CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | D6977G | nonsyn | gAt | gGt | 14479 | 14479 | 1 | 21193-21195 |
Details of the mutation D179G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 14479 | 14479 | All | 0.002769 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 6132 | 6132 | B.1.1.7 | 0.00549 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 3054 | 3054 | B.1.617.2 | 0.0115 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2987 | 2987 | AY.102 | 0.079197 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 360 | 360 | AY.4 | 0.00056 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 276 | 276 | AY.39 | 0.00682 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 174 | 174 | AY.75 | 0.009748 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 151 | 151 | AY.43 | 0.000669 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 151 | 151 | AY.44 | 0.000919 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 149 | 149 | B.1.429 | 0.003506 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 121 | 121 | B.1.1.70 | 0.041269 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 56 | 56 | AY.46 | 0.005828 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 44 | 44 | B.1.1.418 | 1 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 42 | 42 | AY.117 | 0.00355 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 42 | 42 | B.1.177.82 | 0.020048 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 40 | 40 | AY.58 | 0.036298 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 39 | 39 | B.1.2 | 0.000343 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 38 | 38 | AY.33 | 0.002538 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 37 | 37 | AY.103 | 0.00023 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 34 | 34 | AY.45 | 0.004137 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 33 | 33 | AY.116 | 0.009464 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 24 | 24 | AY.118 | 0.001504 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 24 | 24 | AY.46.1 | 0.024641 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 23 | 23 | AY.120 | 0.000855 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 20 | 20 | AY.84 | 0.008749 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 20 | 20 | B.1.525 | 0.002263 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 18 | 18 | AY.75.1 | 0.003246 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 17 | 17 | AY.23 | 0.001186 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 17 | 17 | AY.5.3 | 0.005735 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 16 | 16 | AY.4.5 | 0.00172 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 15 | 15 | AY.29 | 0.000237 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 14 | 14 | AY.98 | 0.001106 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 14 | 14 | B.1 | 0.000128 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 14 | 14 | Q.1 | 0.001769 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 13 | 13 | AY.16 | 0.004935 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 13 | 13 | B.1.1 | 0.000236 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 12 | 12 | AY.110 | 0.001352 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 11 | 11 | AY.4.2 | 0.000239 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 10 | 10 | AY.46.4 | 0.001645 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 10 | 10 | B.1.177 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.46.6 | 0.00065 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.5.4 | 0.00249 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 8 | 8 | AY.25 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 8 | 8 | AY.34.1 | 0.00408 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.526 | 0.000188 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 8 | 8 | P.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.617.1 | 0.000903 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.119 | 0.000212 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.92 | 0.001724 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.121 | 0.000677 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.46.2 | 0.003177 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.5 | 0.000103 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 5 | 5 | B.1.36 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 5 | 5 | R.1 | 0.00045 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.111 | 0.000733 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.64 | 0.002381 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.99 | 0.004197 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.177.81 | 0.000757 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.427 | 0.000202 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.12 | 0.000948 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.32 | 0.001597 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.519 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AD.2 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.108 | 0.002205 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.21 | 0.003795 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.59 | 0.001059 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.78 | 0.003082 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.93 | 0.000546 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.214 | 0.000111 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.177.44 | 0.001038 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.241 | 0.001623 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.243 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.109 | 0.00074 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.114 | 0.000231 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.50 | 0.000799 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.51 | 0.000909 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.8 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.82 | 0.001357 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.86 | 0.00083 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.89 | 0.004902 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.90 | 0.000684 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.243 | 0.004082 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.263 | 0.001558 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.315 | 0.008475 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.398 | 0.003226 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.146 | 0.004237 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.35 | 0.000691 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.84 | 0.006667 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.7 | 0.004 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.377 | 0.004566 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.426 | 0.001009 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.578 | 0.017857 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp16 | 179 | D179G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.3 | 0.001595 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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