CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp16 : CodonNum = 167

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp16	167	V167M	V6965M	nonsyn	Gtg	Atg	2054	2054	1	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167V	V6965V	syn	gtG	gtA	1835	1373	0.748229	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167V	V6965V	syn	gtG	gtT	1835	459	0.250136	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167V	V6965V	syn	gtG	gtC	1835	3	0.00163488	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167A	V6965A	nonsyn	gTg	gCg	571	569	0.996497	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167A	V6965A	nonsyn	gTG	gCT	571	1	0.00175131	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167A	V6965A	nonsyn	gTG	gCA	571	1	0.00175131	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167L	V6965L	nonsyn	Gtg	Ttg	91	86	0.945055	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167L	V6965L	nonsyn	Gtg	Ctg	91	3	0.032967	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167L	V6965L	nonsyn	GtG	CtT	91	1	0.010989	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167L	V6965L	nonsyn	GtG	TtA	91	1	0.010989	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167del	V6965del	del	GTG	---	90	90	1	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167F	V6965F	nonsyn	GtG	TtT	7	7	1	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167G	V6965G	nonsyn	gTg	gGg	5	4	0.8	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167R	V6965R	nonsyn	GTG	CGT	5	2	0.4	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167R	V6965R	nonsyn	GTg	AGg	5	2	0.4	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167G	V6965G	nonsyn	gTG	gGT	5	1	0.2	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167R	V6965R	nonsyn	GTg	CGg	5	1	0.2	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	V6965del1	del	GTG	TC-	4	1	0.25	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	V6965del1	del	gTg	g-g	4	1	0.25	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	V6965del1	del	gtG	gt-	4	1	0.25	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	V6965del1	del	Gtg	-tg	4	1	0.25	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167I	V6965I	nonsyn	GtG	AtA	3	3	1	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167del2	V6965del2	del	gTG	g--	2	2	1	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167N	V6965N	nonsyn	GTG	AAC	1	1	1	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167S	V6965S	nonsyn	GTG	TCT	1	1	1	21157-21159
ORF1ab/nsp16	167	V167E	V6965E	nonsyn	gTG	gAA	1	1	1	21157-21159

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2054	2054	All	0.000393
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1373	1835	All	0.000263
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	459	1835	All	0.000088
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtC	3	1835	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	838	838	B.1.1.7	0.00075
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	557	582	B.1.617.2	0.002097
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	25	582	B.1.617.2	0.000094
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	569	571	All	0.000109
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTG	gCA	1	571	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTG	gCT	1	571	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	380	389	AY.43	0.001684
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	9	389	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	382	383	B.1.235	0.962217
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTG	gCA	1	383	B.1.235	0.002519
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	228	228	AY.4	0.000355
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	163	163	B.1.351	0.004845
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	104	104	B.1.160.9	0.748201
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	100	100	B.1.258	0.006655
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	79	98	B.1.1.7	0.000071
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	19	98	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	86	91	All	0.000016
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ctg	3	91	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167L	GtG	CtT	1	91	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167L	GtG	TtA	1	91	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	90	90	All	0.000017
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	90	90	P.1	0.001418
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	84	84	B.1.1.222	0.017136
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	73	73	B.1.617.2	0.000275
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	34	63	AY.25	0.000205
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	29	63	AY.25	0.000174
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	47	47	AY.3	0.000467
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	27	47	AY.4	0.000042
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	20	47	AY.4	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	46	46	AY.44	0.00028
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	43	43	B.1.1.214	0.002385
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	38	39	B.1.1.7	0.000034
ORF1ab/nsp16	167	V167L	GtG	TtA	1	39	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	36	36	AY.25	0.000217
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	34	34	AY.58	0.030853
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	33	33	B.1.1.7	0.00003
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	32	32	P.1.17	0.005176
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	31	31	B.1.526	0.000729
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	30	30	AY.100	0.00138
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	27	27	B.1.429	0.000635
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	24	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	24	24	Q.1	0.003032
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	23	23	AY.20	0.000894
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	23	23	AY.5.4	0.006364
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	22	22	AY.43	0.000097
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	22	22	B.1.240	0.004742
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	20	20	AY.103	0.000124
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	18	19	AY.44	0.00011
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	19	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	11	18	AY.103	0.000068
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	7	18	AY.103	0.000043
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	18	18	AY.99.2	0.001659
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	17	17	AY.88	0.015031
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	14	16	AY.119	0.000494
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	2	16	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	16	16	AY.29	0.000252
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	16	16	B.1	0.000147
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	16	16	B.1	0.000147
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	16	16	B.1.177	0.000211
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	15	15	B.1.369	0.004278
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	14	14	AY.19	0.015964
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	10	13	B.1.2	0.000088
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	3	13	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	12	12	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	12	12	B.1.160	0.000374
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	12	12	P.1	0.000189
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	11	11	AY.39	0.000272
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	11	11	B.1.177	0.000145
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	10	10	B.1.160.26	0.024213
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	9	9	AY.39.1	0.000357
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	5	9	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	4	9	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	9	9	B.1.177.54	0.005458
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	9	9	B.1.621.1	0.004552
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	8	8	B.1.177.52	0.01406
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	4	8	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	3	8	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtC	1	8	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp16	167	V167F	GtG	TtT	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	5	7	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	7	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	4	7	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	3	7	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	7	7	AY.30	0.00277
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	7	7	AY.44	0.000043
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	4	7	B.1.429	0.000094
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	3	7	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	7	7	B.1.497	0.002203
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ctg	3	6	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	2	6	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp16	167	V167L	GtG	CtT	1	6	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	6	6	B.1.177.32	0.008097
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	6	6	B.1.564	0.002555
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF1ab/nsp16	167	V167G	gTg	gGg	4	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTg	AGg	2	5	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTG	CGT	2	5	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167G	gTG	gGT	1	5	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTg	CGg	1	5	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	5	5	AY.117	0.000423
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	5	5	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	5	5	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	5	5	AY.67	0.002321
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	5	5	AY.71	0.002375
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	4	5	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	5	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	gtG	gt-	1	4	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	gTg	g-g	1	4	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	GTG	TC-	1	4	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	Gtg	-tg	1	4	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	4	4	AY.101	0.001962
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	4	4	AY.113	0.00057
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	4	4	AY.119	0.000141
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	4	4	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	4	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	2	4	AY.33	0.000134
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	4	4	AY.43	0.000018
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	4	4	AY.53	0.00115
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	4	4	AY.57	0.002625
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	4	4	B.1.1	0.000073
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	4	4	B.1.1.128	0.028369
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	4	4	B.1.1.216	0.003562
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	4	4	B.1.1.280	0.012346
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	4	4	B.1.2	0.000035
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	4	4	B.1.428	0.004082
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	4	4	B.1.525	0.000453
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	A.2.5	0.001497
ORF1ab/nsp16	167	V167I	GtG	AtA	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	3	3	AY.32	0.001597
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	3	3	AY.36	0.000445
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	3	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	3	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	3	3	AY.5	0.000062
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	3	3	AY.64	0.001786
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	3	3	AY.89	0.014706
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	3	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	3	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	3	3	B.1.1.1	0.00098
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	B.1.1.232	0.005445
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	B.1.177.62	0.003576
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	3	3	B.1.234	0.000396
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	B.1.36.28	0.017241
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	2	3	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	3	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	3	3	B.40	0.001093
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	3	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtC	1	3	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	3	3	P.1.15	0.000697
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	3	3	Q.8	0.000495
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp16	167	V167del2	gTG	g--	2	2	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	2	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	2	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	2	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	2	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	2	AY.12	0.000632
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	AY.15	0.004444
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	2	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	2	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	2	2	AY.24	0.000862
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	2	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	2	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTg	CGg	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167G	gTg	gGg	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTG	CGT	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167G	gTG	gGT	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTG	gCT	1	2	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	2	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	B.1.1.354	0.008772
ORF1ab/nsp16	167	V167F	GtG	TtT	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	B.1.177.12	0.000303
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	GTG	TC-	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	Gtg	-tg	1	2	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	B.1.241	0.001623
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	B.1.279	0.001027
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	B.1.36	0.000292
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	B.1.595	0.000522
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	P.1.16	0.000748
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	2	2	Q.3	0.00029
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTg	AGg	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	A.2.4	0.003367
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp16	167	V167S	GTG	TCT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167N	GTG	AAC	1	1	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167E	gTG	gAA	1	1	All	0
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AV.1	0.005051
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.105	0.000643
ORF1ab/nsp16	167	V167S	GTG	TCT	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp16	167	V167F	GtG	TtT	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp16	167	V167G	gTg	gGg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp16	167	V167N	GTG	AAC	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp16	167	V167I	GtG	AtA	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp16	167	V167F	GtG	TtT	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	gTg	g-g	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.91	0.00073
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp16	167	V167F	GtG	TtT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	AY.99.1	0.001553
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp16	167	V167F	GtG	TtT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.258	0.003257
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp16	167	V167I	GtG	AtA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167E	gTG	gAA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.131	0.008772
ORF1ab/nsp16	167	V167G	gTg	gGg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTg	AGg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.177.68	0.015152
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.270	0.005618
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.320	0.001245
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.324	0.001605
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.336	0.002439
ORF1ab/nsp16	167	V167R	GTG	CGT	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp16	167	V167G	gTg	gGg	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.420	0.010417
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.433	0.003195
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	B.1.453	0.003236
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp16	167	V167F	GtG	TtT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtA	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp16	167	V167I	GtG	AtA	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtC	1	1	B.1.628	0.000352
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	B.11	0.005128
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp16	167	V167V	gtG	gtT	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp16	167	V167M	Gtg	Atg	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp16	167	V167del2	gTG	g--	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp16	167	V167L	Gtg	Ttg	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp16	167	V167del1	gtG	gt-	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp16	167	V167del2	gTG	g--	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp16	167	V167del	GTG	---	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp16	167	V167A	gTg	gCg	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.