CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp16 : CodonNum = 269

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp16269D269ED7067EnonsyngaTgaG379937970.99947421463-21465
ORF1ab/nsp16269D269ED7067EnonsyngaTgaA379920.00052645421463-21465
ORF1ab/nsp16269D269DD7067DsyngaTgaC484484121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269GD7067GnonsyngAtgGt1411400.99290821463-21465
ORF1ab/nsp16269D269GD7067GnonsyngATgGA14110.007092221463-21465
ORF1ab/nsp16269D269delD7067deldelGAT---8585121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269YD7067YnonsynGatTat2626121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269ND7067NnonsynGatAat22200.90909121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269ND7067NnonsynGaTAaC2220.090909121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269AD7067AnonsyngAtgCt1717121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269VD7067VnonsyngAtgTt1180.72727321463-21465
ORF1ab/nsp16269D269VD7067VnonsyngATgTG1120.18181821463-21465
ORF1ab/nsp16269D269VD7067VnonsyngATgTC1110.090909121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269HD7067HnonsynGatCat99121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269del2D7067del2delgATg--44121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269del1D7067del1delGat-at420.521463-21465
ORF1ab/nsp16269D269del1D7067del1delgAtg-t410.2521463-21465
ORF1ab/nsp16269D269del1D7067del1delgaTga-410.2521463-21465
ORF1ab/nsp16269D269SD7067SnonsynGATTCG22121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269KD7067KnonsynGaTAaA22121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269LD7067LnonsynGATCTA11121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269PD7067PnonsynGATCCC11121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269MD7067MnonsynGATATG11121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269ID7067InonsynGATATC11121463-21465
ORF1ab/nsp16269D269FD7067FnonsynGAtTTt11121463-21465

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG37973799All0.000726
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaA23799All0
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG24492449B.1.617.20.009222
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG894894AY.430.003961
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC484484All0.000093
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt140141All0.000027
ORF1ab/nsp16269D269GgATgGA1141All0
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC139139AY.40.000216
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC129129B.1.1.70.000115
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG110110AY.390.002718
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG8888AY.440.000536
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---8585All0.000016
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG3737AY.1020.000981
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC3535AY.250.000211
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt3030B.1.2940.967742
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG2828AY.1130.003987
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat2626All0.000005
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt2324B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp16269D269GgATgGA124B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt2323AY.40.000036
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat2022All0.000004
ORF1ab/nsp16269D269NGaTAaC222All0
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG2020AY.460.002082
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt1717All0.000003
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG1717AY.1170.001437
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG1616AY.230.001116
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG1616AY.5.40.004427
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG1414AY.50.000289
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC1313AY.1030.000081
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC1313B.1.4290.000306
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC1212AY.330.000801
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG1212AY.990.012592
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt811All0.000002
ORF1ab/nsp16269D269VgATgTG211All0
ORF1ab/nsp16269D269VgATgTC111All0
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---1111B.10.000101
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC1010AY.430.000044
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat99All0.000002
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG99AY.1100.001014
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC99B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG88AY.250.000048
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC88AY.440.000049
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC77AY.4.20.000152
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG77AY.450.000852
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt77AY.920.002011
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC77AY.98.10.000339
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC66AY.46.40.000987
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC66AY.990.006296
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC66B.10.000055
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC66P.10.000095
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---55AY.330.000334
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt55AY.40.000008
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt55AY.440.00003
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat55B.10.000046
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG55B.10.000046
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC55B.1.1600.000156
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC55B.1.177.480.015625
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---55P.10.000079
ORF1ab/nsp16269D269del2gATg--44All0.000001
ORF1ab/nsp16269D269del1Gat-at24All0
ORF1ab/nsp16269D269del1gAtg-t14All0
ORF1ab/nsp16269D269del1gaTga-14All0
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG44AY.1160.001147
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---44AY.250.000024
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---44AY.430.000018
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt44AY.430.000018
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat44AY.430.000018
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat44B.10.000037
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt44B.10.000037
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG34B.1.10.000054
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaA14B.1.10.000018
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC44B.1.177.810.000757
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---44B.1.5250.000453
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt44B.1.6370.000292
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC33AY.210.005693
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC33AY.50.000062
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG33AY.920.000862
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt13B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269VgATgTC13B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269VgATgTG13B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat33D.20.000225
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC33P.1.150.000697
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG220.111111
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt220.111111
ORF1ab/nsp16269D269SGATTCG220.111111
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---22A.2.40.006734
ORF1ab/nsp16269D269KGaTAaA22All0
ORF1ab/nsp16269D269SGATTCG22All0
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.10.000791
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.210.003795
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC22AY.260.000057
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt22AY.3.10.000171
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.320.001065
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---22AY.390.000049
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.40.000003
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.530.000575
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt22AY.690.000373
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.850.000854
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG22AY.890.009804
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC22B0.000256
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat22B.10.000018
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt22B.1.1.330.000842
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp16269D269del1Gat-at12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp16269D269del1gAtg-t12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC22B.1.177.600.000437
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp16269D269NGaTAaC22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt22B.1.36.290.001035
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat22B.60.00182
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11A0.000387
ORF1ab/nsp16269D269KGaTAaA11A0.000387
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11A.50.001923
ORF1ab/nsp16269D269LGATCTA11All0
ORF1ab/nsp16269D269FGAtTTt11All0
ORF1ab/nsp16269D269IGATATC11All0
ORF1ab/nsp16269D269PGATCCC11All0
ORF1ab/nsp16269D269MGATATG11All0
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp16269D269del2gATg--11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11AY.130.000161
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.20.000356
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp16269D269PGATCCC11AY.200.000039
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.260.000028
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.30.00001
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.300.000396
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.330.000067
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.4.30.000842
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp16269D269FGAtTTt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.520.000814
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11AY.520.000814
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.540.000095
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.590.00053
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.640.000595
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.680.000274
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11AY.760.004831
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.870.000833
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11AY.99.10.001553
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat11B0.000128
ORF1ab/nsp16269D269AgAtgCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269del2gATg--11B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269KGaTAaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269MGATATG11B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269IGATATC11B.10.000009
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.1.2180.007692
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11B.1.1.2800.003086
ORF1ab/nsp16269D269LGATCTA11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11B.1.1.3320.03125
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11B.1.1.3970.002252
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.1.440.00241
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp16269D269del2gATg--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp16269D269VgATgTG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11B.1.1.980.018519
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.1400.018868
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt11B.1.160.140.002119
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11B.1.160.280.002924
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.2600.003344
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11B.1.3130.006579
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11B.1.3380.008621
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11B.1.351.50.0006
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11B.1.3560.001727
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11B.1.360.000146
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11B.1.36.100.004785
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat11B.1.36.170.000494
ORF1ab/nsp16269D269del1Gat-at11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11B.1.3890.001002
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11B.1.390.003906
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.4150.014286
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.416.10.001563
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt11B.1.5030.002488
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.5360.02381
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp16269D269del2gATg--11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp16269D269HGatCat11B.1.619.10.000641
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.6200.000946
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11B.1.621.10.000506
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11B.1.6270.00202
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11B.1.6280.000352
ORF1ab/nsp16269D269VgAtgTt11C.160.00106
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11C.160.00106
ORF1ab/nsp16269D269NGatAat11C.300.001727
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11C.370.000116
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaA11D.20.000075
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11D.20.000075
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11P.10.000016
ORF1ab/nsp16269D269EgaTgaG11P.10.000016
ORF1ab/nsp16269D269del1gaTga-11P.10.000016
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp16269D269YGatTat11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp16269D269GgAtgGt11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp16269D269delGAT---11Q.10.000126
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11Q.80.000165
ORF1ab/nsp16269D269DgaTgaC11W.20.004831