CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | I7088V | nonsyn | Att | Gtt | 870 | 870 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | I7088T | nonsyn | aTt | aCt | 143 | 143 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | I7088I | syn | atT | atC | 122 | 118 | 0.967213 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | I7088I | syn | atT | atA | 122 | 4 | 0.0327869 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | I7088del | del | ATT | --- | 66 | 66 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | I7088L | nonsyn | Att | Ctt | 51 | 47 | 0.921569 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | I7088L | nonsyn | AtT | CtC | 51 | 3 | 0.0588235 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | I7088L | nonsyn | AtT | CtA | 51 | 1 | 0.0196078 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | I7088S | nonsyn | aTt | aGt | 17 | 14 | 0.823529 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | I7088S | nonsyn | ATt | TCt | 17 | 3 | 0.176471 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | I7088del1 | del | aTt | a-t | 16 | 11 | 0.6875 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | I7088del1 | del | Att | -tt | 16 | 3 | 0.1875 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | I7088del1 | del | ATT | -NN | 16 | 1 | 0.0625 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | I7088del1 | del | aTT | a-N | 16 | 1 | 0.0625 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290M | I7088M | nonsyn | atT | atG | 5 | 5 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290F | I7088F | nonsyn | Att | Ttt | 4 | 4 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290N | I7088N | nonsyn | aTt | aAt | 2 | 2 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del2 | I7088del2 | del | aTT | a-- | 1 | 1 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290Y | I7088Y | nonsyn | ATt | TAt | 1 | 1 | 1 | 21526-21528 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290R | I7088R | nonsyn | aTT | aGA | 1 | 1 | 1 | 21526-21528 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 870 | 870 | All | 0.000166 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 181 | 181 | AY.4 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 179 | 179 | B.1.1.7 | 0.00016 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 143 | 143 | All | 0.000027 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 118 | 122 | All | 0.000023 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atA | 4 | 122 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 92 | 92 | B.1.351 | 0.002735 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 66 | 66 | All | 0.000013 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 47 | 51 | All | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | AtT | CtC | 3 | 51 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | AtT | CtA | 1 | 51 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 39 | 39 | AY.42 | 0.001569 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 39 | 39 | B.1.596 | 0.003398 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 37 | 37 | AY.4 | 0.000058 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 37 | 37 | B.1.2 | 0.000326 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 33 | 33 | B.1.1.7 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 30 | 30 | AY.26 | 0.000849 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 26 | 26 | AY.4 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 25 | 25 | AY.4.2 | 0.000542 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 23 | 23 | B.1.1.7 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 22 | 22 | B.1.617.2 | 0.000083 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 20 | 20 | AY.103 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 20 | 20 | B.1.1.222 | 0.00408 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 18 | 18 | AY.9 | 0.001217 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | aTt | aGt | 14 | 17 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | ATt | TCt | 3 | 17 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 11 | 16 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | Att | -tt | 3 | 16 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | ATT | -NN | 1 | 16 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTT | a-N | 1 | 16 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 15 | 16 | AY.42 | 0.000603 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atA | 1 | 16 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 15 | 15 | B.1.526 | 0.000353 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 11 | 11 | B.1.2 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 10 | 10 | AY.43 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 10 | 10 | B.1 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 10 | 10 | B.1.177 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 10 | 10 | B.1.258 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 8 | 8 | AY.36 | 0.001186 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | aTt | aGt | 8 | 8 | AY.4 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 8 | 8 | B.1.466.2 | 0.00313 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 8 | 8 | P.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 7 | 7 | AY.103 | 0.000043 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 7 | 7 | AY.39 | 0.000173 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 7 | 7 | B.1.1.414 | 1 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 7 | 7 | B.1.160 | 0.000218 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 6 | 6 | AY.43 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 6 | 6 | AY.75 | 0.000336 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 6 | 6 | B.1.177.82 | 0.002864 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 6 | 6 | P.1.14 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290M | atT | atG | 5 | 5 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 5 | 5 | AY.33 | 0.000334 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.98.1 | 0.000242 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 5 | 5 | B.1.1 | 0.000091 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 5 | 5 | B.1.1.369 | 0.002231 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 5 | 5 | P.1 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290F | Att | Ttt | 4 | 4 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.29 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 4 | 4 | AY.3 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 4 | 4 | AY.36 | 0.000593 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.46 | 0.000416 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.47 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 3 | 4 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | AtT | CtC | 1 | 4 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 4 | 4 | B.1.243 | 0.000278 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 4 | 4 | B.1.36 | 0.000584 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.525 | 0.000453 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.99.2 | 0.000276 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | Att | -tt | 2 | 3 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 1 | 3 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.160 | 0.000094 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.177.45 | 0.001144 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.561 | 0.001191 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.617.1 | 0.000387 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 3 | 3 | C.37 | 0.000348 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | ATt | TCt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290N | aTt | aAt | 2 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.16.1 | 0.00094 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.46.6 | 0.000144 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.52 | 0.001629 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | AtT | CtC | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.1.294 | 0.002532 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.517 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 2 | 2 | C.14 | 0.008658 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 1 | 2 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | ATT | -NN | 1 | 2 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 2 | 2 | S.1 | 0.009901 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290F | Att | Ttt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290N | aTt | aAt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290Y | ATt | TAt | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290R | aTT | aGA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del2 | aTT | a-- | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290Y | ATt | TAt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | AtT | CtA | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | AY.28 | 0.00189 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | Att | -tt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290M | atT | atG | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atA | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.4.3 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | ATt | TCt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.86 | 0.00083 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290M | atT | atG | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atA | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | AZ.1 | 0.000867 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290M | atT | atG | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290R | aTT | aGA | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del2 | aTT | a-- | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.315 | 0.008475 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.351 | 0.002793 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.46 | 0.004367 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.517 | 0.006803 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290N | aTt | aAt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.160.16 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177.62 | 0.001192 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.68 | 0.015152 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTt | a-t | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.210 | 0.002132 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.337 | 0.005587 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.36.16 | 0.001425 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.36.36 | 0.000602 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.415 | 0.014286 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.453 | 0.003236 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.456 | 0.003268 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.627 | 0.00202 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.631 | 0.003367 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | B.34 | 0.013699 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | C.32 | 0.023256 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | C.35 | 0.000774 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | K.3 | 0.006173 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290S | aTt | aGt | 1 | 1 | P.1.10 | 0.000269 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290I | atT | atC | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del | ATT | --- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290del1 | aTT | a-N | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290T | aTt | aCt | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290L | Att | Ctt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF1ab/nsp16 | 290 | I290V | Att | Gtt | 1 | 1 | W.3 | 0.005263 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|