CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp16 : CodonNum = 236

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp16	236	P236S	P7034S	nonsyn	Cca	Tca	8939	8936	0.999664	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236S	P7034S	nonsyn	CcA	TcG	8939	2	0.000223739	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236S	P7034S	nonsyn	CcA	TcC	8939	1	0.000111869	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236L	P7034L	nonsyn	cCa	cTa	4406	4401	0.998865	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236L	P7034L	nonsyn	CCa	TTa	4406	3	0.00068089	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236L	P7034L	nonsyn	cCA	cTT	4406	1	0.000226963	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236L	P7034L	nonsyn	cCA	cTG	4406	1	0.000226963	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236P	P7034P	syn	ccA	ccG	1451	1278	0.880772	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236P	P7034P	syn	ccA	ccT	1451	135	0.0930393	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236P	P7034P	syn	ccA	ccC	1451	38	0.0261888	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236Q	P7034Q	nonsyn	cCa	cAa	137	135	0.985401	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236Q	P7034Q	nonsyn	cCA	cAG	137	2	0.0145985	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del	P7034del	del	CCA	---	100	100	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236T	P7034T	nonsyn	Cca	Aca	70	70	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236A	P7034A	nonsyn	Cca	Gca	42	42	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del1	P7034del1	del	ccA	cc-	27	16	0.592593	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del1	P7034del1	del	Cca	-ca	27	10	0.37037	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del1	P7034del1	del	CCA	-NN	27	1	0.037037	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236K	P7034K	nonsyn	CCa	AAa	16	16	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236E	P7034E	nonsyn	CCa	GAa	9	9	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del2	P7034del2	del	cCA	c--	5	2	0.4	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del2	P7034del2	del	CCA	--G	5	1	0.2	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del2	P7034del2	del	CCA	--T	5	1	0.2	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236del2	P7034del2	del	CCA	--N	5	1	0.2	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236N	P7034N	nonsyn	CCA	AAT	4	4	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236R	P7034R	nonsyn	cCa	cGa	3	3	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236I	P7034I	nonsyn	CCa	ATa	2	2	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236X	P7034X	nonsyn	CCA	TAG	1	1	1	21364-21366
ORF1ab/nsp16	236	P236W	P7034W	nonsyn	CCA	TGG	1	1	1	21364-21366

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	8936	8939	All	0.001709
ORF1ab/nsp16	236	P236S	CcA	TcG	2	8939	All	0
ORF1ab/nsp16	236	P236S	CcA	TcC	1	8939	All	0
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	4401	4406	All	0.000842
ORF1ab/nsp16	236	P236L	CCa	TTa	3	4406	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCA	cTG	1	4406	All	0
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCA	cTT	1	4406	All	0
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	3109	3109	AY.4	0.004839
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	2107	2107	B.1.517	0.899658
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	1278	1451	All	0.000244
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	135	1451	All	0.000026
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccC	38	1451	All	0.000007
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	1120	1122	AY.25	0.006737
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccC	2	1122	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	1094	1095	B.1.177.21	0.083658
ORF1ab/nsp16	236	P236L	CCa	TTa	1	1095	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	982	982	B.1.1.7	0.000879
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	513	513	B.1.1.7	0.000459
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	299	299	B.1.429	0.007035
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	290	290	AY.119	0.010239
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	267	267	B.1.524	0.375527
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	258	258	AY.4	0.000402
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	224	225	B.1	0.002052
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCA	cTT	1	225	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	203	203	B.1.575.2	0.975962
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	189	189	B.1.617.2	0.000712
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	188	188	B.1.517.1	0.989474
ORF1ab/nsp16	236	P236Q	cCa	cAa	135	137	All	0.000026
ORF1ab/nsp16	236	P236Q	cCA	cAG	2	137	All	0
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	130	131	AY.43	0.000576
ORF1ab/nsp16	236	P236S	CcA	TcG	1	131	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	123	123	AY.44	0.000749
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	121	121	B.1	0.001108
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	117	117	B.1.617.2	0.000441
ORF1ab/nsp16	236	P236del	CCA	---	100	100	All	0.000019
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	98	98	AY.25	0.000589
ORF1ab/nsp16	236	P236Q	cCa	cAa	92	92	B.1.1.7	0.000082
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	81	81	B.1.258.11	0.032105
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	76	76	B.1.177	0.001001
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	71	71	AY.43	0.000315
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	71	71	P.1	0.001119
ORF1ab/nsp16	236	P236T	Cca	Aca	70	70	All	0.000013
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	70	70	B.1.575	0.021238
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	69	69	AY.103	0.000428
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	68	68	AY.44	0.000414
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	68	68	B.1.177	0.000895
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	63	63	AY.4.2	0.001366
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	60	60	B.1.160	0.001871
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	57	57	AY.26	0.001614
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	57	57	P.2	0.010638
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	53	53	AY.103	0.000329
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	52	52	AY.3	0.000517
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	33	49	B.1.1.7	0.00003
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccC	8	49	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	8	49	B.1.1.7	0.000007
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	49	49	B.1.2	0.000431
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	48	48	AY.42	0.001931
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	48	48	B.1.258	0.003194
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	47	47	AY.75.1	0.008475
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	22	47	B.1.617.2	0.000083
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	18	47	B.1.617.2	0.000068
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccC	7	47	B.1.617.2	0.000026
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	46	46	AY.25	0.000277
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	46	46	B.1.234	0.006069
ORF1ab/nsp16	236	P236A	Cca	Gca	42	42	All	0.000008
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	41	41	AY.4.5	0.004407
ORF1ab/nsp16	236	P236T	Cca	Aca	39	39	B.1.1.7	0.000035
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	37	39	B.1.2	0.000326
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	2	39	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	37	37	B.1.1	0.000671
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	36	36	P.1	0.000567
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	34	34	AY.29	0.000536
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	32	32	B.1.351	0.000951
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	31	31	B.1.1.519	0.001231
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	30	30	B.1.349	0.021444
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	30	30	B.1.370	0.24
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	29	29	AY.74	0.003354
ORF1ab/nsp16	236	P236del1	ccA	cc-	16	27	All	0.000003
ORF1ab/nsp16	236	P236del1	Cca	-ca	10	27	All	0.000002
ORF1ab/nsp16	236	P236del1	CCA	-NN	1	27	All	0
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	26	26	AY.100	0.001196
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	26	26	AY.103	0.000161
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	24	26	AY.43	0.000106
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	2	26	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	26	26	AY.46.6	0.001877
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	25	25	AY.46	0.002602
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	25	25	AY.5	0.000516
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	24	24	B.1.429	0.000565
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	23	23	B.1.2	0.000203
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	21	22	AY.3	0.000209
ORF1ab/nsp16	236	P236S	CcA	TcC	1	22	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	22	22	B.1.1	0.000399
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	22	22	B.1.258.17	0.002287
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	21	21	AY.33	0.001402
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	20	20	B.1.1.222	0.00408
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	18	18	AY.39	0.000445
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	18	18	AY.47	0.00056
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	17	17	AY.20	0.000661
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	17	17	AY.98	0.001343
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	17	17	B.1.526	0.0004
ORF1ab/nsp16	236	P236K	CCa	AAa	16	16	All	0.000003
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	16	16	AY.47	0.000498
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	16	16	AY.5	0.00033
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	16	16	AY.98.1	0.000775
ORF1ab/nsp16	236	P236A	Cca	Gca	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	14	14	AY.102	0.000371
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	14	14	AY.120.1	0.004494
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	14	14	B.1.637	0.001023
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	11	13	AY.29	0.000174
ORF1ab/nsp16	236	P236L	CCa	TTa	2	13	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	13	13	AY.3.1	0.001108
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	13	13	B.1.160	0.000405
ORF1ab/nsp16	236	P236del	CCA	---	13	13	B.1.2	0.000114
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	13	13	B.1.258	0.000865
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	13	13	B.1.311	0.003569
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	13	13	B.1.389	0.013026
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	12	12	AY.102	0.000318
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccC	9	12	AY.3	0.00009
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	2	12	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	1	12	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	12	12	AY.34	0.001164
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	12	12	AY.98	0.000948
ORF1ab/nsp16	236	P236del	CCA	---	12	12	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	12	12	B.1.177.86	0.002201
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	12	12	B.1.527	0.044444
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	12	12	B.1.561	0.004764
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	12	12	B.1.621	0.001062
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	11	11	AY.119	0.000388
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccT	6	11	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp16	236	P236P	ccA	ccG	5	11	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	11	11	AY.4.2.1	0.001639
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	11	11	AY.9.1	0.000921
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	11	11	B.1.1.214	0.00061
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	10	10	AY.120	0.000372
ORF1ab/nsp16	236	P236Q	cCa	cAa	10	10	AY.61	0.001048
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	10	10	B.1.1.28	0.003112
ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	10	10	B.1.1.317	0.004117
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ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	1	1	B.51	0.047619
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ORF1ab/nsp16	236	P236L	cCa	cTa	1	1	W.4	0.001351
ORF1ab/nsp16	236	P236S	Cca	Tca	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.