CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | G6911C | nonsyn | Ggt | Tgt | 4023 | 4023 | 1 | 20995-20997 |
Details of the mutation G113C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4023 | 4023 | All | 0.000769 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1150 | 1150 | B.1.177.60 | 0.251201 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 486 | 486 | B.1.1.7 | 0.000435 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 410 | 410 | AY.43 | 0.001816 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 320 | 320 | AY.4 | 0.000498 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 185 | 185 | AY.54 | 0.017639 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 139 | 139 | B.1.617.2 | 0.000523 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 104 | 104 | U.2 | 0.912281 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 76 | 76 | U.1 | 0.974359 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 74 | 74 | B.1.177 | 0.000974 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 65 | 65 | B.1 | 0.000595 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 63 | 63 | B.1.177.79 | 0.147541 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 58 | 58 | AY.20 | 0.002254 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 55 | 55 | AY.44 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 44 | 44 | AY.102 | 0.001167 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 43 | 43 | B.1.1.519 | 0.001708 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 42 | 42 | B.1.1.432 | 0.053165 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 40 | 40 | B.1.397 | 0.194175 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 35 | 35 | AY.6 | 0.001439 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 31 | 31 | AY.98 | 0.002449 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 27 | 27 | B.1.1.50 | 0.01833 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 26 | 26 | B.1.1 | 0.000472 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 22 | 22 | AY.103 | 0.000137 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 22 | 22 | AY.25 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 16 | 16 | AY.3 | 0.000159 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 16 | 16 | AY.9 | 0.001082 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 15 | 15 | AY.39 | 0.000371 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 15 | 15 | AY.4.2 | 0.000325 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 15 | 15 | B.1.2 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | AY.29 | 0.000221 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | AY.33 | 0.000935 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | B.1.1.277 | 0.010622 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 13 | 13 | AY.98.1 | 0.00063 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 11 | 11 | C.36 | 0.010018 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 11 | 11 | P.1.15 | 0.002556 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 10 | 10 | AY.37 | 0.003161 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 10 | 10 | P.1 | 0.000158 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | AY.100 | 0.000414 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | AY.61 | 0.000943 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | B.1.240 | 0.00194 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | B.1.243 | 0.000626 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 9 | 9 | B.1.516 | 0.017613 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 8 | 8 | Q.8 | 0.001319 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | B.1.351 | 0.000208 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | B.1.517 | 0.002989 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | C.2 | 0.112903 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.12 | 0.001896 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.42 | 0.000241 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | AY.99.2 | 0.000553 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | B.1.311 | 0.001647 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.46.6 | 0.000361 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | AY.47 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B | 0.000639 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.160 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.258 | 0.000333 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.427 | 0.000252 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.429 | 0.000118 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1.595 | 0.001305 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | 0.222222 | |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.106 | 0.00134 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.118 | 0.000251 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.9.2 | 0.000147 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.1.189 | 0.006051 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.1.284 | 0.00043 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.177.21 | 0.000306 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | B.1.243.2 | 0.057971 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | P.1.14 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | P.2 | 0.000747 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.109 | 0.002219 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.120 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.14 | 0.000264 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.3.1 | 0.000256 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.45 | 0.000365 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.1.1 | 0.00098 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.1.289 | 0.00625 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.1.63 | 0.001157 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.234 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.343 | 0.0625 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.470 | 0.004213 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.564 | 0.001278 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | B.1.8 | 0.005917 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.214 | 0.000111 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.27 | 0.011299 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1.317 | 0.000823 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.177.17 | 0.001642 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.177.87 | 0.001456 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.214.2 | 0.001199 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | N.9 | 0.011905 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | A.3 | 0.002096 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AP.1 | 0.001502 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.11 | 0.001339 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.114 | 0.000231 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.31 | 0.018519 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.63 | 0.000387 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.90 | 0.000684 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.132 | 0.014925 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.219 | 0.005 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.269 | 0.001353 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.279 | 0.001121 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.389 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.391 | 0.008547 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.8 | 0.003584 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.99 | 0.02381 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.32 | 0.00135 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.177.58 | 0.001332 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.214.1 | 0.02 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.23 | 0.006061 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.36.9 | 0.003215 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.433 | 0.003195 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.480 | 0.002488 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | C.39 | 0.018868 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.1.9 | 0.004808 |
ORF1ab/nsp16 | 113 | G113C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.3 | 0.001595 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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