsyn	GaA	AaT	1	1	1	1319-1321
ORF1ab/nsp2	172	E172W	E352W	nonsyn	GAA	TGG	1	1	1	1319-1321

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	3931	3951	All	0.000752
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	20	3951	All	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1889	1889	AY.4	0.00294
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1882	1882	B.1.1.176	0.826889
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	378	383	All	0.000072
ORF1ab/nsp2	172	E172K	GaA	AaG	5	383	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	170	179	All	0.000033
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGG	6	179	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGT	3	179	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	131	147	All	0.000025
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	11	147	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GaA	TaG	5	147	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	121	121	All	0.000023
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	107	107	All	0.00002
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	104	106	AY.25	0.000626
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGG	2	106	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	104	104	B.1.110	0.470588
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	49	49	B.1.1.7	0.000044
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	44	44	All	0.000008
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	41	43	B.1.1.7	0.000037
ORF1ab/nsp2	172	E172K	GaA	AaG	2	43	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	41	41	B.1.617.2	0.000154
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	31	39	All	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTT	4	39	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTG	3	39	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTC	1	39	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	38	38	B	0.004857
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	33	33	AY.4	0.000051
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	33	33	B.1.617.2	0.000124
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	30	30	AY.44	0.000183
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	30	30	B.1.1.7	0.000027
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	29	29	B.1.1.318	0.008751
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	16	27	All	0.000003
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	CTa	5	27	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	TTG	3	27	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	CTC	1	27	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	CTG	1	27	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	CTT	1	27	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	23	23	AY.4.5	0.002472
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	21	22	All	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	GaA	CaG	1	22	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	21	21	AY.46.6	0.001516
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	20	20	AY.4	0.000031
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	19	20	B.1.1	0.000345
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	20	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	18	18	AY.3	0.000179
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	11	17	All	0.000002
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAA	AGG	3	17	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	CGa	2	17	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAA	CGT	1	17	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	13	17	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	3	17	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GaA	TaG	1	17	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	14	14	AY.39	0.000346
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	12	13	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGT	1	13	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	12	12	AY.25	0.000072
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	12	12	B.1.210	0.025586
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	7	10	B.1.1	0.000127
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	2	10	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GaA	TaG	1	10	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	9	10	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGG	1	10	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	10	10	B.1.110.1	1
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	9	9	AY.35	0.002097
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	6	9	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	5	9	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	CTa	2	9	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTT	2	9	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	CTG	1	9	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	TTG	1	9	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTG	1	9	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	8	9	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp2	172	E172K	GaA	AaG	1	9	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	8	8	B.1.258	0.000532
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	7	7	AS.1	0.066667
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	CTa	3	7	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	2	7	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	CTT	1	7	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	CTC	1	7	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	7	7	B.1.177.21	0.000535
ORF1ab/nsp2	172	E172I	GAa	ATa	5	6	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172I	GAA	ATT	1	6	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	6	6	AY.46.6	0.000433
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	6	6	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	4	6	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	4	6	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTG	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGT	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTT	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGG	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	5	6	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	6	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	6	6	D.2	0.00045
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	GaA	TaT	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172S	GAa	TCa	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	gAa	g-a	2	5	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	GaA	-aG	1	5	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172S	GAA	AGT	1	5	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	gaA	ga-	1	5	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	Gaa	-aa	1	5	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	GaA	TaC	1	5	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	5	5	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	4	5	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	3	5	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	2	5	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	GaA	CaG	1	5	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	4	5	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	TTG	1	5	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	4	5	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	4	5	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	3	5	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	1	5	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTC	1	5	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTT	1	5	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGT	1	5	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	5	5	B.1.596	0.000436
ORF1ab/nsp2	172	E172T	GAa	ACa	4	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172F	GAA	TTT	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172C	GAA	TGT	3	4	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172C	GAA	TGC	1	4	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172F	GAA	TTC	1	4	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	3	4	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172K	GaA	AaG	1	4	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	4	4	AY.8	0.002424
ORF1ab/nsp2	172	E172S	GAa	TCa	3	4	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp2	172	E172S	GAA	AGT	1	4	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	2	3	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	172	E172K	GaA	AaG	1	3	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	2	3	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GaA	TaG	1	3	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	3	3	AY.46.1	0.00308
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAA	AGG	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	2	3	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	1	3	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	3	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAA	CGT	1	3	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	CGa	1	3	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	3	3	B.1.351.3	0.002629
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	3	3	B.1.524	0.004219
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	3	3	B.1.564	0.001278
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	3	3	C.37	0.000348
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp2	172	E172H	GaA	CaT	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172H	GaA	CaC	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGG	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	2	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	2	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	2	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAA	AGG	1	2	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	2	2	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAA	gGG	1	2	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	2	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	2	2	AY.58	0.001815
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp2	172	E172T	GAa	ACa	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172C	GAA	TGT	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172I	GAA	ATT	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172I	GAa	ATa	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172C	GAA	TGC	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	172	E172I	GAa	ATa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GaA	TaG	1	2	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	2	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.207	0.002364
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	1	2	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	2	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAA	AGG	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	2	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	GaA	TaT	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172F	GAA	TTC	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172H	GaA	CaT	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172F	GAA	TTT	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	GaA	TaC	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172H	GaA	CaC	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	2	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	1	2	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	1	2	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	2	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	2	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GAa	TGa	1	2	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAA	TTG	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	172	E172X	GaA	TaG	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAA	gTG	1	2	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	2	2	B.39	0.004662
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	2	2	P.1.1	0.000635
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	GaA	TaT	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	172	E172M	GAA	ATG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172P	GAa	CCa	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172W	GAA	TGG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172N	GaA	AaT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	AY.17	0.008197
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.39.1.1	0.000725
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	gAa	g-a	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	172	E172F	GAA	TTT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	GaA	TaT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172N	GaA	AaT	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172M	GAA	ATG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172W	GAA	TGG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172F	GAA	TTT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172C	GAA	TGT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172T	GAa	ACa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172Y	GaA	TaT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172S	GAa	TCa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.336	0.016667
ORF1ab/nsp2	172	E172I	GAa	ATa	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	GaA	-aG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	gAa	g-a	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.167	0.007812
ORF1ab/nsp2	172	E172T	GAa	ACa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172P	GAa	CCa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172C	GAA	TGT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172I	GAa	ATa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.210	0.002132
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	CGa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.223	0.002778
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	1	B.1.240.1	0.025
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	B.1.242	0.018868
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.252	0.006623
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	172	E172R	GAa	AGa	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.284	0.013158
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.284	0.013158
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	B.1.306	0.005714
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.332	0.003497
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaT	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	172	E172del1	gaA	ga-	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	172	E172E	gaA	gaG	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp2	172	E172G	gAa	gGa	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp2	172	E172A	gAa	gCa	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp2	172	E172Q	Gaa	Caa	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	K.1	0.02381
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	K.1	0.02381
ORF1ab/nsp2	172	E172L	GAa	TTa	1	1	K.1	0.02381
ORF1ab/nsp2	172	E172X	Gaa	Taa	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	172	E172K	Gaa	Aaa	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	172	E172V	gAa	gTa	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp2	172	E172D	gaA	gaC	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp2	172	E172del	GAA	---	1	1	Q.2	0.000613

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.