CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp16 : CodonNum = 215

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp16	215	P215L	P7013L	nonsyn	cCa	cTa	14622	14617	0.999658	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215L	P7013L	nonsyn	CCa	TTa	14622	4	0.00027356	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215L	P7013L	nonsyn	cCA	cTT	14622	1	0.0000683901	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215T	P7013T	nonsyn	Cca	Aca	6606	6601	0.999243	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215T	P7013T	nonsyn	CcA	AcG	6606	2	0.000302755	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215T	P7013T	nonsyn	CcA	AcC	6606	2	0.000302755	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215T	P7013T	nonsyn	CcA	AcT	6606	1	0.000151378	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215S	P7013S	nonsyn	Cca	Tca	788	786	0.997462	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215S	P7013S	nonsyn	CcA	TcT	788	1	0.00126904	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215S	P7013S	nonsyn	CcA	TcC	788	1	0.00126904	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	P7013Q	nonsyn	cCa	cAa	314	314	1	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215P	P7013P	syn	ccA	ccG	182	158	0.868132	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215P	P7013P	syn	ccA	ccC	182	13	0.0714286	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215P	P7013P	syn	ccA	ccT	182	11	0.0604396	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215del	P7013del	del	CCA	---	133	133	1	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215I	P7013I	nonsyn	CCa	ATa	9	9	1	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	P7013del2	del	cCA	c--	4	2	0.5	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	P7013del2	del	CCA	--N	4	1	0.25	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	P7013del2	del	CCa	--a	4	1	0.25	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215A	P7013A	nonsyn	Cca	Gca	3	3	1	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215del1	P7013del1	del	Cca	-ca	3	2	0.666667	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215del1	P7013del1	del	CCA	-NN	3	1	0.333333	21301-21303
ORF1ab/nsp16	215	P215R	P7013R	nonsyn	cCa	cGa	1	1	1	21301-21303

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	14617	14622	All	0.002796
ORF1ab/nsp16	215	P215L	CCa	TTa	4	14622	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCA	cTT	1	14622	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	6601	6606	All	0.001263
ORF1ab/nsp16	215	P215T	CcA	AcG	2	6606	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215T	CcA	AcC	2	6606	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215T	CcA	AcT	1	6606	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4705	4705	B.1.1.7	0.004212
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2627	2627	AY.102	0.069652
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1671	1671	AY.4	0.002601
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1531	1532	AY.46.4	0.251851
ORF1ab/nsp16	215	P215T	CcA	AcC	1	1532	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1518	1518	AY.3.1	0.129423
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1385	1386	AY.59	0.733581
ORF1ab/nsp16	215	P215L	CCa	TTa	1	1386	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1352	1352	B.1.2	0.011905
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	786	788	All	0.00015
ORF1ab/nsp16	215	P215S	CcA	TcT	1	788	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215S	CcA	TcC	1	788	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	584	584	B.1.617.2	0.002199
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	550	550	AY.103	0.003415
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	505	505	AY.42	0.020316
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	487	487	AY.73	0.324019
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	314	314	All	0.00006
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	270	270	B.1.617.2	0.001017
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	260	260	B.1.1.44	0.626506
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	220	220	AY.105	0.141479
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	212	212	AY.44	0.00129
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	200	200	AY.4	0.000311
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	196	196	AY.44	0.001193
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	183	183	AY.4	0.000285
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	158	182	All	0.00003
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	13	182	All	0.000002
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccT	11	182	All	0.000002
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	177	177	B.1.526	0.00416
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	133	133	All	0.000025
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	126	126	AY.25	0.000758
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	115	115	AY.26	0.003256
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	111	111	AY.3	0.001104
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	110	110	AY.43	0.000487
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	104	104	B.1.177	0.001369
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	103	103	P.2	0.019224
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	101	101	AY.89	0.495098
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	97	97	AY.46	0.010096
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	83	83	B.1.2	0.000731
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	81	81	AY.20	0.003148
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	81	81	B.1.1	0.001469
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	74	74	AY.103	0.000459
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	74	74	Q.8	0.012203
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	62	65	B.1.596	0.005403
ORF1ab/nsp16	215	P215L	CCa	TTa	3	65	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	64	64	B.1.575	0.019417
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	63	63	AY.90	0.043121
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	60	60	AY.84	0.026247
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	48	48	AY.29	0.000757
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	48	48	AY.5.3	0.016194
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	45	46	B.1	0.000412
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCA	cTT	1	46	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	43	43	B.1.351	0.001278
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	43	43	B.1.578	0.767857
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	42	42	AY.29.1	0.009261
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	41	41	AY.25	0.000247
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	41	41	P.1	0.000646
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	39	39	AY.43	0.000173
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	39	39	B.1.177.10	0.034241
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	37	37	B.1.429	0.000871
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	36	36	AY.25	0.000217
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	36	36	B.1.1.7	0.000032
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	34	34	AY.110	0.003831
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	30	30	AY.103	0.000186
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	30	30	AY.70	0.006255
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	29	29	AY.39	0.000717
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	29	29	AY.39	0.000717
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	26	26	AY.117	0.002197
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	26	26	AY.8	0.015758
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	26	26	B.1.1.7	0.000023
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	24	24	AY.3	0.000239
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	24	24	AY.34.1	0.012239
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	24	24	B.6	0.021838
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	23	23	AY.25	0.000138
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	23	23	AY.43	0.000102
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	22	22	AY.4.2	0.000477
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	21	21	AY.118	0.001316
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	21	21	AY.5	0.000434
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	21	21	B.1.617.2	0.000079
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	20	20	AY.39.1	0.000792
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	19	19	AY.117	0.001606
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	19	19	B.1.2	0.000167
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	18	18	AY.101	0.008828
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	12	18	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	5	18	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccT	1	18	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	17	17	AY.47	0.000529
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	16	16	AY.120	0.000595
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	16	16	AY.3	0.000159
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	16	16	B.1.621	0.001416
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	15	15	AY.33	0.001002
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	15	15	B.1.149	0.05137
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	14	14	AY.100	0.000644
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	14	14	AY.75	0.000784
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	14	14	AY.92	0.004022
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	14	14	B.1.12	0.112
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	14	14	B.1.236	0.028747
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	13	13	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	13	13	B.1.243	0.000905
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	13	13	B.1.526	0.000306
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	12	12	AY.120	0.000446
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	12	12	AY.23	0.000837
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	12	12	AY.43	0.000053
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	12	12	AY.61	0.001257
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	11	11	AY.120.1	0.003531
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	11	11	AY.25	0.000066
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	11	11	AY.3	0.000109
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	11	11	AY.5.4	0.003044
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	11	11	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	11	11	B.1	0.000101
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	11	11	B.1.1.222	0.002244
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	11	11	B.1.595	0.002871
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	11	11	P.1.14	0.000526
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	10	10	AY.119	0.000353
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	10	10	AY.121	0.001353
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	10	10	AY.44	0.000061
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	10	10	AY.53	0.002875
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	10	10	AY.84	0.004374
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	10	10	AY.9.1	0.000837
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	10	10	B.1.351.5	0.005995
ORF1ab/nsp16	215	P215I	CCa	ATa	9	9	All	0.000002
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	AY.116.1	0.002803
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	AY.27	0.000582
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	9	9	AY.4	0.000014
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	AY.98	0.000711
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	B.1.258	0.000599
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	B.1.408	0.03321
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	B.1.617.1	0.001161
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	C.8	0.040179
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	Q.1	0.001137
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	9	9	R.1	0.00081
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	8	8	AY.102	0.000212
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	8	8	AY.55	0.007339
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	8	8	AY.79	0.009685
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	8	8	B.1.1.37	0.001543
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	8	8	B.1.637	0.000585
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	8	8	C.36.3	0.004538
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	7	7	AY.106	0.002344
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	7	7	AY.116	0.002007
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	7	7	AY.116	0.002007
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	7	7	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccT	5	7	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	7	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	7	7	AY.5.3	0.002362
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	7	7	AY.98	0.000553
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	7	7	B.1.1.434	0.00244
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	7	7	B.1.526	0.000165
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	7	7	P.1.17	0.001132
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	7	7	Q.2	0.004294
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	6	6	AY.29	0.000095
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	5	6	AY.4.5	0.000537
ORF1ab/nsp16	215	P215T	CcA	AcT	1	6	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	6	6	AY.46.5	0.00119
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	6	6	AY.98.1	0.000291
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	6	6	B.1.177.21	0.000459
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	6	6	B.1.466.2	0.002347
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp16	215	P215I	CCa	ATa	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	5	5	AY.32	0.002662
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	5	5	AY.44	0.00003
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	5	5	AY.75	0.00028
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	5	5	AY.75.1	0.000902
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	5	5	AY.9	0.000338
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	5	5	B.1.177.28	0.037037
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	5	5	B.1.177.80	0.00956
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	5	5	B.1.621	0.000443
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	5	5	Q.7	0.005556
ORF1ab/nsp16	215	P215T	CcA	AcG	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	4		0.111111
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	4	4	A.23.1	0.002817
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	cCA	c--	2	4	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	CCA	--N	1	4	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	CCa	--a	1	4	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	AU.2	0.009685
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	AY.10	0.00212
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	AY.113	0.00057
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	4	4	AY.120	0.000149
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	4	4	AY.19	0.004561
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	4	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccT	2	4	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	AY.30	0.001583
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	4	4	AY.58	0.00363
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	4	4	AY.6	0.000165
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	AY.75.1	0.000721
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	4	4	AY.9	0.00027
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	AY.95	0.003044
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	4	4	B.1.111	0.0047
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	3	4	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	4	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	B.1.258.17	0.000416
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	B.1.381	0.03125
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	B.1.568	0.004444
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	B.1.595	0.001044
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	4	4	B.6.6	0.003556
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	4	4	C.38	0.032258
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AE.8	0.001467
ORF1ab/nsp16	215	P215A	Cca	Gca	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	215	P215del1	Cca	-ca	2	3	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215del1	CCA	-NN	1	3	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	AY.116.1	0.000934
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.121	0.000406
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AY.13	0.000483
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	AY.24	0.001293
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	AY.30	0.001187
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AY.46	0.000312
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AY.52	0.002443
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AY.53	0.000863
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.64	0.001786
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.71	0.001425
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.77	0.003382
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	AY.85	0.001282
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.88	0.002653
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.89	0.014706
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.111	0.003525
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.57	0.000843
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.79	0.007026
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.221	0.000213
ORF1ab/nsp16	215	P215S	CcA	TcT	1	3	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215S	CcA	TcC	1	3	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	3	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.369	0.000856
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.525	0.000339
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.575	0.00091
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	B.1.577	0.002062
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	3	3	B.1.596	0.000261
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	3	3	P.1.7	0.000958
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.108	0.002205
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.36	0.000296
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.40	0.001929
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.55	0.001835
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.76	0.009662
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.93	0.000546
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.99	0.002099
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp16	215	P215T	CcA	AcC	1	2	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	2	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.263	0.003115
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.269	0.002706
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.297	0.004474
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.335	0.025974
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.158	0.047619
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.160.16	0.001859
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.177.83	0.002963
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.206	0.001631
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	1	2	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccT	1	2	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.234	0.000264
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.241	0.001623
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.258.24	0.021505
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.289	0.005319
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.399	0.003868
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.497	0.00063
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	2	2	B.1.509	0.001732
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.516	0.003914
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.616	0.04878
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	C.2	0.032258
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	2	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	N.5	0.003534
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	P.1.17.1	0.00175
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	2	2	P.1.4	0.001953
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp16	215	P215R	cCa	cGa	1	1	All	0
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AV.1	0.005051
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.115	0.005208
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	cCA	c--	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.17	0.008197
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.17	0.008197
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp16	215	P215R	cCa	cGa	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.39.1.1	0.000725
ORF1ab/nsp16	215	P215A	Cca	Gca	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp16	215	P215I	CCa	ATa	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp16	215	P215I	CCa	ATa	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.50	0.000799
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.50	0.000799
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.59	0.00053
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.76	0.004831
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.78	0.001541
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	cCA	c--	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.82	0.001357
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.86	0.00083
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.86	0.00083
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp16	215	P215A	Cca	Gca	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp16	215	P215del1	CCA	-NN	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.333	0.001076
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.1.406	0.006494
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.407	0.041667
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.74	0.00431
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.103	0.019231
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.106	0.03125
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.120	0.007692
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.1.13	0.002375
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.160.32	0.004292
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.59	0.016129
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.177.68	0.015152
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp16	215	P215I	CCa	ATa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.1.203	0.0625
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.218	0.005155
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.248	0.029412
ORF1ab/nsp16	215	P215del1	Cca	-ca	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.258.6	0.019608
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.293	0.0125
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.398	0.002976
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF1ab/nsp16	215	P215A	Cca	Gca	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.469	0.00361
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.474	0.001901
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	CCA	--N	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.539	0.017544
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.541	0.004425
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.545	0.014493
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.558	0.004566
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccC	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.564.1	0.001577
ORF1ab/nsp16	215	P215del1	Cca	-ca	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.588	0.00091
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.590	0.004545
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.600	0.005848
ORF1ab/nsp16	215	P215I	CCa	ATa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.632	0.006711
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.91	0.002075
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	B.4.5	0.011905
ORF1ab/nsp16	215	P215del2	CCa	--a	1	1	B.61	0.005747
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	C.18	0.002591
ORF1ab/nsp16	215	P215Q	cCa	cAa	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	D.5	0.004975
ORF1ab/nsp16	215	P215T	Cca	Aca	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp16	215	P215P	ccA	ccG	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp16	215	P215del	CCA	---	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp16	215	P215S	Cca	Tca	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp16	215	P215L	cCa	cTa	1	1	Q.5	0.016949

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.