CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp16 : Mut = T93M

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1693T93MT6891MnonsynaCgaTg13671367120935-20937

Details of the mutation T93M within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg13671367All0.000261
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg340340B.1.617.10.043848
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg123123B.1.1.70.00011
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg120120AY.40.000187
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg114114B.1.1.2650.359621
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg5151B.10.000467
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg4343B.1.3510.001278
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg3232B.1.1.5190.001271
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg3131AY.420.001247
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg2929B.1.5650.023501
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg2828B.1.617.20.000105
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg2828P.20.005226
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg2626AY.440.000158
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg2323AY.4.20.000499
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg2121B.1.10.000381
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg2020B.1.4290.000471
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg1616AY.430.000071
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg1616AY.80.009697
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg1616B.1.1.3370.057554
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg1616B.1.1770.000211
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg1414B.1.1.2070.016548
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg1212AY.1030.000075
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg1010B.1.2210.00071
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg99AY.200.00035
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg99AY.250.000054
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg99AY.30.00009
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg88B.1.4090.00625
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg77AY.1200.00026
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg77B.1.5610.002779
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg77P.10.00011
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg66B.1.5260.000141
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg66R.10.00054
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg55AY.4.50.000537
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg55AY.660.005348
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg55B.1.2430.000348
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg55B.1.4270.000252
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg44AY.330.000267
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg44D.20.0003
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33AY.260.000085
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33AY.290.000047
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33AY.3.10.000256
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33B.1.5250.000339
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33B.1.5750.00091
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33B.1.5960.000261
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg33C.36.30.001702
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.10.000791
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.390.000049
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.450.000243
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.460.000208
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.50.000041
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.620.000871
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.940.000885
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22AY.980.000158
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.1.2240.028571
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.1.250.001137
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.1.3570.25
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.160.160.001859
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.177.520.003515
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.177.70.00033
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.2140.007326
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.2410.001623
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.36.160.002849
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.36.360.001204
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg110.055556
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.120.2.10.000498
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.230.00007
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.340.000097
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.470.000031
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.60.000041
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11AZ.50.003509
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B0.000128
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.100.001115
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.2410.00207
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.2580.003257
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.3220.008772
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.4640.001473
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.5160.066667
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.560.017857
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.1470.000756
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.177.40.000211
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.177.430.001477
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.177.600.000218
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.177.820.000477
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.2110.025
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.2390.001221
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.243.10.022222
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.3060.005714
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.3490.000715
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.351.20.000303
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.3890.001002
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.575.10.002439
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.5900.004545
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11B.400.000364
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11C.1.20.004255
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp1693T93MaCgaTg11Q.10.000126