CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | M6818I | nonsyn | atG | atT | 14419 | 14312 | 0.992579 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | M6818I | nonsyn | atG | atA | 14419 | 97 | 0.00672723 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | M6818I | nonsyn | atG | atC | 14419 | 10 | 0.000693529 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | M6818L | nonsyn | Atg | Ctg | 94 | 73 | 0.776596 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | M6818L | nonsyn | Atg | Ttg | 94 | 20 | 0.212766 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | M6818L | nonsyn | AtG | TtA | 94 | 1 | 0.0106383 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | M6818del | del | ATG | --- | 81 | 81 | 1 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | M6818V | nonsyn | Atg | Gtg | 56 | 56 | 1 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | M6818T | nonsyn | aTg | aCg | 48 | 48 | 1 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | M6818R | nonsyn | aTg | aGg | 5 | 4 | 0.8 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | M6818R | nonsyn | ATg | CGg | 5 | 1 | 0.2 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del2 | M6818del2 | del | ATg | --g | 2 | 2 | 1 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20Q | M6818Q | nonsyn | ATg | CAg | 1 | 1 | 1 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20Y | M6818Y | nonsyn | ATG | TAT | 1 | 1 | 1 | 20716-20718 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20K | M6818K | nonsyn | aTg | aAg | 1 | 1 | 1 | 20716-20718 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 14312 | 14419 | All | 0.002737 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 97 | 14419 | All | 0.000019 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 10 | 14419 | All | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 11361 | 11362 | AY.14 | 0.999912 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 11362 | AY.14 | 0.000088 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 434 | 440 | B.1.1.7 | 0.000389 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 5 | 440 | B.1.1.7 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 440 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 351 | 374 | B.1.617.2 | 0.001322 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 23 | 374 | B.1.617.2 | 0.000087 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 284 | 287 | AY.4 | 0.000442 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 3 | 287 | AY.4 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 184 | 185 | B.1.221 | 0.01307 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 185 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 172 | 173 | AY.44 | 0.001047 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 173 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 73 | 94 | All | 0.000014 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 20 | 94 | All | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | AtG | TtA | 1 | 94 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 91 | 91 | AY.54 | 0.008677 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 84 | 84 | AY.25 | 0.000505 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 81 | 81 | All | 0.000015 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 80 | 80 | AY.19 | 0.09122 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 79 | 80 | AY.43 | 0.00035 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 80 | AY.43 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 73 | 73 | AY.38 | 0.036445 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 67 | 67 | AY.5 | 0.001383 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 57 | 59 | AY.103 | 0.000354 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 2 | 59 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 56 | 56 | All | 0.000011 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 54 | 54 | AY.26 | 0.001529 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 50 | 50 | AY.98 | 0.00395 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 48 | 48 | All | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 40 | 40 | AY.33 | 0.002671 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 40 | 40 | AY.64 | 0.02381 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 34 | 34 | AY.13 | 0.005473 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 31 | 34 | B.1 | 0.000284 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 2 | 34 | B.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 34 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 32 | 32 | B.1.429 | 0.000753 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 29 | 31 | B.1.1 | 0.000526 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 2 | 31 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 28 | 28 | C.36.1 | 0.116183 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 24 | 25 | AY.3 | 0.000239 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 25 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 18 | 25 | B.1.1.7 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 7 | 25 | B.1.1.7 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 24 | 25 | B.1.177.4 | 0.005065 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 25 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 24 | 24 | AY.47 | 0.000747 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 23 | 23 | B.1.36 | 0.003356 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 22 | 22 | B.1.1.7 | 0.00002 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 22 | 22 | B.1.351 | 0.000654 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 21 | 21 | AY.62 | 0.00915 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 20 | 20 | AY.20 | 0.000777 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 20 | 20 | B.1.2 | 0.000176 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 20 | 20 | P.1 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 17 | 17 | B.1.234 | 0.002243 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 17 | 17 | B.1.526 | 0.0004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 10 | 15 | B.1.177 | 0.000132 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 4 | 15 | B.1.177 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 15 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 11 | 14 | AY.100 | 0.000506 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 14 | AY.100 | 0.000138 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 14 | 14 | AY.48 | 0.006512 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 14 | 14 | AY.51 | 0.012727 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 14 | 14 | AY.65 | 0.007463 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 14 | 14 | B.1.2 | 0.000123 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 13 | 13 | AY.3 | 0.000129 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 13 | 13 | AY.78 | 0.020031 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 11 | 12 | AY.118 | 0.000689 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 12 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 12 | 12 | B.1.1.7 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 12 | 12 | B.1.427 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 11 | 11 | AY.4.2 | 0.000239 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 11 | 11 | AY.75 | 0.000616 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 11 | 11 | AY.75.1 | 0.001983 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 10 | 10 | AY.120.1 | 0.00321 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 9 | 9 | AY.102 | 0.000239 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 9 | 9 | AY.120.1 | 0.002889 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 5 | 9 | AY.39 | 0.000124 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 9 | AY.39 | 0.000099 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 9 | 9 | AY.46.6 | 0.00065 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 9 | 9 | AY.61 | 0.000943 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 9 | 9 | B.1 | 0.000082 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.258.17 | 0.000936 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 8 | 8 | 0.444444 | |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.369 | 0.002282 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.525 | 0.000905 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 7 | 7 | AY.34 | 0.000679 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 7 | 7 | AY.4 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 7 | 7 | AY.4.3 | 0.005892 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 5 | 7 | B.1.160 | 0.000156 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 2 | 7 | B.1.160 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 6 | 7 | B.1.2 | 0.000053 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 1 | 7 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 7 | P.1.14 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 7 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | AY.117 | 0.000507 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | AY.23 | 0.000418 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | AY.49 | 0.019169 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | AY.52 | 0.004886 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | AY.68 | 0.001642 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | AY.99.2 | 0.000553 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.243 | 0.000418 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 6 | 6 | P.1.12 | 0.002904 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | aTg | aGg | 4 | 5 | All | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | ATg | CGg | 1 | 5 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 5 | 5 | AY.16.1 | 0.00235 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 5 | AY.42 | 0.000161 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 5 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 5 | 5 | AY.81 | 0.00996 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | AY.116 | 0.001147 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | AY.120 | 0.000149 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | AY.50 | 0.003197 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | AY.59 | 0.002119 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | AY.77 | 0.00451 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | AY.9.2 | 0.000147 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.306 | 0.001754 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 2 | 4 | B.1.160 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 4 | B.1.160 | 0.000062 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.617.1 | 0.000516 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 4 | 4 | P.1.10 | 0.001078 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | A.23.1 | 0.002113 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.114 | 0.000693 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.119 | 0.000106 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.16 | 0.001139 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 3 | 3 | AY.42 | 0.000121 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.45 | 0.000365 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.6 | 0.000123 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.66 | 0.003209 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.86 | 0.00249 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | AY.87 | 0.002498 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.222 | 0.000612 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.519 | 0.000119 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.70 | 0.001023 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.240 | 0.000647 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 3 | 3 | B.1.609 | 0.001438 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 2 | 3 | B.1.621 | 0.000177 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 3 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | P.1.16 | 0.001122 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 3 | 3 | Q.8 | 0.000495 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del2 | ATg | --g | 2 | 2 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.24 | 0.000862 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 2 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 2 | AY.27 | 0.000065 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.30 | 0.000791 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.4.2.1 | 0.000298 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 2 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 2 | AY.46 | 0.000104 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.56 | 0.00321 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.58 | 0.001815 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.71 | 0.00095 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.84 | 0.000875 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | AY.98.1 | 0.000097 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | AtG | TtA | 1 | 2 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 2 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | ATg | CGg | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | aTg | aGg | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 2 | 2 | B.1.160.16 | 0.001859 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.166 | 0.016949 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.177.83 | 0.002963 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 2 | 2 | B.1.36.22 | 0.002415 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.466.2 | 0.000782 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 2 | 2 | B.1.509 | 0.001732 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 1 | 0.055556 | |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | aTg | aGg | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | aTg | aGg | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | A.2.5.2 | 0.001572 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20K | aTg | aAg | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20Y | ATG | TAT | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20Q | ATg | CAg | 1 | 1 | All | 0 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.120.2 | 0.001285 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del2 | ATg | --g | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.63 | 0.000387 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.73 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.90 | 0.000684 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.91.1 | 0.004065 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.1.137 | 0.0125 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.148 | 0.008772 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.162 | 0.029412 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.316 | 0.000925 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.331 | 0.011628 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.487 | 0.005587 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.518 | 0.006329 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del2 | ATg | --g | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.93 | 0.025641 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.160.16 | 0.000929 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.177.19 | 0.001431 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.65 | 0.000665 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atC | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.177.83 | 0.001481 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 1 | 1 | B.1.258.2 | 0.004505 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 1 | B.1.343 | 0.020833 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 1 | 1 | B.1.36.22 | 0.001208 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.399 | 0.001934 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ctg | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20K | aTg | aAg | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.533 | 0.009615 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20R | aTg | aGg | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20Q | ATg | CAg | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.617.3 | 0.002985 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20Y | ATG | TAT | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | B.4.1 | 0.018868 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | C.2 | 0.016129 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20T | aTg | aCg | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atA | 1 | 1 | N.4 | 0.004255 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20V | Atg | Gtg | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20L | Atg | Ttg | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20I | atG | atT | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF1ab/nsp16 | 20 | M20del | ATG | --- | 1 | 1 | Q.2 | 0.000613 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|