CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 120

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp2	120	I120F	I300F	nonsyn	Att	Ttt	20660	20659	0.999952	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120F	I300F	nonsyn	AtT	TtC	20660	1	0.0000484027	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120V	I300V	nonsyn	Att	Gtt	454	450	0.991189	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120V	I300V	nonsyn	AtT	GtG	454	2	0.00440529	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120V	I300V	nonsyn	AtT	GtC	454	2	0.00440529	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120I	I300I	syn	atT	atC	313	235	0.750799	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120I	I300I	syn	atT	atA	313	78	0.249201	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120L	I300L	nonsyn	Att	Ctt	208	207	0.995192	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120L	I300L	nonsyn	AtT	TtA	208	1	0.00480769	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120M	I300M	nonsyn	atT	atG	45	45	1	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120T	I300T	nonsyn	aTt	aCt	37	37	1	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120del	I300del	del	ATT	---	29	29	1	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120S	I300S	nonsyn	aTt	aGt	5	3	0.6	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120S	I300S	nonsyn	ATT	TCA	5	1	0.2	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120S	I300S	nonsyn	ATT	TCC	5	1	0.2	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120R	I300R	nonsyn	aTT	aGA	3	2	0.666667	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120R	I300R	nonsyn	aTT	aGG	3	1	0.333333	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120del1	I300del1	del	aTt	a-t	2	1	0.5	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120del1	I300del1	del	AtT	-tN	2	1	0.5	1163-1165
ORF1ab/nsp2	120	I120K	I300K	nonsyn	aTT	aAA	1	1	1	1163-1165

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	20659	20660	All	0.003951
ORF1ab/nsp2	120	I120F	AtT	TtC	1	20660	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	13320	13320	D.2	0.99955
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	4558	4558	AD.2	0.998029
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1749	1749	B.1.1.25	0.994315
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	450	454	All	0.000086
ORF1ab/nsp2	120	I120V	AtT	GtC	2	454	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120V	AtT	GtG	2	454	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	235	313	All	0.000045
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	78	313	All	0.000015
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	237	237	AD.1	0.975309
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	207	208	All	0.00004
ORF1ab/nsp2	120	I120L	AtT	TtA	1	208	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	201	201	D.5	1
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	184	184	AY.44	0.00112
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	169	169	D.3	1
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	126	126	B.1.628	0.044397
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	112	112	B.1	0.001026
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	110	110	B.1.1.315	0.932203
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	76	76	AY.25	0.000457
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	57	65	B.1.1.7	0.000051
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	8	65	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	57	57	AY.4	0.000089
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	55	55	B.1.1	0.000998
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	48	48	AY.3	0.000477
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	45	45	All	0.000009
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	37	37	All	0.000007
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	34	34	B.1	0.000311
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	29	29	All	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	27	29	AY.3	0.000269
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	2	29	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	26	26	AY.4	0.00004
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	26	26	B.1.1.7	0.000023
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	23	23	AY.44	0.00014
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	23	23	B.1.369	0.00656
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	22	22	AD.2.1	1
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	22	22	B.1.2	0.000194
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	20	20	B.1.596	0.001743
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	15	15	AY.22	0.031381
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	14	15	AY.44	0.000085
ORF1ab/nsp2	120	I120L	AtT	TtA	1	15	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	15	15	D.4	1
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	13	13	AY.4	0.00002
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	13	13	B.1.177.57	0.003653
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	12	13	B.1.617.2	0.000045
ORF1ab/nsp2	120	I120V	AtT	GtC	1	13	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	11	11	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	11	11	B.1.177.81	0.002083
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	10	10	B.1.1.7	0.000009
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	10	10	B.1.221	0.00071
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	9	9	AY.3.1	0.000767
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	9	9	AY.30	0.003562
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	9	9	AY.44	0.000055
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	8	8	AY.119	0.000282
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	8	8	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	7	8	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	1	8	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	6	6	AY.3	0.00006
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	5	6	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	1	6	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp2	120	I120S	aTt	aGt	3	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp2	120	I120S	ATT	TCC	1	5	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120S	ATT	TCA	1	5	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	4	4	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	3	4	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	1	4	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	4	4	AY.69	0.000747
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	4	4	P.1	0.000063
ORF1ab/nsp2	120	I120R	aTT	aGA	2	3	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120R	aTT	aGG	1	3	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	3	3	AY.109	0.002219
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	3	3	B	0.000383
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp2	120	I120V	AtT	GtG	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp2	120	I120del1	AtT	-tN	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120del1	aTt	a-t	1	2	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp2	120	I120S	ATT	TCA	1	2	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120S	ATT	TCC	1	2	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	1	2	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	2	2	B.1.177.16	0.001329
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	2	2	B.1.36.19	0.018519
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	2	2	B.1.9.4	0.01227
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	2	2	P.1.17.1	0.00175
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp2	120	I120K	aTT	aAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	AP.1	0.001502
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.17	0.008197
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atA	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp2	120	I120V	AtT	GtC	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120F	AtT	TtC	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp2	120	I120R	aTT	aGA	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp2	120	I120R	aTT	aGA	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	120	I120del1	aTt	a-t	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp2	120	I120S	aTt	aGt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	120	I120R	aTT	aGG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.253	0.002506
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp2	120	I120del1	AtT	-tN	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp2	120	I120S	aTt	aGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	120	I120K	aTT	aAA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.140	0.018868
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.181	0.019608
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	120	I120S	aTt	aGt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.324	0.001605
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.389	0.001002
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp2	120	I120del	ATT	---	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp2	120	I120F	Att	Ttt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	120	I120M	atT	atG	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp2	120	I120L	Att	Ctt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp2	120	I120V	Att	Gtt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp2	120	I120T	aTt	aCt	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp2	120	I120I	atT	atC	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.