CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | D7067E | nonsyn | gaT | gaG | 3799 | 3797 | 0.999474 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | D7067E | nonsyn | gaT | gaA | 3799 | 2 | 0.000526454 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | D7067D | syn | gaT | gaC | 484 | 484 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | D7067G | nonsyn | gAt | gGt | 141 | 140 | 0.992908 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | D7067G | nonsyn | gAT | gGA | 141 | 1 | 0.0070922 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | D7067del | del | GAT | --- | 85 | 85 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269Y | D7067Y | nonsyn | Gat | Tat | 26 | 26 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | D7067N | nonsyn | Gat | Aat | 22 | 20 | 0.909091 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | D7067N | nonsyn | GaT | AaC | 22 | 2 | 0.0909091 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269A | D7067A | nonsyn | gAt | gCt | 17 | 17 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | D7067V | nonsyn | gAt | gTt | 11 | 8 | 0.727273 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | D7067V | nonsyn | gAT | gTG | 11 | 2 | 0.181818 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | D7067V | nonsyn | gAT | gTC | 11 | 1 | 0.0909091 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269H | D7067H | nonsyn | Gat | Cat | 9 | 9 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del2 | D7067del2 | del | gAT | g-- | 4 | 4 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | D7067del1 | del | Gat | -at | 4 | 2 | 0.5 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | D7067del1 | del | gAt | g-t | 4 | 1 | 0.25 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | D7067del1 | del | gaT | ga- | 4 | 1 | 0.25 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269S | D7067S | nonsyn | GAT | TCG | 2 | 2 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269K | D7067K | nonsyn | GaT | AaA | 2 | 2 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269L | D7067L | nonsyn | GAT | CTA | 1 | 1 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269P | D7067P | nonsyn | GAT | CCC | 1 | 1 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269M | D7067M | nonsyn | GAT | ATG | 1 | 1 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269I | D7067I | nonsyn | GAT | ATC | 1 | 1 | 1 | 21463-21465 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269F | D7067F | nonsyn | GAt | TTt | 1 | 1 | 1 | 21463-21465 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 3797 | 3799 | All | 0.000726 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaA | 2 | 3799 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2449 | 2449 | B.1.617.2 | 0.009222 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 894 | 894 | AY.43 | 0.003961 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 484 | 484 | All | 0.000093 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 140 | 141 | All | 0.000027 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAT | gGA | 1 | 141 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 139 | 139 | AY.4 | 0.000216 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 129 | 129 | B.1.1.7 | 0.000115 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 110 | 110 | AY.39 | 0.002718 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 88 | 88 | AY.44 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 85 | 85 | All | 0.000016 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 37 | 37 | AY.102 | 0.000981 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 35 | 35 | AY.25 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 30 | 30 | B.1.294 | 0.967742 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 28 | 28 | AY.113 | 0.003987 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269Y | Gat | Tat | 26 | 26 | All | 0.000005 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 23 | 24 | B.1.1.7 | 0.000021 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAT | gGA | 1 | 24 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 23 | 23 | AY.4 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | Gat | Aat | 20 | 22 | All | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | GaT | AaC | 2 | 22 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 20 | 20 | AY.46 | 0.002082 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269A | gAt | gCt | 17 | 17 | All | 0.000003 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 17 | 17 | AY.117 | 0.001437 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 16 | 16 | AY.23 | 0.001116 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 16 | 16 | AY.5.4 | 0.004427 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 14 | 14 | AY.5 | 0.000289 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 14 | 14 | B.1.617.2 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 13 | 13 | AY.103 | 0.000081 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 13 | 13 | B.1.429 | 0.000306 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 12 | 12 | AY.33 | 0.000801 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 12 | 12 | AY.99 | 0.012592 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAt | gTt | 8 | 11 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAT | gTG | 2 | 11 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAT | gTC | 1 | 11 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 11 | 11 | B.1 | 0.000101 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 10 | 10 | AY.43 | 0.000044 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269H | Gat | Cat | 9 | 9 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 9 | 9 | AY.103 | 0.000056 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 9 | 9 | AY.110 | 0.001014 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 9 | 9 | B.1.617.2 | 0.000034 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 8 | 8 | AY.25 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 8 | 8 | AY.44 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.4.2 | 0.000152 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 7 | 7 | AY.45 | 0.000852 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.92 | 0.002011 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.98.1 | 0.000339 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 7 | 7 | B.1.2 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.46.4 | 0.000987 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.99 | 0.006296 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 6 | 6 | B.1 | 0.000055 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 6 | 6 | B.1.177 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.33 | 0.000334 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269A | gAt | gCt | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 5 | 5 | B.1.160 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 5 | 5 | B.1.177.48 | 0.015625 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 5 | 5 | P.1 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del2 | gAT | g-- | 4 | 4 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | Gat | -at | 2 | 4 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | gAt | g-t | 1 | 4 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | gaT | ga- | 1 | 4 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 4 | 4 | AY.116 | 0.001147 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 4 | 4 | AY.25 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | Gat | Aat | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | Gat | Aat | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 3 | 4 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaA | 1 | 4 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.177.81 | 0.000757 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 4 | 4 | B.1.525 | 0.000453 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269A | gAt | gCt | 4 | 4 | B.1.637 | 0.000292 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.100 | 0.000138 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.21 | 0.005693 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 3 | 3 | AY.92 | 0.000862 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAt | gTt | 1 | 3 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAT | gTC | 1 | 3 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAT | gTG | 1 | 3 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269Y | Gat | Tat | 3 | 3 | D.2 | 0.000225 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 3 | 3 | P.1.15 | 0.000697 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269A | gAt | gCt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269S | GAT | TCG | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 2 | 2 | A.2.4 | 0.006734 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269K | GaT | AaA | 2 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269S | GAT | TCG | 2 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.1 | 0.000791 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.105 | 0.001286 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.21 | 0.003795 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269A | gAt | gCt | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.32 | 0.001065 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.89 | 0.009804 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | Gat | -at | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | gAt | g-t | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.177.60 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | GaT | AaC | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.36.29 | 0.001035 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.517 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | Gat | -at | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.415 | 0.014286 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.560 | 0.00463 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269V | gAt | gTt | 1 | 1 | C.16 | 0.00106 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 1 | 1 | C.16 | 0.00106 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269N | Gat | Aat | 1 | 1 | C.30 | 0.001727 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269E | gaT | gaG | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp16 | 269 | D269Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269del | GAT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
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ORF1ab/nsp16 | 269 | D269D | gaT | gaC | 1 | 1 | W.2 | 0.004831 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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