CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp16 : CodonNum = 18

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1618Q18QQ6816QsyncaAcaG331331120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18LQ6816LnonsyncAacTa1201190.99166720710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18LQ6816LnonsynCAATTG12010.0083333320710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18delQ6816deldelCAA---8181120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18IQ6816InonsynCAaATa3333120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18XQ6816XnonsynCaaTaa1919120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18del1Q6816del1delcAac-a1070.720710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18del1Q6816del1delcaAca-1030.320710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18KQ6816KnonsynCaaAaa88120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18RQ6816RnonsyncAacGa33120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18del2Q6816del2delcAAc--320.66666720710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18HQ6816HnonsyncaAcaT320.66666720710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18del2Q6816del2delCAa--a310.33333320710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18HQ6816HnonsyncaAcaC310.33333320710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18SQ6816SnonsynCAaTCa22120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18PQ6816PnonsyncAacCa22120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18EQ6816EnonsynCaaGaa11120710-20712
ORF1ab/nsp1618Q18NQ6816NnonsynCaAAaT11120710-20712

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG331331All0.000063
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG159159B.1.1.70.000142
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa119120All0.000023
ORF1ab/nsp1618Q18LCAATTG1120All0
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---8181All0.000015
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa5353B.1.3480.963636
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG3737B.1.2210.002628
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG3636B.10.00033
ORF1ab/nsp1618Q18ICAaATa3333All0.000006
ORF1ab/nsp1618Q18ICAaATa2828AY.40.000044
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---2525B.1.1.70.000022
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG2121B.1.617.20.000079
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa1919All0.000004
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG1616B.1.4290.000376
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG1515AZ.20.012315
ORF1ab/nsp1618Q18del1cAac-a710All0.000001
ORF1ab/nsp1618Q18del1caAca-310All0.000001
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa88All0.000002
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa88AY.1030.00005
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa78B.1.617.20.000026
ORF1ab/nsp1618Q18LCAATTG18B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---660.333333
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---66AY.250.000036
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa55B.1.1110.005875
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa44AY.230.000279
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa44AY.40.000006
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG44B.1.1.530.054795
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG44B.1.351.50.002398
ORF1ab/nsp1618Q18RcAacGa33All0.000001
ORF1ab/nsp1618Q18del2cAAc--23All0
ORF1ab/nsp1618Q18HcaAcaT23All0
ORF1ab/nsp1618Q18del2CAa--a13All0
ORF1ab/nsp1618Q18HcaAcaC13All0
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---33AY.40.000005
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG33AY.40.000005
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa33AY.430.000013
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG33AY.440.000018
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa220.111111
ORF1ab/nsp1618Q18SCAaTCa22All0
ORF1ab/nsp1618Q18PcAacCa22All0
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG22AY.1020.000053
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22AY.250.000012
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22AY.30.00002
ORF1ab/nsp1618Q18del1caAca-12AY.40.000002
ORF1ab/nsp1618Q18del1cAac-a12AY.40.000002
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG22AY.420.00008
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa22AY.460.000208
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22B.10.000018
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa22B.10.000018
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22B.1.1.390.001019
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22B.1.1.510.003436
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp1618Q18del1cAac-a22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---22B.1.2580.000133
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp1618Q18ICAaATa22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp1618Q18RcAacGa22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11A0.000387
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11A.10.000282
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11A.2.40.003367
ORF1ab/nsp1618Q18NCaAAaT11All0
ORF1ab/nsp1618Q18ECaaGaa11All0
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp1618Q18NCaAAaT11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.140.000088
ORF1ab/nsp1618Q18RcAacGa11AY.230.00007
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.230.00007
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11AY.230.00007
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11AY.260.000028
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.30.00001
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.330.000067
ORF1ab/nsp1618Q18ICAaATa11AY.340.000097
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.390.000025
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp1618Q18del2CAa--a11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1618Q18PcAacCa11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp1618Q18del1caAca-11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11AY.420.00004
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11AY.420.00004
ORF1ab/nsp1618Q18del1cAac-a11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.50.000021
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11AY.50.000021
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11AY.670.000464
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11AY.840.000437
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.880.000884
ORF1ab/nsp1618Q18HcaAcaT11AY.90.000068
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11AY.990.001049
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11AY.99.20.000092
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.10.000009
ORF1ab/nsp1618Q18HcaAcaT11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp1618Q18del1caAca-11B.1.1.1370.0125
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11B.1.1.2030.016949
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11B.1.1.3160.000925
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11B.1.1.3700.012658
ORF1ab/nsp1618Q18del1cAac-a11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1618Q18SCAaTCa11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1618Q18del2cAAc--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa11B.1.1100.004525
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11B.1.177.230.003236
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11B.1.177.350.000691
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11B.1.177.440.000519
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.177.540.000606
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp1618Q18del2cAAc--11B.1.3480.018182
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp1618Q18LcAacTa11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.36.290.000517
ORF1ab/nsp1618Q18HcaAcaC11B.1.4620.007246
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp1618Q18del1cAac-a11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp1618Q18SCAaTCa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1618Q18PcAacCa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1618Q18KCaaAaa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1618Q18ICAaATa11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.617.30.002985
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11B.1.6200.000946
ORF1ab/nsp1618Q18ECaaGaa11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp1618Q18XCaaTaa11B.290.003509
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11P.10.000016
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11P.1.150.000232
ORF1ab/nsp1618Q18QcaAcaG11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp1618Q18ICAaATa11P.20.000187
ORF1ab/nsp1618Q18del1cAac-a11Q.10.000126
ORF1ab/nsp1618Q18delCAA---11Q.20.000613