CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp2 : CodonNum = 115 & Codon = Tgc

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp2115G115CG295CnonsynGgcTgc419141900.9997611148-1150

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc41904191All0.000801
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc796796AY.40.001239
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc569569B.1.1.70.000509
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc351351AY.430.001555
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc307307B.1.617.20.001156
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc236236AY.440.001436
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc131132P.10.002064
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc102102AY.290.001609
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc9292B.1.1.4340.032067
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc8484B.1.2580.00559
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc6464B.1.1770.000843
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc6363AY.90.004258
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc6060AY.1020.001591
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc5656AY.390.001384
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc5555AY.1200.002045
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc4949B.390.114219
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc4545B.1.20.000396
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc4242B.1.2430.002923
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc4040AY.1030.000248
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc4040B.10.000366
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc4040B.1.10.000726
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc3737AY.250.000223
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc3232R.10.00288
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2929AY.100.015368
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2828B.1.1.3160.025902
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2828B.1.3690.007986
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2727B.1.36.180.011345
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2525AY.39.10.00099
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2424B.1.5820.011776
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2323B.1.1.3320.71875
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2323B.1.258.170.002391
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2323B.1.5260.000541
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2222AY.1110.004029
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2222AY.540.002098
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2121AY.270.001359
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc2121B.1.4270.00106
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1919B.1.1.2220.003876
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1616B.1.1.500.010862
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1616B.1.360.002334
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1616B.1.4290.000376
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1515AY.30.000149
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1515B.1.362.11
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1414AY.230.000976
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1313W.40.017568
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1111AY.200.000428
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1111AY.4.20.000239
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1111B.1.1.5190.000437
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1010AY.420.000402
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1010AY.460.001041
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc1010B.1.1.580.053763
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc99AY.340.000873
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc99AY.50.000186
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc99AY.7.10.001014
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc88AY.260.000226
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc88AY.610.000838
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc88AY.750.000448
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc88P.1.70.002554
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc77A.20.004633
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc77AY.470.000218
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc77AY.710.003325
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc77B.1.1.280.002179
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc77B.1.1390.005132
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc77B.1.177.810.001325
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc66AY.29.10.001323
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc66B.1.1.4320.007595
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc66B.1.177.630.016216
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc66B.1.6370.000438
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc66P.1.140.000287
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc55AY.1170.000423
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc55AY.450.000608
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc55AY.670.002321
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc55B0.000639
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc55B.1.1.700.001705
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc44AY.140.000352
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc44Q.30.00058
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc44Q.80.00066
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.1050.001929
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.1080.003308
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.1210.000406
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.360.000445
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.640.001786
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.75.10.000541
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.9.10.000251
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AY.99.20.000276
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33AZ.20.002463
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33B.1.1.2140.000166
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33B.1.3500.008798
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33B.1.36.120.028846
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33B.1.36.290.001552
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33B.1.438.10.000322
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33C.370.000348
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22A.10.000564
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.120.000632
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.320.001065
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.34.10.00102
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.4.2.10.000298
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.580.001815
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.840.000875
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.870.001665
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.970.003401
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22AY.99.10.003106
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.1.1340.022727
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.1.710.012121
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.1990.008264
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.2350.005038
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.3490.00143
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.5770.001375
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.6090.000959
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22C.260.014706
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22C.320.046512
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc22P.1.160.000748
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11A0.000387
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11A.180.05
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AF.10.037037
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.130.000161
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.160.00038
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.240.000431
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.330.000067
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.380.000499
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.410.000294
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.520.000814
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.530.000288
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.590.00053
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.60.000041
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.600.000938
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.690.000187
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.700.000209
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.850.000427
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.9.2.10.001976
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.910.00073
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.950.000761
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11AY.980.000079
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.1860.003436
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.2070.001182
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.250.000569
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.330.000421
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.3510.002793
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.3550.015385
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.4060.006494
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.4490.022727
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1.5070.008696
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.1460.004237
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.160.250.011111
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.310.011494
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.500.004695
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.60.000977
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.2060.000816
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.2190.009434
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.2240.025
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.3130.006579
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.36.190.009259
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.3660.004878
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.3900.010638
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.3970.004854
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.4060.006061
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.4380.006536
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.4560.003268
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5230.002451
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5760.000907
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.5900.004545
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.6200.000946
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11B.310.003731
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11D.20.000075
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11L.30.003546
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11P.1.60.001946
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11P.20.000187
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11Q.10.000126
ORF1ab/nsp2115G115CGgcTgc11S.10.00495

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.