CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | S6831I | nonsyn | aGt | aTt | 1557 | 1554 | 0.998073 | 20755-20757 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1554 | 1557 | All | 0.000297 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 201 | 201 | B.1.621 | 0.017792 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 194 | 194 | B.1.617.2 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 149 | 149 | B.1.1.7 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 136 | 136 | AY.43 | 0.000603 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 130 | 130 | AY.102 | 0.003447 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 93 | 93 | AY.4 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 75 | 75 | B.1.398 | 0.223214 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 46 | 46 | AY.25 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 37 | 37 | B.1.1 | 0.000671 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 34 | 34 | B.1.177 | 0.000448 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 31 | 31 | B.1.526 | 0.000729 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 24 | 24 | B.1.177.81 | 0.004544 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 22 | 22 | AY.44 | 0.000134 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 15 | 15 | B.1 | 0.000137 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 14 | 14 | AY.39 | 0.000346 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 14 | 14 | B.1.214.3 | 0.1 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 13 | 13 | AY.26 | 0.000368 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 13 | 13 | AY.29 | 0.000205 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 13 | 13 | B.1.1.521 | 0.069519 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 12 | 12 | AY.103 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 12 | 12 | AY.99.2 | 0.001106 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 11 | 11 | AY.100 | 0.000506 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 10 | 10 | AY.4.2 | 0.000217 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 9 | 9 | AY.120 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 9 | 9 | AY.9.2 | 0.000331 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 9 | 9 | B.1.2 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 8 | 8 | AY.3 | 0.00008 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 7 | 7 | A.2.5 | 0.003493 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 7 | 7 | AY.20 | 0.000272 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 7 | 7 | AY.5 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 7 | 7 | AY.53 | 0.002013 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 7 | 7 | B.1.1.232 | 0.012704 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 7 | 7 | B.1.1.303 | 0.019337 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 6 | 6 | AY.14 | 0.000528 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 6 | 6 | AY.46 | 0.000624 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 6 | 6 | B.1.429 | 0.000141 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 6 | 6 | B.1.596 | 0.000523 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 5 | 5 | B.1.351 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 5 | 5 | P.1 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 4 | 4 | AY.46.5 | 0.000794 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 4 | 4 | AY.61 | 0.000419 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 4 | 4 | B.1.1.214 | 0.000222 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | A.23.1 | 0.002113 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.116 | 0.00086 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.46.4 | 0.000494 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.75 | 0.000168 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.1.10 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.1.519 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.160.16 | 0.002788 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.36 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.637 | 0.000219 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 3 | 3 | P.1.9 | 0.014423 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 2 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AD.2 | 0.000438 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.120.2 | 0.002571 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.45 | 0.000243 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.71 | 0.00095 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 2 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.99.1 | 0.003106 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.1.266 | 0.02439 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.1.298 | 0.001724 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.1.306 | 0.000877 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 2 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.544 | 0.012048 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.3.1 | 0.003317 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 2 | 2 | P.1.7 | 0.000639 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | A.29 | 0.005319 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.77 | 0.001127 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.181 | 0.004545 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.243 | 0.004082 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.263 | 0.001558 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.177.24 | 0.001295 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.177.45 | 0.000381 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.177.5 | 0.001242 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.177.50 | 0.004695 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.239 | 0.001221 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.40 | 0.019608 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.513 | 0.013889 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.638 | 0.052632 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | C.26 | 0.007353 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF1ab/nsp16 | 33 | S33I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.7 | 0.004367 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|