CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 117

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2117M117VM297VnonsynAtgGtg10097100950.9998021154-1156
ORF1ab/nsp2117M117VM297VnonsynAtGGtT1009710.00009903931154-1156
ORF1ab/nsp2117M117VM297VnonsynAtGGtC1009710.00009903931154-1156
ORF1ab/nsp2117M117IM297InonsynatGatA10517580.7212181154-1156
ORF1ab/nsp2117M117IM297InonsynatGatT10512930.2787821154-1156
ORF1ab/nsp2117M117TM297TnonsynaTgaCg3073060.9967431154-1156
ORF1ab/nsp2117M117TM297TnonsynaTGaCA30710.003257331154-1156
ORF1ab/nsp2117M117KM297KnonsynaTgaAg11911911154-1156
ORF1ab/nsp2117M117RM297RnonsynaTgaGg797911154-1156
ORF1ab/nsp2117M117delM297deldelATG---363611154-1156
ORF1ab/nsp2117M117LM297LnonsynAtgTtg36310.8611111154-1156
ORF1ab/nsp2117M117LM297LnonsynAtgCtg3650.1388891154-1156
ORF1ab/nsp2117M117SM297SnonsynATGTCA2211154-1156
ORF1ab/nsp2117M117del2M297del2delaTGa--210.51154-1156
ORF1ab/nsp2117M117del2M297del2delATg--g210.51154-1156
ORF1ab/nsp2117M117del1M297del1delAtGWt-210.51154-1156
ORF1ab/nsp2117M117del1M297del1delatGat-210.51154-1156
ORF1ab/nsp2117M117NM297NnonsynaTGaAT1111154-1156
ORF1ab/nsp2117M117EM297EnonsynATgGAg1111154-1156
ORF1ab/nsp2117M117XM297XnonsynATgTAg1111154-1156

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1009510097All0.001931
ORF1ab/nsp2117M117VAtGGtT110097All0
ORF1ab/nsp2117M117VAtGGtC110097All0
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg93099309B.1.438.10.998498
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA7581051All0.000145
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT2931051All0.000056
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA559559AY.270.036179
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg306307All0.000059
ORF1ab/nsp2117M117TaTGaCA1307All0
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg150150B.1.4380.980392
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg134134N.50.236749
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg119119All0.000023
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg9494AY.40.000146
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg7979All0.000015
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA4477B.1.1.70.000039
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT3377B.1.1.70.00003
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT7777D.50.383085
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg6666AY.160.025057
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg6464B.10.000586
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg6262B.1.1.70.000056
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg5252B.1.438.21
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT4251AY.1030.000261
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA951AY.1030.000056
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg5151B.1.2210.003623
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA4747B.1.1770.000619
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg4747B.1.438.41
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg4545B.1.1.70.00004
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT3838B.1.1600.001185
ORF1ab/nsp2117M117delATG---3636All0.000007
ORF1ab/nsp2117M117LAtgTtg3136All0.000006
ORF1ab/nsp2117M117LAtgCtg536All0.000001
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg3030B.1.1770.000395
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg2929AY.410.008524
ORF1ab/nsp2117M117LAtgTtg2425B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp2117M117LAtgCtg125B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg2424B.1.617.20.00009
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA1122AY.40.000017
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT1122AY.40.000017
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg2020AY.430.000089
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg2020B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1818P.10.000284
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA1016AY.430.000044
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT616AY.430.000027
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA1414B.1.466.20.005477
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1313B.1.438.31
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1212AY.1030.000075
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg1212AY.50.000248
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT1212B.1.2790.006163
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg1111AY.40.000017
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1011AY.430.000044
ORF1ab/nsp2117M117VAtGGtC111AY.430.000004
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1111AY.440.000067
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA910AY.250.000054
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT110AY.250.000006
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1010B.1.20.000088
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg1010B.1.2430.000696
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA1010N.60.070922
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg99B.10.000082
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg99B.1.4290.000212
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg88AY.30.00008
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA88B.1.1.2340.096386
ORF1ab/nsp2117M117delATG---88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg88B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT88B.1.177.860.001468
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT88P.20.001493
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg77AY.1180.000439
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA77B.1.2580.000466
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT77B.1.258.170.000728
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT46B.10.000037
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA26B.10.000018
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg55AY.200.000194
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg55AY.290.000079
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg55AY.440.00003
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT55B.1.1.2910.003712
ORF1ab/nsp2117M117delATG---55B.1.1.330.002104
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg55B.1.2580.000333
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg55B.1.3110.001373
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg55B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA45B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT15B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2117M117delATG---440.222222
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg44AY.1080.00441
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg44AY.260.000113
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg44AY.260.000113
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg44AY.440.000024
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA34AY.440.000018
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT14AY.440.000006
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA44AY.60.000165
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT34B.1.10.000054
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA14B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2117M117delATG---44B.1.1.3480.003185
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg44B.1.2210.000284
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg44P.1.70.001277
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA23AY.230.000139
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT13AY.230.00007
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg33AY.250.000018
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg33AY.390.000074
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT33AY.610.000314
ORF1ab/nsp2117M117LAtgTtg33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg33B.1.1.630.001157
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg33B.1.1.700.001023
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg33B.1.2340.000396
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg33B.1.4680.017143
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg33B.1.5250.000339
ORF1ab/nsp2117M117delATG---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg33C.370.000348
ORF1ab/nsp2117M117SATGTCA22All0
ORF1ab/nsp2117M117del1atGat-12All0
ORF1ab/nsp2117M117del1AtGWt-12All0
ORF1ab/nsp2117M117del2ATg--g12All0
ORF1ab/nsp2117M117del2aTGa--12All0
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT22AY.320.001065
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22AY.340.000194
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22AY.4.40.000818
ORF1ab/nsp2117M117LAtgTtg22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg22AY.470.000062
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg22AY.610.00021
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22AY.710.00095
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22AY.750.000112
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT12AY.750.000056
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA12AY.750.000056
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22B0.000256
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg22B.10.000018
ORF1ab/nsp2117M117VAtGGtT12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22B.1.1.1410.004024
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22B.1.1600.000062
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22B.1.3670.001585
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp2117M117delATG---22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22B.1.575.10.004878
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT22N.50.003534
ORF1ab/nsp2117M117delATG---22N.60.014184
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg22P.10.000032
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg22P.10.000032
ORF1ab/nsp2117M117delATG---22P.20.000373
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11A0.000387
ORF1ab/nsp2117M117TaTGaCA11A0.000387
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11A.280.002646
ORF1ab/nsp2117M117NaTGaAT11All0
ORF1ab/nsp2117M117EATgGAg11All0
ORF1ab/nsp2117M117XATgTAg11All0
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2117M117LAtgCtg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.120.000316
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.200.000039
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11AY.240.000431
ORF1ab/nsp2117M117LAtgCtg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2117M117del1AtGWt-11AY.250.000006
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11AY.260.000028
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11AY.30.00001
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.340.000097
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.350.000233
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2117M117LAtgCtg11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2117M117delATG---11AY.390.000025
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp2117M117del2ATg--g11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2117M117LAtgTtg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11AY.40.000002
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2117M117LAtgCtg11AY.400.000964
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11AY.420.00004
ORF1ab/nsp2117M117delATG---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp2117M117XATgTAg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2117M117LAtgTtg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2117M117EATgGAg11AY.440.000006
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.460.000104
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11AY.470.000031
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11AY.50.000021
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.500.000799
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11AY.540.000095
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.570.000656
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.610.000105
ORF1ab/nsp2117M117delATG---11AY.620.000436
ORF1ab/nsp2117M117del1atGat-11AY.650.000533
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.750.000056
ORF1ab/nsp2117M117SATGTCA11AY.840.000437
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11AY.90.000068
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11AY.90.000068
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.90.000068
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2117M117SATGTCA11AY.990.001049
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.1.1940.00495
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11B.1.1.3350.012987
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.1.3650.005587
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.1.3670.055556
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11B.1.1.4320.001266
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.1.50.008333
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp2117M117del2aTGa--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.1040.00369
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11B.1.160.90.007194
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2117M117delATG---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11B.1.177.310.011494
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp2117M117delATG---11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.221.40.004167
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.2270.047619
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.4390.005917
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.5130.013889
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11B.1.6000.005848
ORF1ab/nsp2117M117NaTGaAT11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11B.1.6180.004032
ORF1ab/nsp2117M117KaTgaAg11B.1.6200.000946
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11B.310.003731
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11B.40.002208
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11B.450.003831
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11C.300.001727
ORF1ab/nsp2117M117delATG---11N.40.004255
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11P.10.000016
ORF1ab/nsp2117M117VAtgGtg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp2117M117TaTgaCg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp2117M117IatGatT11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp2117M117RaTgaGg11P.20.000187
ORF1ab/nsp2117M117IatGatA11Q.80.000165